More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_1962 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  80.29 
 
 
770 aa  1288    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  77.09 
 
 
791 aa  1281    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  75.75 
 
 
762 aa  1225    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  72.19 
 
 
794 aa  1206    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  100 
 
 
791 aa  1612    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  69.87 
 
 
795 aa  1115    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  67.38 
 
 
795 aa  1082    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  42.51 
 
 
709 aa  522  1e-147  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  40.91 
 
 
795 aa  523  1e-147  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  40.05 
 
 
750 aa  512  1e-143  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  41.19 
 
 
751 aa  489  1e-137  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  39.82 
 
 
705 aa  484  1e-135  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  41.16 
 
 
825 aa  481  1e-134  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  37.68 
 
 
788 aa  471  1.0000000000000001e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  37.7 
 
 
762 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  37.74 
 
 
735 aa  464  1e-129  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  39.97 
 
 
742 aa  464  1e-129  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  37.68 
 
 
758 aa  463  1e-129  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  40.51 
 
 
716 aa  459  9.999999999999999e-129  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  38.27 
 
 
806 aa  449  1e-125  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  37.63 
 
 
759 aa  451  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  37.98 
 
 
806 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  38.8 
 
 
808 aa  449  1.0000000000000001e-124  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  38.8 
 
 
804 aa  449  1.0000000000000001e-124  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  38.27 
 
 
810 aa  449  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  38.65 
 
 
808 aa  449  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  38.8 
 
 
808 aa  449  1.0000000000000001e-124  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  38.7 
 
 
806 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  38.27 
 
 
812 aa  448  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  40.46 
 
 
702 aa  445  1e-123  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  38.08 
 
 
706 aa  445  1e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  38.18 
 
 
814 aa  445  1e-123  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  38.01 
 
 
718 aa  442  1e-123  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  37.96 
 
 
792 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  39.07 
 
 
790 aa  438  1e-121  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  36.62 
 
 
726 aa  436  1e-121  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  39.07 
 
 
790 aa  438  1e-121  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  36.17 
 
 
751 aa  437  1e-121  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  38.68 
 
 
792 aa  434  1e-120  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  37.6 
 
 
706 aa  434  1e-120  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  37.4 
 
 
709 aa  434  1e-120  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  35.9 
 
 
751 aa  436  1e-120  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  40 
 
 
757 aa  432  1e-119  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  34.8 
 
 
763 aa  428  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  36.72 
 
 
715 aa  428  1e-118  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  37.82 
 
 
763 aa  424  1e-117  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  38.07 
 
 
863 aa  416  9.999999999999999e-116  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  36.23 
 
 
752 aa  410  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  41.06 
 
 
722 aa  412  1e-113  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  39.15 
 
 
737 aa  411  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  37.38 
 
 
737 aa  409  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  35.42 
 
 
770 aa  408  1.0000000000000001e-112  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  36.47 
 
 
777 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  37.95 
 
 
716 aa  405  1e-111  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  35.86 
 
 
720 aa  401  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  36.44 
 
 
705 aa  393  1e-108  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  35.88 
 
 
903 aa  395  1e-108  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  35.34 
 
 
828 aa  388  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  35.34 
 
 
827 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  35.34 
 
 
827 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  35.34 
 
 
827 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  36.04 
 
 
710 aa  383  1e-105  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  36.56 
 
 
704 aa  382  1e-104  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  33.59 
 
 
848 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  33.98 
 
 
864 aa  382  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  35.9 
 
 
710 aa  382  1e-104  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  35.33 
 
 
838 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  35.33 
 
 
812 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  35.33 
 
 
896 aa  378  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  35.33 
 
 
838 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  35.28 
 
 
861 aa  376  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  35.33 
 
 
896 aa  378  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  34.9 
 
 
817 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  35.33 
 
 
838 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  35.33 
 
 
886 aa  378  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  34.9 
 
 
817 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  35.17 
 
 
708 aa  377  1e-103  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  34.41 
 
 
833 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  35.6 
 
 
877 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  34.9 
 
 
895 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  35.14 
 
 
1182 aa  373  1e-102  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  32.77 
 
 
871 aa  371  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  34.9 
 
 
818 aa  372  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  35.46 
 
 
877 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  31.98 
 
 
870 aa  370  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  35.89 
 
 
758 aa  372  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  35.89 
 
 
766 aa  372  1e-101  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  34.55 
 
 
833 aa  372  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  32.25 
 
 
876 aa  372  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  34.16 
 
 
817 aa  371  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  32.52 
 
 
810 aa  370  1e-101  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  34.32 
 
 
774 aa  369  1e-101  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  33.58 
 
 
828 aa  367  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  34.93 
 
 
857 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  32.27 
 
 
801 aa  365  1e-99  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  31.23 
 
 
801 aa  365  2e-99  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  35.05 
 
 
808 aa  364  3e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  33.84 
 
 
818 aa  365  3e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  34.74 
 
 
824 aa  364  3e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  32.93 
 
 
817 aa  364  3e-99  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>