More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_0973 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  60.21 
 
 
597 aa  720  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  56.11 
 
 
597 aa  667  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  56.11 
 
 
597 aa  667  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  60.31 
 
 
597 aa  726  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  53.55 
 
 
573 aa  644  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  56.11 
 
 
597 aa  667  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  60.21 
 
 
596 aa  717  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  55.94 
 
 
597 aa  664  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  90.38 
 
 
572 aa  1104  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  61.65 
 
 
566 aa  733  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  84.09 
 
 
572 aa  1011  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  62.03 
 
 
597 aa  748  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  60.65 
 
 
596 aa  740  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  83.22 
 
 
572 aa  1024  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  88.46 
 
 
572 aa  1078  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  60.1 
 
 
600 aa  726  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  60.17 
 
 
583 aa  716  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  60.35 
 
 
570 aa  728  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  61 
 
 
597 aa  730  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.63 
 
 
618 aa  665  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2826  nickel-iron hydrogenase, large subunit  56.13 
 
 
618 aa  669  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.652434  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.11 
 
 
596 aa  711  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1151  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.78 
 
 
605 aa  675  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.238677  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  58.42 
 
 
596 aa  712  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  58.84 
 
 
578 aa  714  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  58.77 
 
 
570 aa  709  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  61.19 
 
 
566 aa  734  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  60.86 
 
 
595 aa  726  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.19 
 
 
569 aa  719  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  61.47 
 
 
598 aa  741  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  60.48 
 
 
596 aa  728  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  60.7 
 
 
570 aa  736  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 
572 aa  1190  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2174  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.54 
 
 
604 aa  674  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0021467  normal  0.160198 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.54 
 
 
619 aa  662  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  55.42 
 
 
597 aa  664  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  56.11 
 
 
597 aa  667  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  55.42 
 
 
597 aa  664  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  60.1 
 
 
600 aa  726  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  60.45 
 
 
598 aa  715  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.53 
 
 
585 aa  695  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  55.94 
 
 
597 aa  666  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  56.53 
 
 
585 aa  695  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  59.44 
 
 
570 aa  734  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  62.82 
 
 
597 aa  757  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.29 
 
 
604 aa  649  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  57.17 
 
 
602 aa  685  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  56.11 
 
 
597 aa  667  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.11 
 
 
597 aa  667  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  60.7 
 
 
564 aa  720  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  59.93 
 
 
600 aa  725  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  55.42 
 
 
597 aa  666  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  57.77 
 
 
596 aa  709  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  60.1 
 
 
600 aa  726  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  55.42 
 
 
597 aa  664  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.72 
 
 
566 aa  714  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  60.1 
 
 
600 aa  726  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  55.42 
 
 
597 aa  664  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  83.92 
 
 
572 aa  1034  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  59.11 
 
 
596 aa  711  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00347  Ni-Fe hydrogenase large chain  54.77 
 
 
625 aa  699  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  54.28 
 
 
546 aa  612  1e-174  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  52.08 
 
 
560 aa  607  1e-172  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.53 
 
 
571 aa  592  1e-168  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.18 
 
 
571 aa  584  1e-165  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.96 
 
 
559 aa  578  1e-163  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2129  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.87 
 
 
585 aa  574  1e-162  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.85862  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  51.57 
 
 
568 aa  575  1e-162  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  50.52 
 
 
560 aa  570  1e-161  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.17 
 
 
559 aa  568  1e-161  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  49.65 
 
 
559 aa  565  1e-160  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.65 
 
 
566 aa  563  1e-159  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0053  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.54 
 
 
633 aa  557  1e-157  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  7.25575e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.8 
 
 
563 aa  550  1e-155  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.26 
 
 
567 aa  547  1e-154  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.83 
 
 
569 aa  543  1e-153  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.81 
 
 
566 aa  542  1e-153  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.55 
 
 
570 aa  539  1e-152  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.2 
 
 
567 aa  537  1e-151  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.97 
 
 
567 aa  536  1e-151  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  46.4 
 
 
567 aa  520  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  46.4 
 
 
567 aa  520  1e-146  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 
567 aa  519  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  46.4 
 
 
567 aa  520  1e-146  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 
567 aa  519  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 
567 aa  519  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 
567 aa  519  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.4 
 
 
567 aa  520  1e-146  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 
567 aa  519  1e-146  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  46.4 
 
 
567 aa  520  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  46.4 
 
 
567 aa  520  1e-146  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  46.4 
 
 
567 aa  520  1e-146  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  46.23 
 
 
567 aa  519  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  46.4 
 
 
567 aa  520  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0523  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.83 
 
 
578 aa  521  1e-146  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  46.6 
 
 
568 aa  516  1e-145  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  46.25 
 
 
568 aa  516  1e-145  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0506  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.25 
 
 
577 aa  516  1e-145  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.61 
 
 
568 aa  516  1e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0511  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.25 
 
 
577 aa  516  1e-145  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>