More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_0708 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  100 
 
 
295 aa  600  1.0000000000000001e-171  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  62.2 
 
 
295 aa  363  2e-99  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  53.54 
 
 
287 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  59.52 
 
 
283 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  52.56 
 
 
293 aa  295  6e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  52.25 
 
 
290 aa  294  1e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  54.98 
 
 
296 aa  286  4e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40.77 
 
 
297 aa  187  2e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  37.73 
 
 
284 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.4 
 
 
289 aa  162  6e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 
283 aa  157  1e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  36.52 
 
 
288 aa  156  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  37.96 
 
 
286 aa  156  4e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  36.52 
 
 
288 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  36.52 
 
 
288 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  36.52 
 
 
288 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  36.52 
 
 
288 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  36.52 
 
 
288 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  36.52 
 
 
288 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  37.28 
 
 
289 aa  155  7e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  36.18 
 
 
288 aa  155  7e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  34.38 
 
 
289 aa  155  7e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  38.57 
 
 
285 aa  155  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.46 
 
 
280 aa  155  1e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  36.18 
 
 
288 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  35.47 
 
 
279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.01 
 
 
291 aa  153  4e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 
298 aa  153  4e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  35.15 
 
 
276 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 
273 aa  151  1e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  34.04 
 
 
298 aa  150  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.47 
 
 
289 aa  148  8e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  35.44 
 
 
286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 
293 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  37.15 
 
 
297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 
280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  35.44 
 
 
289 aa  146  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  35.89 
 
 
286 aa  146  3e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.79 
 
 
277 aa  147  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  36.18 
 
 
286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.41 
 
 
277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  35.15 
 
 
298 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.41 
 
 
277 aa  145  6e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  34.04 
 
 
279 aa  145  8.000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  34.95 
 
 
291 aa  144  1e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 
308 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  37.33 
 
 
289 aa  143  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  31.44 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.44 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  32.34 
 
 
301 aa  141  9.999999999999999e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.55 
 
 
290 aa  141  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  34.42 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  36.17 
 
 
296 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  34 
 
 
282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 
288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.44 
 
 
277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 
288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  31.44 
 
 
277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  35.54 
 
 
288 aa  139  4.999999999999999e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 
288 aa  139  6e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 
277 aa  139  7e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  32.3 
 
 
288 aa  138  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  32.3 
 
 
288 aa  138  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 
279 aa  138  8.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  32.3 
 
 
288 aa  138  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  32.3 
 
 
288 aa  138  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33 
 
 
277 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  32.3 
 
 
288 aa  138  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 
277 aa  138  1e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.59 
 
 
271 aa  138  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 
295 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.59 
 
 
271 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  34.24 
 
 
282 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  32.66 
 
 
286 aa  136  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 
278 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  32.61 
 
 
280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.72 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.54 
 
 
286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  37.63 
 
 
274 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 
298 aa  133  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 
298 aa  133  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  33.9 
 
 
282 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 
286 aa  132  6.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 
311 aa  132  6.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  33 
 
 
282 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  35.64 
 
 
290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  33.67 
 
 
276 aa  132  1.0000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  32.53 
 
 
292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.21 
 
 
285 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  29.31 
 
 
322 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  36.54 
 
 
274 aa  130  3e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  36.54 
 
 
274 aa  130  3e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  34.58 
 
 
284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  31.88 
 
 
315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 
269 aa  129  6e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  36.15 
 
 
274 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  35.93 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>