More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_0494 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 243 aa  493  9.999999999999999e-139  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  71.07 
 
 		 251 aa  375  1e-103  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  71.6 
 
 		 247 aa  372  1e-102  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  71.25 
 
 		 252 aa  367  1e-101  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  69.29 
 
 		 250 aa  364  1e-100  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  66.39 
 
 		 248 aa  335  2.9999999999999997e-91  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  64.38 
 
 		 254 aa  319  3e-86  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  48.54 
 
 		 555 aa  210  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  44.44 
 
 		 472 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  47.48 
 
 		 562 aa  195  5.000000000000001e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  46.25 
 
 		 268 aa  194  2e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  44.87 
 
 		 253 aa  192  5e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  45.15 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  43.4 
 
 		 638 aa  185  7e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 236 aa  185  7e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 516 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  42.44 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  44.49 
 
 		 252 aa  183  2.0000000000000003e-45  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  45.06 
 
 		 387 aa  183  3e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  44.96 
 
 		 238 aa  180  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  43.16 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.11 
 
 		 237 aa  179  2.9999999999999997e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 249 aa  178  9e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  43.16 
 
 		 236 aa  177  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  44.21 
 
 		 567 aa  176  4e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 322 aa  175  5e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  41.42 
 
 		 255 aa  175  5e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  43.22 
 
 		 239 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 266 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 239 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  41.45 
 
 		 251 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.74 
 
 		 258 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  40 
 
 		 241 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  39.33 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 262 aa  169  5e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 239 aa  168  6e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 256 aa  168  8e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  40.6 
 
 		 264 aa  167  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  39.68 
 
 		 403 aa  167  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  42.8 
 
 		 250 aa  167  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 240 aa  166  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 243 aa  166  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  40.74 
 
 		 406 aa  167  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  41.8 
 
 		 247 aa  166  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.33 
 
 		 255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  41.42 
 
 		 265 aa  166  2.9999999999999998e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  41.49 
 
 		 242 aa  165  5e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  40.59 
 
 		 375 aa  165  5.9999999999999996e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 247 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 236 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 329 aa  164  9e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  37.55 
 
 		 296 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  40.68 
 
 		 243 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  40.24 
 
 		 254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  40.59 
 
 		 242 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 235 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  40.98 
 
 		 247 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 624 aa  162  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.26 
 
 		 251 aa  162  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  38.24 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 242 aa  161  7e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  40.66 
 
 		 242 aa  161  7e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  40.66 
 
 		 242 aa  161  7e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 242 aa  161  7e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 242 aa  161  7e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 242 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  40.66 
 
 		 242 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 242 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 242 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.16 
 
 		 269 aa  161  8.000000000000001e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.08 
 
 		 240 aa  161  9e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  40.93 
 
 		 284 aa  161  9e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 556 aa  160  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  36.64 
 
 		 227 aa  159  4e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 247 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916857  normal  0.0913763 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 247 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2973  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 247 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  41 
 
 		 553 aa  158  7e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 247 aa  157  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  39.59 
 
 		 694 aa  157  1e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5425  pseudouridine synthase  43.22 
 
 		 246 aa  157  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.974125  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  38.21 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  39.48 
 
 		 274 aa  157  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0242  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 467 aa  157  2e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 249 aa  155  4e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 239 aa  155  4e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  36.8 
 
 		 229 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  38.53 
 
 		 384 aa  155  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 273 aa  155  6e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  36.63 
 
 		 251 aa  155  7e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1958  pseudouridine synthase, Rsu  38.37 
 
 		 292 aa  154  8e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.347299  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  35.04 
 
 		 228 aa  155  8e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  40.08 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.97 
 
 		 252 aa  154  1e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  36.86 
 
 		 680 aa  154  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  39.33 
 
 		 259 aa  154  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>