More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_0002 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008639  Cpha266_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
376 aa  767    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0002  DNA polymerase III, beta subunit  71.85 
 
 
374 aa  566  1e-160  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.12879  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0002  DNA polymerase III, beta subunit  71.85 
 
 
374 aa  559  1e-158  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.22496  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0001  DNA-directed DNA polymerase  69.44 
 
 
378 aa  547  1e-154  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000454197  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0002  DNA polymerase III, beta chain  65.51 
 
 
374 aa  521  1e-147  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0511069  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0002  DNA polymerase III, beta subunit  63 
 
 
375 aa  493  9.999999999999999e-139  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.145618 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.05 
 
 
374 aa  472  1e-132  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.55 
 
 
379 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  30.08 
 
 
374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  31.05 
 
 
374 aa  184  3e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3720  DNA polymerase III, beta subunit  31.66 
 
 
374 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.626306  normal  0.408951 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12563  DNA polymerase III, beta chain  31.27 
 
 
362 aa  179  4.999999999999999e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.152259  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4880  DNA polymerase III, beta subunit  31.43 
 
 
379 aa  177  4e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  30.81 
 
 
372 aa  176  4e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  31.34 
 
 
372 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1752  DNA polymerase III, beta subunit  26.84 
 
 
374 aa  163  5.0000000000000005e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.236146  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0152  DNA polymerase III subunit beta  27.59 
 
 
372 aa  147  4.0000000000000006e-34  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  27.42 
 
 
397 aa  134  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 
385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  26.05 
 
 
372 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  26.05 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 
397 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  25.26 
 
 
372 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.01 
 
 
372 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  26.58 
 
 
372 aa  129  6e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.46 
 
 
376 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.8 
 
 
375 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.58 
 
 
375 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.53 
 
 
375 aa  123  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.53 
 
 
376 aa  123  6e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.62 
 
 
385 aa  122  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  24.67 
 
 
412 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  25.53 
 
 
371 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.15 
 
 
385 aa  119  7.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.87 
 
 
372 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.85 
 
 
389 aa  119  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.89 
 
 
385 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.74 
 
 
367 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1203  DNA polymerase III, beta subunit  23.96 
 
 
367 aa  117  3.9999999999999997e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0971789  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.33 
 
 
366 aa  116  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.87 
 
 
367 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  25.66 
 
 
366 aa  116  7.999999999999999e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  25.29 
 
 
367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.81 
 
 
372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.61 
 
 
367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  24.4 
 
 
367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  26.43 
 
 
382 aa  115  2.0000000000000002e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  24.02 
 
 
366 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  25.2 
 
 
373 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  23.71 
 
 
371 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  25.71 
 
 
367 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  24.35 
 
 
372 aa  114  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.65 
 
 
368 aa  113  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  0.0000583688 
 
 
-
 
NC_002978  WD1067  DNA polymerase III, beta subunit  25.33 
 
 
365 aa  113  6e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0458358  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.89 
 
 
368 aa  113  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.54 
 
 
372 aa  113  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.39 
 
 
373 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  24.45 
 
 
368 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.45 
 
 
368 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.45 
 
 
368 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  25.42 
 
 
367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.45 
 
 
368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.53 
 
 
373 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  24.21 
 
 
373 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  25.42 
 
 
367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  25.42 
 
 
367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  25.42 
 
 
367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  25.42 
 
 
367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  24.45 
 
 
368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  25.42 
 
 
367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.53 
 
 
365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.42 
 
 
367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.45 
 
 
368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.95 
 
 
373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.93 
 
 
367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.59 
 
 
365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.87 
 
 
367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.5 
 
 
367 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  23.95 
 
 
373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.1 
 
 
371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.93 
 
 
367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  26.98 
 
 
362 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  24.93 
 
 
367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.07 
 
 
372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  25.45 
 
 
375 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  24.14 
 
 
367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  23.64 
 
 
371 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.14 
 
 
367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.81 
 
 
372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.83 
 
 
371 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.04 
 
 
375 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  24.93 
 
 
373 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  23.68 
 
 
372 aa  110  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.02 
 
 
367 aa  109  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  25.93 
 
 
367 aa  109  7.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  26.7 
 
 
366 aa  109  9.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  23.88 
 
 
371 aa  109  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.26 
 
 
367 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  24.21 
 
 
366 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.87 
 
 
367 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>