297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_R0048 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0003  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  123  7e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t09173  tRNA-Ser  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.694457  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  91.11 
 
 		 126 bp  109  1e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0056  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 88 bp  103  7e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.506019  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0050  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 88 bp  103  7e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1758  tRNA-Ser  91.03 
 
 		 88 bp  99.6  1e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  91.03 
 
 		 88 bp  99.6  1e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1981  tRNA-Ser  91.03 
 
 		 88 bp  99.6  1e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1542  tRNA-Ser  91.03 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0046  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  89.89 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  89.89 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0023  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220081 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0015  tRNA-Ser  87.8 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00194399  normal  0.157065 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1785  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2241  tRNA-Ser  88.75 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1653  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2328  tRNA-Ser  88.75 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0176305  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0045  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0058  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0006  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.123019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0007  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0004  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0658061 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0028  tRNA-Ser  85.51 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000693874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0062  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0072  tRNA-Ser  89.29 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0637954 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0065  tRNA-Ser  89.29 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0042  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000190684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0034  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000648564  hitchhiker  0.0000599111 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0029  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0044  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.11052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0033  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323834  hitchhiker  0.00000000664377 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0032  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000241794  hitchhiker  0.000000080319 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0022  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000743808  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0013  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.694217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0015  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>