More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_2109 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_2109  L-serine dehydratase 1  100 
 
 		 472 aa  978    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4709  L-serine dehydratase 1  74.63 
 
 		 475 aa  740    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10673  L-serine dehydratase  69.98 
 
 		 477 aa  677    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.436502  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0239  L-serine dehydratase 1  59.37 
 
 		 475 aa  559  1e-158  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.180472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6242  L-serine dehydratase 1  57.77 
 
 		 482 aa  532  1e-150  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.679058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5758  L-serine dehydratase 1  55.37 
 
 		 475 aa  526  1e-148  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  50.53 
 
 		 458 aa  444  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  49.79 
 
 		 459 aa  443  1e-123  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  50.74 
 
 		 458 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  50.32 
 
 		 458 aa  439  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  50.53 
 
 		 469 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  47.37 
 
 		 457 aa  428  1e-119  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  48.73 
 
 		 458 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  48.73 
 
 		 458 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  48.33 
 
 		 470 aa  428  1e-118  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  47.49 
 
 		 463 aa  427  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  47.08 
 
 		 463 aa  422  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  48.52 
 
 		 458 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1985  L-serine dehydratase 1  47.64 
 
 		 453 aa  424  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  47.29 
 
 		 458 aa  424  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3225  L-serine dehydratase 1  46.68 
 
 		 475 aa  424  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  48.73 
 
 		 458 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  48.1 
 
 		 458 aa  419  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3598  L-serine ammonia-lyase  48.07 
 
 		 454 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.842995  normal  0.929959 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3428  L-serine ammonia-lyase  48.28 
 
 		 454 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3535  L-serine ammonia-lyase  48.28 
 
 		 454 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  47.69 
 
 		 462 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  47.47 
 
 		 458 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  47.47 
 
 		 458 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3408  L-serine ammonia-lyase TdcG  47.97 
 
 		 456 aa  420  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3431  L-serine ammonia-lyase  48.07 
 
 		 454 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  47.47 
 
 		 458 aa  419  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  47.07 
 
 		 462 aa  419  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3502  L-serine ammonia-lyase  48.07 
 
 		 454 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01784  L-serine deaminase I  46.57 
 
 		 454 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02979  L-serine dehydratase 3  48.07 
 
 		 454 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1829  L-serine dehydratase 1  46.57 
 
 		 454 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.693137  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0586  L-serine dehydratase 1  48.07 
 
 		 454 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02930  hypothetical protein  48.07 
 
 		 454 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2543  L-serine ammonia-lyase 1  47.01 
 
 		 454 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.263173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4425  L-serine ammonia-lyase TdcG  47.76 
 
 		 456 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0305436 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01772  hypothetical protein  46.57 
 
 		 454 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2042  L-serine dehydratase 1  46.57 
 
 		 454 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0116  L-serine dehydratase 1  49.58 
 
 		 460 aa  418  9.999999999999999e-116  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.117006  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  48.53 
 
 		 457 aa  417  9.999999999999999e-116  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2019  L-serine dehydratase 1  45.61 
 
 		 454 aa  417  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2075  L-serine ammonia-lyase 1  46.57 
 
 		 454 aa  416  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  47.07 
 
 		 462 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1819  L-serine dehydratase 1  46.57 
 
 		 454 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.561411  normal  0.687131 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1928  L-serine dehydratase 1  47.42 
 
 		 454 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.38785  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1904  L-serine dehydratase 1  46.57 
 
 		 454 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0918  L-serine dehydratase 1  47.85 
 
 		 453 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189103  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3586  L-serine dehydratase tdcG  48.07 
 
 		 454 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3245  L-serine ammonia-lyase TdcG  48.07 
 
 		 454 aa  417  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.346654  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3300  L-serine ammonia-lyase  48.07 
 
 		 454 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1374  L-serine ammonia-lyase 1  46.57 
 
 		 454 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.779144  normal  0.0170145 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0591  L-serine dehydratase 1  47.85 
 
 		 454 aa  414  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  47.05 
 
 		 458 aa  414  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2383  L-serine ammonia-lyase  46.04 
 
 		 454 aa  413  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1490  L-serine ammonia-lyase  46.91 
 
 		 454 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1942  L-serine dehydratase 1  46.88 
 
 		 458 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0383387  normal  0.499337 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2524  L-serine dehydratase 1  46.88 
 
 		 458 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.418304  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2027  L-serine ammonia-lyase  46.7 
 
 		 454 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.674197 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2810  L-serine dehydratase 1  47.42 
 
 		 461 aa  415  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0522792 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1305  L-serine ammonia-lyase  46.7 
 
 		 454 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0226237  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  46.53 
 
 		 457 aa  414  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0687  L-serine dehydratase 1  48.72 
 
 		 453 aa  412  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2838  L-serine ammonia-lyase  47.47 
 
 		 458 aa  415  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947815  hitchhiker  0.0000107679 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1966  L-serine ammonia-lyase  46.7 
 
 		 454 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2223  L-serine dehydratase 1  47.21 
 
 		 454 aa  414  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  47.26 
 
 		 458 aa  414  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1343  L-serine dehydratase 1  46.58 
 
 		 453 aa  414  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  49.47 
 
 		 473 aa  414  1e-114  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2771  L-serine ammonia-lyase  46.79 
 
 		 464 aa  413  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2406  L-serine dehydratase 1  46.88 
 
 		 458 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2417  L-serine dehydratase 1  46.88 
 
 		 458 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02642  L-serine deaminase II  46.72 
 
 		 455 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0891  L-serine dehydratase 1  46.6 
 
 		 455 aa  410  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0393995  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  46.25 
 
 		 458 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4061  L-serine ammonia-lyase 2  46.6 
 
 		 455 aa  409  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.830001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0740  L-serine dehydratase 1  46.78 
 
 		 455 aa  409  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1970  L-serine ammonia-lyase  46.91 
 
 		 454 aa  412  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.328671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  47.17 
 
 		 462 aa  409  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3075  L-serine ammonia-lyase 2  46.6 
 
 		 455 aa  409  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260671  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1806  L-serine dehydratase 1  46.84 
 
 		 458 aa  409  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  46.84 
 
 		 458 aa  411  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  48.1 
 
 		 465 aa  409  1e-113  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  45.72 
 
 		 475 aa  410  1e-113  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0982  L-serine ammonia-lyase  47.98 
 
 		 459 aa  409  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0897  L-serine dehydratase 1  48.63 
 
 		 450 aa  410  1e-113  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266509  normal  0.482369 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  46.84 
 
 		 468 aa  411  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003155  L-serine dehydratase  47.42 
 
 		 453 aa  409  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.225865  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3102  L-serine dehydratase 2  46.72 
 
 		 455 aa  409  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2711  L-serine dehydratase 1  46.47 
 
 		 458 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.468733 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02604  hypothetical protein  46.72 
 
 		 455 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  46.32 
 
 		 458 aa  409  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2937  L-serine ammonia-lyase 2  46.6 
 
 		 455 aa  409  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.427341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2451  L-serine dehydratase 1  47.42 
 
 		 454 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  47.47 
 
 		 458 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0864  L-serine dehydratase 1  45.92 
 
 		 455 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>