More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1967 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1967  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 92 aa  174  3e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00606172  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09623  probable DNA-binding protein HU  61.11 
 
 		 90 aa  118  1.9999999999999998e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.355669  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0139  histone family protein DNA-binding protein  62.22 
 
 		 90 aa  113  8.999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1826  hypothetical protein  54.95 
 
 		 92 aa  108  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1822  hypothetical protein  54.95 
 
 		 92 aa  108  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  103  7e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4704  histone-like DNA-binding protein  51.65 
 
 		 93 aa  103  9e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0390  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000165854  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3085  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 		 91 aa  99.8  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000115471  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  97.1  7e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 92 aa  96.7  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0045  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  96.7  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000165888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000844989  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  51.11 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1653  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  94.7  3e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  unclonable  0.0000440637 
 
 
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  51.11 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0083  DNA-binding protein HU (DNA-binding protein II)  50.56 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  51.11 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1430  histone family protein DNA-binding protein  49.44 
 
 		 90 aa  94.4  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000153062  normal  0.144736 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1362  histone-like DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.102123  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1172  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.856335  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3229  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 91 aa  94  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3397  DNA-binding protein HU, form B  47.83 
 
 		 92 aa  94  7e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.218557  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  47.83 
 
 		 92 aa  94  7e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1629  DNA-binding protein HU, form B  47.83 
 
 		 92 aa  94  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0004  DNA-binding protein HU-alpha  47.83 
 
 		 92 aa  94  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0004  DNA-binding protein HU-alpha  47.83 
 
 		 126 aa  94  7e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2972  DNA-binding protein HU-alpha  47.83 
 
 		 92 aa  94  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0004  DNA-binding protein HU-alpha  47.83 
 
 		 92 aa  94  7e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0066  histone family protein DNA-binding protein  47.83 
 
 		 92 aa  93.6  8e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0084  histone family protein DNA-binding protein  47.83 
 
 		 92 aa  93.6  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3247  histone-like DNA-binding protein  47.83 
 
 		 92 aa  93.6  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0799  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0173855 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0005  histone-like DNA-binding protein  47.83 
 
 		 92 aa  93.6  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129264  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0065  histone family protein DNA-binding protein  47.83 
 
 		 92 aa  93.6  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0055  histone family protein DNA-binding protein  47.83 
 
 		 92 aa  93.6  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0065  histone family protein DNA-binding protein  47.83 
 
 		 92 aa  93.6  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1474  putative DNA-binding protein HU-beta  51.11 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000997119  hitchhiker  0.0000985943 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  45.65 
 
 		 94 aa  93.2  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0324  histone family protein DNA-binding protein  50.56 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.0110025 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  45.65 
 
 		 94 aa  93.2  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0115  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 95 aa  93.2  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552761  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2424  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 91 aa  93.2  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394497  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 		 91 aa  93.2  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000417185  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  50.56 
 
 		 91 aa  92.8  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000024611  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  53.26 
 
 		 94 aa  91.7  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1626  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  92  3e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000133039  hitchhiker  0.00000000638901 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3067  histone family protein DNA-binding protein  46.74 
 
 		 92 aa  91.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0353619 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0875  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.757232  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2602  DNA-binding protein HU  50.54 
 
 		 96 aa  91.3  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0717937  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1604  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000159132 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  50.56 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000512711  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3933  histone family protein DNA-binding protein  45.65 
 
 		 92 aa  91.3  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1673  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000325838  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0868  histone-like DNA-binding protein  50.54 
 
 		 95 aa  91.3  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0392256  normal  0.0328691 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 101 aa  91.3  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4504  DNA-binding protein HU-alpha  45.65 
 
 		 92 aa  91.3  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  50.56 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  50 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  48.89 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  50 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0550  DNA-binding protein HU-beta  48.91 
 
 		 92 aa  90.9  6e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0964  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 92 aa  90.5  7e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.00000000994236  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  90.1  8e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  53.93 
 
 		 94 aa  90.5  8e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1553  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 		 91 aa  90.1  8e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  90.5  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  90.1  8e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  53.93 
 
 		 94 aa  90.1  9e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0765  nucleoid protein Hbs  48.86 
 
 		 91 aa  90.1  9e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000296782  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1926  histone family protein DNA-binding protein  51.09 
 
 		 92 aa  90.1  9e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000201993  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  48.89 
 
 		 90 aa  89.4  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  50 
 
 		 90 aa  89.4  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1010  nucleoid protein Hbs  50 
 
 		 91 aa  90.1  1e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.301873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>