More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1841 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
246 aa  509  1e-143  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.88 
 
 
235 aa  273  2.0000000000000002e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13143  hypothetical protein  52.84 
 
 
235 aa  246  2e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0147396  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  42.19 
 
 
234 aa  194  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.49 
 
 
248 aa  180  2e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  38.82 
 
 
239 aa  180  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.2 
 
 
234 aa  170  2e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  36.86 
 
 
234 aa  164  9e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  37.82 
 
 
235 aa  155  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
248 aa  122  6e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.92 
 
 
247 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  35.19 
 
 
239 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.52 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.43 
 
 
245 aa  105  9e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 
247 aa  103  3e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  29.51 
 
 
248 aa  102  4e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  29.71 
 
 
243 aa  100  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  27.6 
 
 
249 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.25 
 
 
243 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.27 
 
 
259 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.02 
 
 
239 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.27 
 
 
259 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  29.91 
 
 
244 aa  99  6e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  29.6 
 
 
242 aa  99  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.86 
 
 
259 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.86 
 
 
259 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.86 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.67 
 
 
243 aa  97.8  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.79 
 
 
244 aa  97.8  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.98 
 
 
248 aa  97.4  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  32.69 
 
 
230 aa  97.4  2e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.45 
 
 
247 aa  96.3  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.05 
 
 
244 aa  96.3  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  29.58 
 
 
242 aa  95.9  6e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2239  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.07 
 
 
248 aa  95.5  7e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  32.41 
 
 
242 aa  94.4  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.79 
 
 
244 aa  94  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.09 
 
 
241 aa  94  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.72 
 
 
239 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.63 
 
 
244 aa  93.6  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.72 
 
 
239 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  27.62 
 
 
244 aa  92.4  5e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.09 
 
 
239 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  26.8 
 
 
249 aa  92.4  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.73 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.63 
 
 
239 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0100  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.53 
 
 
254 aa  92  7e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.91 
 
 
239 aa  92  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  28.05 
 
 
243 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.05 
 
 
243 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07251  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.53 
 
 
254 aa  91.3  1e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041784 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  28.05 
 
 
243 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.95 
 
 
239 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  28.34 
 
 
245 aa  90.9  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  27.64 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.64 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.7 
 
 
240 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.64 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.28 
 
 
255 aa  89.7  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 
244 aa  90.1  3e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.64 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.64 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.17 
 
 
240 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.64 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.7 
 
 
242 aa  89.4  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.28 
 
 
245 aa  89.7  4e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.14 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.86 
 
 
254 aa  89.4  5e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.7 
 
 
242 aa  89.4  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.22 
 
 
241 aa  89  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.41 
 
 
243 aa  89  6e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  28.94 
 
 
240 aa  89  7e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  30.23 
 
 
242 aa  88.2  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3545  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.99 
 
 
258 aa  87.8  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4766  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.44 
 
 
240 aa  87.8  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  28.16 
 
 
251 aa  87  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  27.64 
 
 
243 aa  87.8  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.09 
 
 
244 aa  86.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.53 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.3 
 
 
245 aa  86.3  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  31.17 
 
 
235 aa  86.3  4e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  31.7 
 
 
251 aa  85.9  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  27.57 
 
 
245 aa  85.5  6e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.4 
 
 
244 aa  85.5  7e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.57 
 
 
244 aa  85.5  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.46 
 
 
246 aa  85.5  7e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.34 
 
 
244 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  29.17 
 
 
239 aa  84.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  26.25 
 
 
249 aa  85.1  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.96 
 
 
243 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.96 
 
 
243 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.33 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.83 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.83 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.96 
 
 
243 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.96 
 
 
243 aa  84  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.83 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07811  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.18 
 
 
251 aa  83.2  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00244277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.82 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.73 
 
 
243 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>