More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1709 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 
387 aa  778    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  60 
 
 
555 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  58.1 
 
 
472 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  60.41 
 
 
562 aa  288  9e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  56.3 
 
 
638 aa  277  2e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  55.6 
 
 
516 aa  273  3e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00765  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  55.51 
 
 
259 aa  272  9e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.385176  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  54.03 
 
 
252 aa  269  7e-71  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1384  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.22 
 
 
302 aa  258  1e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176082  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  46.81 
 
 
238 aa  194  3e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.23 
 
 
237 aa  194  3e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  40.93 
 
 
274 aa  193  4e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  44.92 
 
 
252 aa  192  7e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  46.15 
 
 
268 aa  192  1e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  45.06 
 
 
254 aa  189  7e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  43.64 
 
 
251 aa  187  3e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  45.8 
 
 
248 aa  187  3e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  44.07 
 
 
250 aa  186  5e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  43.64 
 
 
253 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.91 
 
 
239 aa  184  3e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  44.44 
 
 
247 aa  184  3e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.92 
 
 
243 aa  183  5.0000000000000004e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.98 
 
 
239 aa  182  7e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.55 
 
 
249 aa  182  1e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  44.12 
 
 
255 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  43.46 
 
 
309 aa  180  4e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  40.17 
 
 
273 aa  178  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  42.49 
 
 
694 aa  178  2e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  42.74 
 
 
624 aa  177  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  43.22 
 
 
238 aa  176  5e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  42.92 
 
 
406 aa  176  9e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  40.93 
 
 
680 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  42.92 
 
 
556 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  43.35 
 
 
567 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  43.83 
 
 
245 aa  172  9e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  39.39 
 
 
239 aa  172  1e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  42.13 
 
 
403 aa  171  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  43.64 
 
 
236 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  42.98 
 
 
243 aa  170  4e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_695  pseudouridine synthase, RsuA family  42.98 
 
 
249 aa  169  9e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.88 
 
 
332 aa  169  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  44.3 
 
 
322 aa  168  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  32.14 
 
 
621 aa  168  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  42.67 
 
 
271 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.55 
 
 
245 aa  167  4e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  42.24 
 
 
274 aa  167  4e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.55 
 
 
245 aa  167  4e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.48 
 
 
240 aa  166  5e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  42.13 
 
 
243 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  38.91 
 
 
375 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  40.34 
 
 
264 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  42.67 
 
 
266 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.08 
 
 
240 aa  164  3e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  38.11 
 
 
296 aa  164  3e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  41.02 
 
 
265 aa  163  4.0000000000000004e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  39.74 
 
 
235 aa  163  5.0000000000000005e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 
251 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  39.27 
 
 
329 aa  163  6e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  40.98 
 
 
306 aa  163  6e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  40.25 
 
 
241 aa  162  7e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0715  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.7 
 
 
249 aa  162  1e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  41.81 
 
 
266 aa  162  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.02 
 
 
258 aa  161  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  40.17 
 
 
244 aa  161  2e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  41.7 
 
 
242 aa  160  4e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  40.66 
 
 
245 aa  160  4e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  39.75 
 
 
426 aa  159  6e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  40.51 
 
 
324 aa  159  8e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  38.66 
 
 
553 aa  159  8e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  40.51 
 
 
329 aa  159  9e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.9 
 
 
269 aa  157  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.6 
 
 
247 aa  157  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  40.17 
 
 
250 aa  157  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  40.5 
 
 
251 aa  157  4e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  41.78 
 
 
230 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  39.57 
 
 
318 aa  156  6e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 
236 aa  156  7e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.76 
 
 
328 aa  156  7e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 
242 aa  155  8e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 
242 aa  155  9e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  40.43 
 
 
242 aa  155  9e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 
242 aa  155  9e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 
242 aa  155  1e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  40.43 
 
 
242 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  40.43 
 
 
242 aa  155  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 
242 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.04 
 
 
255 aa  155  1e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 
242 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  35.98 
 
 
282 aa  154  2e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  40.43 
 
 
242 aa  154  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  39.52 
 
 
256 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  38.17 
 
 
289 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  35.81 
 
 
239 aa  154  2.9999999999999998e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  38.98 
 
 
284 aa  153  4e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1356  pseudouridine synthase  41.2 
 
 
254 aa  152  1e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  40.87 
 
 
250 aa  152  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2371  pseudouridine synthase  35 
 
 
319 aa  151  2e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.588015  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0763  pseudouridine synthase, Rsu  39.66 
 
 
253 aa  150  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  35.92 
 
 
554 aa  150  3e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  42.06 
 
 
239 aa  150  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>