More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1239 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1239  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 373 aa  766    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0985  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  53.68 
 
 		 382 aa  413  1e-114  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03320  putative DNA polymerase III, delta subunit  52.12 
 
 		 390 aa  406  1.0000000000000001e-112  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0875  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  35.42 
 
 		 379 aa  229  7e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3272  DNA polymerase III gamma/tau subunit  34.13 
 
 		 372 aa  225  9e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0491  DNA polymerase III gamma/tau subunit  33.77 
 
 		 375 aa  207  2e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6089  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  34.48 
 
 		 371 aa  203  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0075  DNA polymerase III gamma/tau subunit  34.74 
 
 		 382 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0932  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  31.25 
 
 		 416 aa  185  1.0000000000000001e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.1978 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0634  hypothetical protein  30.41 
 
 		 381 aa  169  5e-41  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.89 
 
 		 391 aa  127  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  30.86 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.98 
 
 		 318 aa  105  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.05 
 
 		 343 aa  103  6e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.85 
 
 		 323 aa  102  8e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  32.77 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.27 
 
 		 331 aa  100  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  32.06 
 
 		 389 aa  99.4  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.99 
 
 		 339 aa  97.4  4e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.53 
 
 		 327 aa  97.4  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0587  DNA-directed DNA polymerase  25.56 
 
 		 388 aa  96.3  8e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.44 
 
 		 324 aa  95.9  9e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0715  DNA-directed DNA polymerase  30.34 
 
 		 389 aa  95.5  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402884  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0042  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.04 
 
 		 320 aa  95.1  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0152578  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  29.6 
 
 		 358 aa  94.7  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.59 
 
 		 326 aa  95.1  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.09 
 
 		 335 aa  93.6  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.85 
 
 		 320 aa  93.2  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  27.41 
 
 		 390 aa  92.4  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.53 
 
 		 358 aa  92.4  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  25.16 
 
 		 320 aa  92.4  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1778  DNA polymerase III, delta subunit, putative  28.89 
 
 		 391 aa  91.7  2e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  28.5 
 
 		 326 aa  90.5  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  30 
 
 		 354 aa  90.5  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.69 
 
 		 330 aa  90.1  6e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  27.27 
 
 		 341 aa  89.7  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.28 
 
 		 320 aa  89  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  38.58 
 
 		 381 aa  89  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  26.01 
 
 		 388 aa  88.2  2e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  28.27 
 
 		 343 aa  87.4  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.17 
 
 		 344 aa  86.7  7e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.86 
 
 		 335 aa  85.5  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  28.33 
 
 		 374 aa  85.1  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.05 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  37.82 
 
 		 373 aa  83.6  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1460  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.25 
 
 		 320 aa  83.2  0.000000000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  25.81 
 
 		 327 aa  82  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  25.81 
 
 		 327 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.23 
 
 		 320 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  25.81 
 
 		 327 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0122  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  22.88 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.26 
 
 		 370 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  26.67 
 
 		 346 aa  82  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  28.33 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.13 
 
 		 363 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1870  DNA-directed DNA polymerase  29.03 
 
 		 390 aa  80.5  0.00000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000004805  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5416  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.03 
 
 		 373 aa  80.9  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.141757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  26.54 
 
 		 364 aa  80.5  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.97 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  28.1 
 
 		 370 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  35.48 
 
 		 370 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  25.3 
 
 		 373 aa  80.1  0.00000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000014932 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  26.95 
 
 		 347 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.51 
 
 		 354 aa  80.1  0.00000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1495  DNA polymerase III subunit delta'  31.72 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0414246  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.87 
 
 		 343 aa  79.7  0.00000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.5 
 
 		 339 aa  79.3  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.26 
 
 		 363 aa  79.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  25.54 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  27.23 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  27.31 
 
 		 360 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  25.54 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  25.9 
 
 		 337 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.05 
 
 		 589 aa  78.2  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  33.82 
 
 		 337 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  35.48 
 
 		 373 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  25.54 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  28.09 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02011  DNA polymerase III subunit delta'  30.62 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.847421 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  27.31 
 
 		 360 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  30.28 
 
 		 321 aa  78.2  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  28.09 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  25.3 
 
 		 347 aa  78.6  0.0000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  27.31 
 
 		 341 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  26.75 
 
 		 374 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  27.11 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  26.61 
 
 		 327 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.74 
 
 		 329 aa  77.4  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  25.94 
 
 		 372 aa  77.4  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.21 
 
 		 322 aa  76.6  0.0000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  24.26 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  37.01 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  36.99 
 
 		 320 aa  75.5  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.8 
 
 		 323 aa  75.5  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  33.61 
 
 		 326 aa  75.9  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0008  DNA polymerase III gamma-tau subunits  28.1 
 
 		 669 aa  74.7  0.000000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.167579  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  27.73 
 
 		 330 aa  74.7  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.49 
 
 		 332 aa  74.7  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1574  DNA polymerase III subunit delta'  39.09 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0084  DNA polymerase III subunit delta'  29.27 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>