More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1148 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  100 
 
 
209 aa  417  1e-116  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000671055  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  69.71 
 
 
208 aa  300  1e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0396  50S ribosomal protein L4  67.46 
 
 
209 aa  293  1e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4344  50S ribosomal protein L4  62.68 
 
 
209 aa  276  1e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000409516  normal  0.126717 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0603  ribosomal protein L4/L1e  59.81 
 
 
209 aa  264  7e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3161  50S ribosomal protein L4  57.97 
 
 
208 aa  259  2e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_002950  PG1937  50S ribosomal protein L4  56.52 
 
 
209 aa  258  3e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5786  ribosomal protein L4/L1e  55.98 
 
 
209 aa  249  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.116422 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0196  50S ribosomal protein L4  54.68 
 
 
210 aa  237  1e-61  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.371225 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  51.22 
 
 
212 aa  227  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  49.28 
 
 
208 aa  211  4.9999999999999996e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1850  50S ribosomal protein L4  50.72 
 
 
208 aa  209  2e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264817  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0843  ribosomal protein L4/L1e  48.79 
 
 
214 aa  201  9e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  47.83 
 
 
208 aa  200  9.999999999999999e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169782  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0181  50S ribosomal protein L4  47.34 
 
 
208 aa  197  9e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000196789  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2295  50S ribosomal protein L4  49.28 
 
 
208 aa  196  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0333756  hitchhiker  0.00351228 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2063  50S ribosomal protein L4  45.89 
 
 
208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000340203  normal  0.385687 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0290  50S ribosomal protein L4  46.86 
 
 
212 aa  193  2e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  45.59 
 
 
206 aa  182  2.0000000000000003e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  45.41 
 
 
207 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  181  6e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 
207 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  47.29 
 
 
207 aa  180  1e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  47.29 
 
 
207 aa  180  1e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  45.15 
 
 
207 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  42.44 
 
 
206 aa  178  4e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  43.54 
 
 
209 aa  178  4e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  46.86 
 
 
206 aa  177  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  44.39 
 
 
207 aa  173  9.999999999999999e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  45.32 
 
 
207 aa  172  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  43.75 
 
 
209 aa  172  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  41.55 
 
 
207 aa  169  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  44.95 
 
 
207 aa  169  3e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  42.72 
 
 
207 aa  168  6e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
206 aa  168  6e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  42.72 
 
 
206 aa  167  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0290  ribosomal protein L4/L1e  43.06 
 
 
208 aa  166  2e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00437959  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  42.44 
 
 
207 aa  165  4e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  43.96 
 
 
207 aa  165  5e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  43.22 
 
 
207 aa  164  6.9999999999999995e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  42.72 
 
 
207 aa  164  6.9999999999999995e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  42.23 
 
 
207 aa  163  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  41.63 
 
 
221 aa  160  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1137  50S ribosomal protein L4  40.54 
 
 
223 aa  160  2e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000824266  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  41.1 
 
 
221 aa  159  2e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000111144  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  39.02 
 
 
208 aa  159  3e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  39.61 
 
 
214 aa  159  3e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  40.78 
 
 
204 aa  159  4e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  37.9 
 
 
221 aa  158  5e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  42.23 
 
 
207 aa  158  6e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  40 
 
 
208 aa  158  7e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3011  50S ribosomal protein L4  39.23 
 
 
212 aa  158  7e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00787083 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  42.03 
 
 
208 aa  157  8e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  40.67 
 
 
223 aa  157  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  40.29 
 
 
204 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  40.19 
 
 
223 aa  156  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  42.21 
 
 
207 aa  155  3e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  38.28 
 
 
209 aa  154  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  43.27 
 
 
207 aa  153  2e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  39.61 
 
 
208 aa  152  5e-36  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3023  ribosomal protein L4/L1e  38.57 
 
 
222 aa  151  5.9999999999999996e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443321  normal  0.0189884 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  40.49 
 
 
207 aa  150  1e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0768  50S ribosomal protein L4  40.7 
 
 
211 aa  150  2e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000241518  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1160  ribosomal protein L4/L1e  40.3 
 
 
208 aa  150  2e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000738717  hitchhiker  0.000000590673 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  40.89 
 
 
207 aa  150  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0320  50S ribosomal protein L4  42.79 
 
 
207 aa  149  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.18695e-20  hitchhiker  0.00000667461 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3183  50S ribosomal protein L4  40.78 
 
 
206 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  39.22 
 
 
208 aa  149  3e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2560  50S ribosomal protein L4/L1e  37.91 
 
 
210 aa  149  4e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0559575  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0720  50S ribosomal protein L4  40.59 
 
 
201 aa  149  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000427281  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1293  50S ribosomal protein L4  39.41 
 
 
210 aa  148  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000205733  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1837  ribosomal protein L4/L1e  40.48 
 
 
215 aa  148  7e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00300997  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0681  50S ribosomal protein L4  37.68 
 
 
207 aa  148  7e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.486374  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  37.25 
 
 
205 aa  147  8e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3704  50S ribosomal protein L4  40.78 
 
 
210 aa  147  9e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl124  50S ribosomal protein L4  37.68 
 
 
208 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000604234  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  41.46 
 
 
207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000045126  hitchhiker  0.00000000148432 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2296  50S ribosomal protein L4  40.78 
 
 
206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0478  ribosomal protein L4/L1e  40.21 
 
 
209 aa  147  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  40.1 
 
 
207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0459  50S ribosomal protein L4  39.9 
 
 
205 aa  146  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0692  50S ribosomal protein L4  39.23 
 
 
210 aa  146  3e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000477042  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  40.49 
 
 
206 aa  145  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3666  50S ribosomal protein L4  40.1 
 
 
206 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2231  50S ribosomal protein L4  40.67 
 
 
210 aa  145  5e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.402946 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  38.16 
 
 
206 aa  145  5e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_002936  DET0475  50S ribosomal protein L4  38.65 
 
 
210 aa  144  6e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00700158  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0857  50S ribosomal protein L4  38.46 
 
 
205 aa  145  6e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  38.54 
 
 
205 aa  144  7.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1431  50S ribosomal protein L4  39.02 
 
 
206 aa  144  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112454  normal  0.0117604 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4275  50S ribosomal protein L4  39.9 
 
 
201 aa  144  8.000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000159231  unclonable  0.00000000000448849 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>