More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0931 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  100 
 
 
494 aa  1025    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  56.88 
 
 
494 aa  558  1e-157  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  39.53 
 
 
477 aa  289  9e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  34.71 
 
 
499 aa  247  3e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  38.02 
 
 
483 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  35.73 
 
 
487 aa  230  4e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  35.46 
 
 
476 aa  223  4.9999999999999996e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  36.02 
 
 
479 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  34.2 
 
 
501 aa  210  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  35.84 
 
 
473 aa  207  5e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3634  RagB/SusD domain protein  33.78 
 
 
508 aa  206  1e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  33.92 
 
 
507 aa  205  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  34.38 
 
 
486 aa  204  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  35.78 
 
 
500 aa  204  4e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  32.69 
 
 
497 aa  194  3e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  37.34 
 
 
506 aa  193  5e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  31.03 
 
 
478 aa  189  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  35.31 
 
 
481 aa  189  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  32.95 
 
 
506 aa  187  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1122  RagB/SusD domain protein  32.63 
 
 
511 aa  186  1.0000000000000001e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  34.36 
 
 
498 aa  182  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  31.35 
 
 
502 aa  182  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  31.79 
 
 
499 aa  181  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  32.47 
 
 
492 aa  180  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  30.29 
 
 
491 aa  180  5.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  34.62 
 
 
514 aa  179  7e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3496  RagB/SusD domain protein  31.89 
 
 
519 aa  179  8e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000423782  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  32.19 
 
 
494 aa  179  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0444  RagB/SusD domain protein  28.54 
 
 
498 aa  175  1.9999999999999998e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  34.24 
 
 
477 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  31.31 
 
 
514 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  35.82 
 
 
486 aa  173  5e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  32.87 
 
 
460 aa  173  5e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  31.38 
 
 
522 aa  172  9e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  32.15 
 
 
488 aa  172  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6287  RagB/SusD domain protein  30.54 
 
 
531 aa  170  7e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.360151 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  30.8 
 
 
488 aa  169  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  32.55 
 
 
503 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  30.61 
 
 
503 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  31.48 
 
 
490 aa  165  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  30.75 
 
 
499 aa  164  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  32 
 
 
493 aa  162  2e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2282  RagB/SusD domain protein  30.95 
 
 
540 aa  161  2e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3870  RagB/SusD domain-containing protein  31.3 
 
 
498 aa  160  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248974  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2021  RagB/SusD domain-containing protein  31.95 
 
 
507 aa  160  5e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.367368  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4818  RagB/SusD domain protein  29.47 
 
 
486 aa  160  5e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0677815  unclonable  0.0000000000000348036 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1779  RagB/SusD domain protein  28.63 
 
 
485 aa  160  6e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4848  RagB/SusD domain protein  29.81 
 
 
523 aa  159  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.101496  hitchhiker  0.00561902 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  27.89 
 
 
541 aa  157  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0005  RagB/SusD domain protein  29.81 
 
 
504 aa  156  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2136  RagB/SusD domain protein  30.62 
 
 
470 aa  155  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.528291 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  29.56 
 
 
476 aa  154  2.9999999999999998e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  30.43 
 
 
483 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4497  RagB/SusD domain protein  33.12 
 
 
531 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  30.52 
 
 
480 aa  154  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2434  RagB/SusD domain protein  28.67 
 
 
588 aa  154  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000109153  normal  0.490439 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2140  RagB/SusD domain protein  30.12 
 
 
529 aa  152  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.305226 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  29.7 
 
 
513 aa  152  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  29.6 
 
 
511 aa  152  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0344  RagB/SusD domain protein  30.5 
 
 
612 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  28.07 
 
 
527 aa  148  3e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  28.05 
 
 
480 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3421  RagB/SusD domain protein  30.46 
 
 
521 aa  147  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4005  RagB/SusD domain protein  28.73 
 
 
495 aa  147  6e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0243804  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  29.18 
 
 
481 aa  146  6e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1481  RagB/SusD domain protein  33.59 
 
 
499 aa  144  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.476602  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  27.75 
 
 
519 aa  144  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0788  RagB/SusD domain protein  31.15 
 
 
603 aa  142  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  30.1 
 
 
484 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  29.28 
 
 
448 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2992  RagB/SusD domain protein  28.86 
 
 
576 aa  142  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.145444  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2244  RagB/SusD domain protein  26.41 
 
 
532 aa  141  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.170816  normal  0.955018 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3419  RagB/SusD domain protein  32.33 
 
 
521 aa  139  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.311726  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  28.77 
 
 
456 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2828  RagB/SusD domain protein  27.24 
 
 
549 aa  138  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.251846  normal  0.0738006 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4266  RagB/SusD domain protein  32.33 
 
 
527 aa  138  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.145699 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  30.84 
 
 
503 aa  137  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3634  RagB/SusD domain protein  29.28 
 
 
510 aa  136  9e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358652  normal  0.222637 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0199  RagB/SusD domain protein  31.01 
 
 
511 aa  135  9.999999999999999e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.820829  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2846  RagB/SusD domain protein  29.63 
 
 
487 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000771194  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3864  RagB/SusD domain-containing protein  28.88 
 
 
507 aa  134  3e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0348002  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1857  RagB/SusD domain protein  34.29 
 
 
505 aa  134  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363797  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1282  RagB/SusD domain protein  31.66 
 
 
613 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0634  RagB/SusD domain protein  30.28 
 
 
522 aa  133  6e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  31.63 
 
 
466 aa  133  6.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4950  RagB/SusD domain-containing protein  26.58 
 
 
532 aa  132  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  unclonable  0.000000000321491  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4817  RagB/SusD domain protein  28.26 
 
 
564 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0936776  unclonable  0.0000000000000465252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1590  RagB/SusD domain protein  28.76 
 
 
540 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.361992 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2242  RagB/SusD domain protein  27.01 
 
 
557 aa  131  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0577944  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3250  RagB/SusD domain-containing protein  28.82 
 
 
511 aa  130  4.0000000000000003e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  28.04 
 
 
497 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  28.06 
 
 
461 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1602  RagB/SusD domain protein  27.07 
 
 
570 aa  130  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.71543 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2152  RagB/SusD domain protein  26.4 
 
 
582 aa  130  8.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000171014  normal  0.505642 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4195  RagB/SusD domain-containing protein  26.91 
 
 
506 aa  129  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5550  RagB/SusD domain protein  27.46 
 
 
520 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2709  RagB/SusD domain protein  32.11 
 
 
489 aa  127  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000284151  normal  0.714697 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6530  RagB/SusD domain protein  27.86 
 
 
521 aa  127  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3171  RagB/SusD domain protein  26.63 
 
 
579 aa  126  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670451  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1439  RagB/SusD domain protein  28.34 
 
 
527 aa  125  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.271044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>