More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0747 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_0747  ribonuclease HII  100 
 
 
198 aa  411  1e-114  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05540  putative ribonuclease HII  63.74 
 
 
199 aa  251  6e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.734266  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1923  ribonuclease HII  54.13 
 
 
221 aa  237  9e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0404  ribonuclease HII  58.08 
 
 
203 aa  234  9e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.505687 
 
 
-
 
NC_002950  PG0736  ribonuclease HII  60.67 
 
 
201 aa  231  5e-60  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6108  Ribonuclease H  55.5 
 
 
191 aa  224  9e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0851  Ribonuclease H  60.62 
 
 
220 aa  222  3e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3847  Ribonuclease H  54.87 
 
 
208 aa  221  7e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.297829  normal  0.541693 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1724  hypothetical protein  54.64 
 
 
196 aa  205  3e-52  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0420025 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1185  hypothetical protein  53.61 
 
 
194 aa  205  3e-52  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.130682 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2825  RNase HII  51.74 
 
 
202 aa  204  1e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2650  ribonuclease HII  52.72 
 
 
229 aa  178  4.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2485  Ribonuclease H  50 
 
 
198 aa  176  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0038  ribonuclease HII  50 
 
 
205 aa  176  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2413  ribonuclease HII  51.08 
 
 
207 aa  173  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  49.47 
 
 
198 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3477  ribonuclease HII  49.47 
 
 
198 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000111932  normal  0.110141 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  49.47 
 
 
198 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3420  Ribonuclease H  48.94 
 
 
198 aa  170  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00118566  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0185  ribonuclease HII  48.94 
 
 
198 aa  170  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000292767  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0187  ribonuclease HII  48.94 
 
 
198 aa  170  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000269157  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0194  ribonuclease HII  48.94 
 
 
198 aa  169  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00608058  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1531  Ribonuclease H  47.34 
 
 
203 aa  169  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00536473  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0176  ribonuclease HII  48.94 
 
 
198 aa  169  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0723713  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0193  ribonuclease HII  48.94 
 
 
198 aa  169  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.614653  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0018  ribonuclease HII  46.6 
 
 
206 aa  167  8e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000692909  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2102  ribonuclease HII  51.09 
 
 
210 aa  166  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.497942 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0271  ribonuclease HII  47.87 
 
 
198 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.259033  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  48.91 
 
 
198 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0256  ribonuclease HII  47.87 
 
 
198 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0252  ribonuclease HII  47.87 
 
 
198 aa  165  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.553168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0268  ribonuclease HII  47.87 
 
 
198 aa  165  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.443462  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0252  ribonuclease HII  47.87 
 
 
198 aa  165  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.653457 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  50.57 
 
 
198 aa  165  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  48.35 
 
 
198 aa  164  9e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0482  ribonuclease HII  47.31 
 
 
211 aa  163  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0721  ribonuclease HII  46.81 
 
 
198 aa  162  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  48.04 
 
 
212 aa  162  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3310  Ribonuclease H  45.9 
 
 
207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  48.04 
 
 
206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  48.02 
 
 
203 aa  161  6e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  46.2 
 
 
198 aa  160  9e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  44.79 
 
 
198 aa  159  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  44.79 
 
 
198 aa  159  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1080  ribonuclease HII  44.79 
 
 
198 aa  159  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  46.89 
 
 
211 aa  158  4e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1516  RNase HII  48.39 
 
 
193 aa  158  5e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0017  ribonuclease HII  46.07 
 
 
299 aa  158  5e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1096  Ribonuclease H  45.11 
 
 
277 aa  157  8e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0149417  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  48.3 
 
 
198 aa  157  8e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0668  ribonuclease H  49.18 
 
 
199 aa  157  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0544972  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0018  ribonuclease HII  45.79 
 
 
207 aa  156  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000987865  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2583  ribonuclease HII  47.09 
 
 
199 aa  156  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.584045  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2534  ribonuclease H  47.54 
 
 
227 aa  157  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3776  ribonuclease HII  45.5 
 
 
197 aa  156  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0312514  hitchhiker  0.00441554 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1357  ribonuclease HII  44.16 
 
 
211 aa  156  2e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1407  Ribonuclease H  48.3 
 
 
204 aa  155  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1568  ribonuclease HII  43.88 
 
 
214 aa  154  9e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0878508  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2962  ribonuclease H  45.45 
 
 
204 aa  153  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.118797 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2443  ribonuclease HII  47.78 
 
 
193 aa  152  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.0013683  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  45.6 
 
 
218 aa  153  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1284  ribonuclease HII  50 
 
 
212 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.103887  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2020  Ribonuclease H  45.76 
 
 
197 aa  152  4e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.395926  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2621  ribonuclease HII  43.92 
 
 
208 aa  151  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322497  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1756  ribonuclease HII  51.26 
 
 
196 aa  151  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.384083  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0011  ribonuclease HII  47.8 
 
 
208 aa  151  5.9999999999999996e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000000150276  normal  0.177364 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1791  Ribonuclease H  44.74 
 
 
230 aa  151  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3660  ribonuclease HII  45.45 
 
 
257 aa  150  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00273984  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2164  ribonuclease HII  47.87 
 
 
203 aa  150  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.159466  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0542  ribonuclease HII, putative  37.95 
 
 
207 aa  150  1e-35  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.597529  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1286  ribonuclease H  49.21 
 
 
199 aa  149  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl537  ribonuclease HII, primer excision  43.24 
 
 
208 aa  149  2e-35  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000000093074  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1271  ribonuclease HII  47.43 
 
 
210 aa  149  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.329181  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2022  ribonuclease H  46.89 
 
 
201 aa  150  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1449  ribonuclease HII  45.51 
 
 
226 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000143368  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  46.77 
 
 
201 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1569  ribonuclease HII  43.62 
 
 
217 aa  149  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3935  ribonuclease HII  45.2 
 
 
257 aa  149  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000395689  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2147  ribonuclease HII  44.55 
 
 
220 aa  148  4e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01386  ribonuclease HII  46.77 
 
 
190 aa  149  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00865993  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2694  ribonuclease HII  47.18 
 
 
209 aa  148  5e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.529016  hitchhiker  0.00296162 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  46.24 
 
 
201 aa  148  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0761  ribonuclease HII  45.25 
 
 
256 aa  148  6e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0868001  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1702  ribonuclease HII  44.89 
 
 
242 aa  148  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.778683  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2038  ribonuclease HII  46.29 
 
 
217 aa  147  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.886397  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1263  ribonuclease H  47.12 
 
 
197 aa  147  9e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  46.24 
 
 
208 aa  147  9e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3007  ribonuclease HII  46.15 
 
 
224 aa  147  9e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.654478  normal  0.32816 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0812  ribonuclease HII  44.39 
 
 
256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000539552  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1907  ribonuclease HII  46.29 
 
 
217 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  46.52 
 
 
208 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0391  ribonuclease H  45.3 
 
 
199 aa  147  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.451839 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1175  Ribonuclease H  46.59 
 
 
202 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0302  ribonuclease HII  45.56 
 
 
338 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0995743  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2613  ribonuclease HII  46.93 
 
 
240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4934  ribonuclease HII  45.36 
 
 
235 aa  146  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207973  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1993  ribonuclease HII  43.98 
 
 
206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3147  ribonuclease HII  42.78 
 
 
213 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.236655  normal  0.0126167 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1272  ribonuclease H  43.55 
 
 
207 aa  145  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  44.68 
 
 
248 aa  145  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>