More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0540 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 289 aa  598  1e-170  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  37.23 
 
 		 294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 288 aa  190  2e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  30.07 
 
 		 308 aa  152  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  32.36 
 
 		 283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  31.27 
 
 		 283 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 292 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 293 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 293 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 293 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  29.97 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 286 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  28.18 
 
 		 288 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  29.43 
 
 		 288 aa  122  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 326 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  27.84 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  27.49 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  27.15 
 
 		 288 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  25.61 
 
 		 310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  30.74 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  30.45 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 289 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  28.77 
 
 		 289 aa  112  7.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 288 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  29.14 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  25.16 
 
 		 326 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  29.37 
 
 		 288 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 		 284 aa  108  8.000000000000001e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 286 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  27.37 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.76 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  27.18 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  27.59 
 
 		 286 aa  102  9e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 279 aa  99.4  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 281 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 279 aa  96.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  44 
 
 		 303 aa  96.7  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0223  transcriptional activator, AraC family  25.42 
 
 		 281 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000178737 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  27.7 
 
 		 291 aa  95.9  7e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1641  transcription activator effector binding protein  26.8 
 
 		 287 aa  94.4  2e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0205  transcriptional activator, AraC family  24.75 
 
 		 281 aa  92.4  7e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000524418 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 277 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5265  transcriptional regulator, AraC family  25.08 
 
 		 281 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 286 aa  86.7  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 322 aa  85.9  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9084  transcriptional regulator AraC family  40.78 
 
 		 315 aa  85.9  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  33.83 
 
 		 436 aa  85.9  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 353 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4446  putative DNA gyrase inhibitor  34.42 
 
 		 160 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 279 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  26.22 
 
 		 265 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 361 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 289 aa  82  0.000000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 154 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 279 aa  80.9  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  36 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 198 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  39.18 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 250 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 160 aa  80.1  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 267 aa  79.7  0.00000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  39 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  37.37 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 294 aa  79  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  25.33 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  34.69 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3751  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  35.71 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000128468 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  39.6 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2759  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3788  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  36.61 
 
 		 198 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>