More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0467 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_2402  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.17 
 
 
634 aa  798    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.208521  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08811  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  69.35 
 
 
623 aa  751    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.490393  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
584 aa  1212    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.3 
 
 
581 aa  571  1e-161  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0434047 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0666  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.74 
 
 
625 aa  565  1e-160  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477317  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0086  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.41 
 
 
604 aa  560  1e-158  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.389821 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1472  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.93 
 
 
541 aa  383  1e-105  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000440496  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.66 
 
 
546 aa  380  1e-104  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.661924  normal  0.15207 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0456  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.48 
 
 
546 aa  381  1e-104  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.441946  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1182  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.08 
 
 
541 aa  377  1e-103  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00431867  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001525  cold-shock DEAD-box protein A  38.36 
 
 
644 aa  370  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000079582  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  44.56 
 
 
595 aa  366  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000047314  decreased coverage  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.39 
 
 
571 aa  369  1e-100  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0067613  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3967  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.42 
 
 
557 aa  368  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2473  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.8 
 
 
530 aa  368  1e-100  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3981  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.42 
 
 
557 aa  368  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.124844  normal  0.0163927 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4041  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.42 
 
 
557 aa  368  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1629  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.21 
 
 
538 aa  367  1e-100  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.343673  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.96 
 
 
584 aa  365  1e-99  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1650  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.15 
 
 
528 aa  363  3e-99  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000109109  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1389  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.15 
 
 
528 aa  363  3e-99  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000667125  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.51 
 
 
532 aa  362  1e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4470  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.15 
 
 
564 aa  362  1e-98  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.230893 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.34 
 
 
559 aa  360  5e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.25 
 
 
529 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  34.82 
 
 
589 aa  355  1e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1120  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.91 
 
 
530 aa  354  2e-96  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000341148  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.83 
 
 
532 aa  354  2e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18210  DNA/RNA helicase, superfamily II  45.03 
 
 
614 aa  353  5.9999999999999994e-96  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.461192  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1040  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.52 
 
 
550 aa  352  1e-95  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0145  ATP-dependent RNA helicase  35.3 
 
 
579 aa  352  2e-95  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432053  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0589  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  35.14 
 
 
617 aa  350  3e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.159875  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0152  DEAD/DEAH box helicase-like  36.01 
 
 
572 aa  350  3e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0741  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.14 
 
 
617 aa  350  3e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000324399  unclonable  0.0000000000803743 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1868  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.45 
 
 
559 aa  349  7e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0935982  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3104  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.41 
 
 
539 aa  349  7e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000955018  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3847  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.45 
 
 
559 aa  349  7e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.460611  normal  0.310213 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2125  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.08 
 
 
583 aa  348  1e-94  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11279  cold-shock deaD-box protein A deaD (ATP-dependent RNA helicase)  36.33 
 
 
563 aa  348  1e-94  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1893  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.92 
 
 
581 aa  348  2e-94  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0980839  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2488  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.58 
 
 
565 aa  347  4e-94  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000211561  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.4 
 
 
550 aa  347  5e-94  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109819  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.55 
 
 
514 aa  346  5e-94  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.09 
 
 
632 aa  346  7e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.856742  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.71 
 
 
527 aa  345  1e-93  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471221  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1443  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.2 
 
 
560 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.31662  normal  0.276111 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3048  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.58 
 
 
747 aa  345  1e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.09 
 
 
599 aa  345  2e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1477  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.63 
 
 
559 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1307  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.59 
 
 
657 aa  345  2e-93  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.398232  normal  0.396333 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2005  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.36 
 
 
589 aa  344  2.9999999999999997e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.343146 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1927  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.07 
 
 
594 aa  343  4e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118281  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1897  ATP-dependent RNA helicase  35.85 
 
 
530 aa  343  5e-93  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3118  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.92 
 
 
530 aa  343  5.999999999999999e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2109  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.14 
 
 
570 aa  343  7e-93  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.45 
 
 
530 aa  342  1e-92  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2125  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.14 
 
 
531 aa  341  2.9999999999999998e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2144  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.12 
 
 
560 aa  340  4e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.101709  normal  0.616746 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.04 
 
 
533 aa  339  8e-92  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2009  DEAD/DEAH box helicase-like  40.81 
 
 
574 aa  339  8e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1118  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.47 
 
 
606 aa  339  9.999999999999999e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.892999  normal  0.51461 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.26 
 
 
602 aa  338  9.999999999999999e-92  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3342  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.49 
 
 
607 aa  338  1.9999999999999998e-91  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000502308  normal  0.0262189 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0202  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.5 
 
 
590 aa  338  1.9999999999999998e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.940477  normal  0.073291 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.47 
 
 
643 aa  337  2.9999999999999997e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3619  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  35.66 
 
 
557 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3987  DEAD/DEAH box helicase-like  35.66 
 
 
557 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14060  DNA/RNA helicase, superfamily II  34.62 
 
 
669 aa  337  3.9999999999999995e-91  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1116  DEAD/DEAH box helicase-like  42.54 
 
 
640 aa  337  5e-91  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1046  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.77 
 
 
627 aa  336  5.999999999999999e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.835563  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.92 
 
 
589 aa  336  9e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0097  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.9 
 
 
602 aa  335  9e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1725  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.47 
 
 
595 aa  335  1e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2850  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.57 
 
 
444 aa  335  2e-90  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0649  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.53 
 
 
532 aa  334  2e-90  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1087  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.47 
 
 
467 aa  335  2e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2611  DEAD/DEAH box helicase-like  42.01 
 
 
500 aa  335  2e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000048378  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0626  inducible ATP-independent RNA helicase  34.14 
 
 
591 aa  335  2e-90  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0430  ATP-dependent RNA helicase DeaD  42.34 
 
 
663 aa  334  3e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0524797  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0371  hypothetical protein  34.24 
 
 
656 aa  333  4e-90  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2752  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.97 
 
 
694 aa  333  6e-90  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0117058 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1775  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  35.13 
 
 
562 aa  333  7.000000000000001e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09353  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  42.93 
 
 
372 aa  332  8e-90  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.170333  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1225  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.82 
 
 
646 aa  332  8e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.115574 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03029  ATP-dependent RNA helicase  40.19 
 
 
629 aa  332  1e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0543  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.19 
 
 
629 aa  332  1e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02980  hypothetical protein  40.19 
 
 
629 aa  332  1e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3458  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.19 
 
 
629 aa  332  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.438364 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.19 
 
 
629 aa  332  1e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00419869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4481  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.19 
 
 
629 aa  332  1e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.5 
 
 
538 aa  331  2e-89  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5063  DEAD/DEAH box helicase  42.75 
 
 
529 aa  331  2e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3644  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.19 
 
 
651 aa  330  3e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  41.71 
 
 
664 aa  330  3e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  41.71 
 
 
664 aa  330  3e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3609  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.19 
 
 
651 aa  330  3e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3354  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.19 
 
 
651 aa  330  3e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1989  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.86 
 
 
597 aa  330  3e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.805069  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0267  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  43.22 
 
 
525 aa  330  4e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0281  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  43.22 
 
 
525 aa  330  4e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>