More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0423 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_0423  50S ribosomal protein L1  100 
 
 
229 aa  458  9.999999999999999e-129  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.000000383524  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1940  50S ribosomal protein L1  81.22 
 
 
229 aa  388  1e-107  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.559759  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0391  50S ribosomal protein L1  75.98 
 
 
232 aa  361  4e-99  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00040  50S ribosomal protein L1  76.21 
 
 
232 aa  361  5.0000000000000005e-99  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3452  50S ribosomal protein L1  70.31 
 
 
232 aa  343  1e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00102084  normal  0.0363138 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0846  50S ribosomal protein L1  71.62 
 
 
232 aa  342  2e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.408948 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4480  ribosomal protein L1  70.74 
 
 
232 aa  342  2e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0192233  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3172  50S ribosomal protein L1  69 
 
 
232 aa  338  5.9999999999999996e-92  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1399  50S ribosomal protein L1  65.35 
 
 
232 aa  319  1.9999999999999998e-86  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1707  50S ribosomal protein L1  67.56 
 
 
229 aa  303  1.0000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0316  50S ribosomal protein L1  57.99 
 
 
229 aa  282  3.0000000000000004e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000103871  hitchhiker  0.000950319 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0561  50S ribosomal protein L1  57.08 
 
 
230 aa  276  1e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000069455  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0575  50S ribosomal protein L1  57.08 
 
 
230 aa  276  1e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000352195  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0179  50S ribosomal protein L1  57.02 
 
 
231 aa  276  3e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000606052  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0193  50S ribosomal protein L1  59.36 
 
 
229 aa  274  7e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000225522  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0616  50S ribosomal protein L1  56.33 
 
 
234 aa  273  1.0000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000217065 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0691  50S ribosomal protein L1  57.96 
 
 
233 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4447699999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1336  50S ribosomal protein L1  57.21 
 
 
233 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.167533  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1058  50S ribosomal protein L1  57.33 
 
 
233 aa  272  3e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.30711  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0354  50S ribosomal protein L1  57.53 
 
 
229 aa  271  5.000000000000001e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000103528  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2866  50S ribosomal protein L1  55.46 
 
 
234 aa  271  6e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0230  50S ribosomal protein L1  57.53 
 
 
229 aa  261  4.999999999999999e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000338743  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3338  50S ribosomal protein L1  56.31 
 
 
233 aa  261  6e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000142685 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0285  50S ribosomal protein L1  57.99 
 
 
229 aa  261  8e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000105773  hitchhiker  0.00394818 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  54.63 
 
 
233 aa  260  1e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0923  50S ribosomal protein L1  55.41 
 
 
233 aa  260  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2657  50S ribosomal protein L1P  53.81 
 
 
235 aa  259  3e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106941  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4679  50S ribosomal protein L1  54.78 
 
 
235 aa  258  4e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000682303  decreased coverage  0.0030741 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0670  50S ribosomal protein L1  54.15 
 
 
233 aa  258  7e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.759589  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1965  50S ribosomal protein L1  58.45 
 
 
229 aa  257  1e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0834753  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2682  50S ribosomal protein L1  57.99 
 
 
229 aa  257  1e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000286692  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1105  ribosomal protein L1  53.57 
 
 
236 aa  256  3e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0193805  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0388  ribosomal protein L1  50.67 
 
 
241 aa  254  8e-67  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1373  50S ribosomal protein L1  50.86 
 
 
242 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00191675  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4019  ribosomal protein L1  52 
 
 
235 aa  252  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.534035 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0577  ribosomal protein L1  54.22 
 
 
236 aa  252  3e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0677262  hitchhiker  0.00322479 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0095  50S ribosomal protein L1  55.9 
 
 
233 aa  252  4.0000000000000004e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1546  ribosomal protein L1  54.67 
 
 
234 aa  252  4.0000000000000004e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.826154 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0275  50S ribosomal protein L1  52.61 
 
 
232 aa  251  6e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000501108  hitchhiker  0.000549627 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4354  ribosomal protein L1  52.86 
 
 
236 aa  251  7e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29860  LSU ribosomal protein L1P  53.78 
 
 
238 aa  251  9.000000000000001e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1173  ribosomal protein L1  52.89 
 
 
235 aa  250  2e-65  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  unclonable  0.0000000262625 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  53.78 
 
 
231 aa  249  3e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5111  ribosomal protein L1  54.26 
 
 
225 aa  249  3e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.253072  normal  0.533351 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0099  50S ribosomal protein L1  55.46 
 
 
233 aa  248  4e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000132548  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2675  ribosomal protein L1  52.4 
 
 
238 aa  248  7e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1530  50S ribosomal protein L1  52.49 
 
 
230 aa  246  2e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000127232  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3936  50S ribosomal protein L1  52 
 
 
238 aa  246  2e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0212  50S ribosomal protein L1  52.86 
 
 
231 aa  246  2e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0231088  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01060  ribosomal protein L1  52.89 
 
 
235 aa  246  2e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.745230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4328  50S ribosomal protein L1  52.44 
 
 
238 aa  246  3e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3160  ribosomal protein L1  51.56 
 
 
238 aa  245  4e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496068  normal  0.206569 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5963  50S ribosomal protein L1  51.57 
 
 
236 aa  245  4.9999999999999997e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5208  50S ribosomal protein L1  55.9 
 
 
230 aa  244  6e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140164  unclonable  7.070390000000001e-26 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2784  ribosomal protein L1  50.66 
 
 
234 aa  244  8e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0008683  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2075  ribosomal protein L1  53.28 
 
 
234 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0098  50S ribosomal protein L1  55.9 
 
 
230 aa  243  3e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000678721  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0098  50S ribosomal protein L1  55.9 
 
 
230 aa  243  3e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000000382446  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0094  50S ribosomal protein L1  55.9 
 
 
230 aa  243  3e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.15488e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0092  50S ribosomal protein L1  55.9 
 
 
230 aa  243  3e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000339498  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0109  50S ribosomal protein L1  55.9 
 
 
230 aa  243  3e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.9844e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0098  50S ribosomal protein L1  55.9 
 
 
230 aa  243  3e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000205875  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0118  50S ribosomal protein L1  55.9 
 
 
230 aa  243  3e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000153199  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0128  50S ribosomal protein L1  55.9 
 
 
230 aa  243  3e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000143327  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0092  50S ribosomal protein L1  55.46 
 
 
230 aa  242  3e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000171982  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0350  50S ribosomal protein L1  51.35 
 
 
230 aa  242  3.9999999999999997e-63  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0156912  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2345  ribosomal protein L1  51.12 
 
 
233 aa  241  5e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0238114  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2564  50S ribosomal protein L1  51.09 
 
 
232 aa  240  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1928  ribosomal protein L1  54.22 
 
 
232 aa  239  2e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0450124  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0446  50S ribosomal protein L1  50.22 
 
 
233 aa  239  2e-62  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0241504  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0699  ribosomal protein L1  52 
 
 
234 aa  240  2e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0241249  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0350  ribosomal protein L1  50.66 
 
 
234 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0695995  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0525  50S ribosomal protein L1  49.78 
 
 
233 aa  238  5e-62  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.546526  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1459  50S ribosomal protein L1  49.78 
 
 
233 aa  238  5e-62  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000386293  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0265  50S ribosomal protein L1  48.91 
 
 
232 aa  238  5e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.516489  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0256  50S ribosomal protein L1  48.91 
 
 
232 aa  238  5e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0257763  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0506  50S ribosomal protein L1  49.78 
 
 
233 aa  238  5e-62  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.0000000000000573906  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0357  50S ribosomal protein L1  48 
 
 
230 aa  238  8e-62  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000538139 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2993  50S ribosomal protein L1  53.33 
 
 
235 aa  237  1e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.560135  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0093  50S ribosomal protein L1  55.46 
 
 
230 aa  237  1e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000014838  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3436  50S ribosomal protein L1  48.91 
 
 
232 aa  236  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14587  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0066  50S ribosomal protein L1  51.33 
 
 
226 aa  236  2e-61  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1179  50S ribosomal protein L1  52.84 
 
 
233 aa  236  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00131396  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1236  50S ribosomal protein L1  50.67 
 
 
235 aa  236  2e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.988417  normal  0.475189 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2705  50S ribosomal protein L1  52.89 
 
 
235 aa  236  3e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0280715 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2770  50S ribosomal protein L1  48.47 
 
 
232 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2283  50S ribosomal protein L1  49.12 
 
 
229 aa  234  6e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00159003  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2851  50S ribosomal protein L1  48.47 
 
 
232 aa  234  6e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441128  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0337  50S ribosomal protein L1  48.47 
 
 
232 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29393  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0316  50S ribosomal protein L1  48.47 
 
 
232 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00176824  normal  0.225661 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00693  ribosomal protein L1  50.66 
 
 
282 aa  233  1.0000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000527661  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0238  50S ribosomal protein L1  48.47 
 
 
232 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.629603  normal  0.0137855 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1070  50S ribosomal protein L1  53.81 
 
 
237 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.353105  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1510  ribosomal protein L1  50.67 
 
 
235 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000430301  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1822  ribosomal protein L1  50 
 
 
242 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1624  50S ribosomal protein L1  50.22 
 
 
230 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3655  50S ribosomal protein L1  48.03 
 
 
232 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0381514  hitchhiker  0.000000879291 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1209  ribosomal protein L1  49.78 
 
 
231 aa  233  1.0000000000000001e-60  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136712 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1475  50S ribosomal protein L1  50 
 
 
237 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0729357  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0303  50S ribosomal protein L1  48.03 
 
 
232 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13038  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>