More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0252 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_03180  putative helicase  37.88 
 
 		 1054 aa  700    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.927265  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0699  UvrD/REP helicase  37.25 
 
 		 1052 aa  672    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0252  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1060 aa  2180    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1136  UvrD/REP helicase  27.72 
 
 		 1112 aa  357  5e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0229402 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1797  Exodeoxyribonuclease V  27.36 
 
 		 1120 aa  354  5.9999999999999994e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00119316  normal  0.701381 
 
 
-
 
NC_002950  PG2072  UvrD/REP helicase domain-containing protein  28.05 
 
 		 1102 aa  312  2e-83  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4180  Exodeoxyribonuclease V  27.23 
 
 		 1073 aa  312  2e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0648836 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0914  hypothetical protein  28.25 
 
 		 913 aa  295  4e-78  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.230756 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0979  UvrD/REP helicase  25.19 
 
 		 1173 aa  174  7.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.156033  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1588  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.6 
 
 		 1067 aa  165  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1166  UvrD/REP helicase  26.48 
 
 		 1152 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.638752 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  25.11 
 
 		 933 aa  137  9.999999999999999e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0764  UvrD/REP helicase  25.21 
 
 		 1161 aa  124  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0736  putative recombination protein RecB  26.08 
 
 		 939 aa  113  2.0000000000000002e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3578  UvrD/REP helicase  24.93 
 
 		 995 aa  109  4e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  23.01 
 
 		 1183 aa  108  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  23.65 
 
 		 1218 aa  107  1e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  25.15 
 
 		 1121 aa  106  2e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1474  putative recombination protein RecB  26.1 
 
 		 921 aa  104  9e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000740501  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  22.72 
 
 		 1180 aa  104  9e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1910  UvrD/REP helicase  25.44 
 
 		 907 aa  104  1e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  25.04 
 
 		 915 aa  104  1e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1654  putative recombination protein RecB  26.1 
 
 		 921 aa  103  2e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1828  putative recombination protein RecB  25.81 
 
 		 921 aa  102  4e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00117116  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1391  putative recombination protein RecB  24.78 
 
 		 923 aa  99.4  3e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0386  putative recombination protein RecB  26.25 
 
 		 921 aa  99.8  3e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.717067  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  22.48 
 
 		 1273 aa  98.6  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.48 
 
 		 1273 aa  98.6  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.43 
 
 		 1263 aa  98.2  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  22.89 
 
 		 1118 aa  97.4  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.57 
 
 		 1273 aa  96.7  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.52 
 
 		 1273 aa  96.3  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.96 
 
 		 1259 aa  96.3  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.59 
 
 		 1276 aa  95.5  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.05 
 
 		 1269 aa  95.1  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0090  putative recombination protein RecB  24.31 
 
 		 903 aa  94.7  8e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.73 
 
 		 1273 aa  93.2  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  23.84 
 
 		 1124 aa  93.6  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  22.69 
 
 		 1120 aa  91.7  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.04 
 
 		 1274 aa  91.7  7e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1561  UvrD/REP helicase  22.92 
 
 		 1054 aa  90.9  1e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  25.51 
 
 		 1173 aa  89.4  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.81 
 
 		 1238 aa  89  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.22 
 
 		 1224 aa  89.4  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04140  UvrD/REP helicase  26.21 
 
 		 1036 aa  88.6  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  26.6 
 
 		 1204 aa  89  5e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  25.33 
 
 		 1187 aa  87.4  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  22.81 
 
 		 1147 aa  87.8  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  24.43 
 
 		 1217 aa  87  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.8 
 
 		 1177 aa  87  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  24.43 
 
 		 1217 aa  87  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.25 
 
 		 1223 aa  86.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  24.95 
 
 		 1125 aa  85.9  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0644  UvrD/REP helicase  23.51 
 
 		 1109 aa  85.9  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  22.69 
 
 		 1182 aa  85.5  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  22.01 
 
 		 1173 aa  85.1  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.08 
 
 		 1203 aa  85.1  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0521  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.5 
 
 		 1274 aa  84.7  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000558508 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  24.07 
 
 		 1248 aa  84  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0519  UvrD/REP helicase  24.9 
 
 		 1130 aa  83.6  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  20.84 
 
 		 1200 aa  82.4  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.19 
 
 		 1223 aa  82.4  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.47 
 
 		 1240 aa  81.6  0.00000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.83 
 
 		 1200 aa  80.9  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.28 
 
 		 907 aa  80.5  0.0000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  23.05 
 
 		 1152 aa  80.1  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  21.99 
 
 		 1173 aa  80.1  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  23.91 
 
 		 1089 aa  79.7  0.0000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2352  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.95 
 
 		 1355 aa  79  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.29 
 
 		 1251 aa  79  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1776  hypothetical protein  23.63 
 
 		 1076 aa  78.2  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  23.02 
 
 		 1236 aa  77.8  0.0000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  22.69 
 
 		 1151 aa  77.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  23.04 
 
 		 1208 aa  77.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0723  UvrD/REP helicase  23.49 
 
 		 1196 aa  76.6  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  25 
 
 		 1110 aa  76.6  0.000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  24.03 
 
 		 1155 aa  76.6  0.000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  23.29 
 
 		 1149 aa  75.9  0.000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09621  UvrD/REP helicase subunit B  23.81 
 
 		 1274 aa  75.9  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.484397 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1775  hypothetical protein  23.68 
 
 		 1076 aa  75.5  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  22.82 
 
 		 1180 aa  74.7  0.000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  21.62 
 
 		 1212 aa  74.3  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  23.42 
 
 		 1180 aa  74.3  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  24.81 
 
 		 1110 aa  74.3  0.00000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  21.98 
 
 		 860 aa  73.2  0.00000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.15 
 
 		 1269 aa  73.6  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  23.05 
 
 		 1156 aa  73.2  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.15 
 
 		 1229 aa  73.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.46 
 
 		 1204 aa  73.2  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  21.62 
 
 		 1161 aa  72.8  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  22.39 
 
 		 1183 aa  72.8  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  24.61 
 
 		 1123 aa  72.4  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  23.3 
 
 		 1183 aa  72.4  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1244  UvrD/REP helicase  21.83 
 
 		 1165 aa  72.4  0.00000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0173598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.12 
 
 		 1272 aa  72  0.00000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000848552 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  22.36 
 
 		 1177 aa  72  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  22.74 
 
 		 1164 aa  72  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  23.81 
 
 		 1226 aa  72  0.00000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08490  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  22.67 
 
 		 1251 aa  71.6  0.00000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  23.69 
 
 		 1244 aa  71.6  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>