More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cmaq_0449 on replicon NC_009954
Organism: Caldivirga maquilingensis IC-167



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008701  Pisl_0703  DNA-directed RNA polymerase subunit B  65.72 
 
 
1127 aa  1541  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158 
 
 
-
 
NC_006686  CND03540  DNA-dependent RNA polymerase II RPB140, putative  36.82 
 
 
1193 aa  732  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.85133  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00420  DNA-directed RNA polymerase, putative  35.66 
 
 
1129 aa  699  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1311  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  51.07 
 
 
611 aa  638  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0672  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  51.23 
 
 
611 aa  640  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2321  DNA-directed RNA polymerase subunit B  64.56 
 
 
1127 aa  1526  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.388752  hitchhiker  7.4653e-05 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3693  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  51.99 
 
 
604 aa  642  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.256816 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit B  100 
 
 
1131 aa  2316  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  4.90732e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0514  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  50.08 
 
 
608 aa  637  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11441  predicted protein  38.71 
 
 
1212 aa  789  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.41683  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0033  DNA-directed RNA polymerase subunit B  53.34 
 
 
1124 aa  1203  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  3.39757e-05  normal  0.0488457 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0607  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  51.07 
 
 
611 aa  637  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0286  DNA-directed RNA polymerase subunit B  54.14 
 
 
1130 aa  1213  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87381  DNA-directed RNA polymerase III  37.64 
 
 
1155 aa  743  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200295  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54289  predicted protein  36.77 
 
 
1211 aa  699  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34146  DNA-dependent RNA polymerase II  37.6 
 
 
1232 aa  800  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.19062  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0028  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  51.99 
 
 
604 aa  650  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.274287  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  47.74 
 
 
1201 aa  1027  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00610767  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit B  63.94 
 
 
1127 aa  1518  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1204  DNA-directed RNA polymerase subunit B  53.98 
 
 
1124 aa  1212  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.074104  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00321  DNA-directed RNA polymerase III, beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02460)  37 
 
 
1225 aa  738  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0578929  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit B  51.56 
 
 
609 aa  646  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  51.07 
 
 
611 aa  637  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2151  DNA-directed RNA polymerase subunit B  51.48 
 
 
609 aa  640  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13673  predicted protein  40.79 
 
 
1174 aa  855  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.320085  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39835  predicted protein  37.47 
 
 
1146 aa  738  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.695228  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09120  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV95]  37.84 
 
 
1252 aa  778  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.596222  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  65.36 
 
 
1127 aa  1533  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0347  DNA-directed RNA polymerase subunit B  46.33 
 
 
1115 aa  1021  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0790  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  50.89 
 
 
611 aa  632  1e-180  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0106  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  51.4 
 
 
609 aa  633  1e-180  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.49863  normal  0.536815 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  50.74 
 
 
604 aa  625  1e-177  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  50.74 
 
 
604 aa  625  1e-177  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0783  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  50.08 
 
 
608 aa  624  1e-177  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1933  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  50.66 
 
 
604 aa  620  1e-176  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2160  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  50.66 
 
 
604 aa  620  1e-176  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0554265  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1178  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  50.5 
 
 
604 aa  607  1e-172  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  3.67699e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1162  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  48.51 
 
 
637 aa  604  1e-171  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.595392 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0051  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  50 
 
 
606 aa  599  1e-170  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03933  DNA-directed RNA polymerase I subunit beta (Rpa2), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G08300)  32.92 
 
 
1231 aa  452  1e-125  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF04080  DNA-directed RNA polymerase i polypeptide 2, putative  29.92 
 
 
1193 aa  438  1e-121  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0866247  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0027  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  46.84 
 
 
496 aa  434  1e-120  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.483388  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1179  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  47.28 
 
 
542 aa  430  1e-119  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  44.33 
 
 
499 aa  424  1e-117  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0217  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  44.33 
 
 
499 aa  425  1e-117  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.408076  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0606  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  43.93 
 
 
499 aa  423  1e-117  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  47.39 
 
 
531 aa  421  1e-116  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9235  predicted protein  30.24 
 
 
1147 aa  419  1e-115  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0671  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  43.2 
 
 
499 aa  419  1e-115  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_77977  DNA-directed RNA polymerase I  30.39 
 
 
1167 aa  416  1e-114  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.481222 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0791  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  41.8 
 
 
510 aa  406  1e-111  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  43.08 
 
 
513 aa  403  1e-111  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  43.08 
 
 
513 aa  403  1e-111  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.992089  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0515  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  42.06 
 
 
520 aa  403  1e-111  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0784  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  42.29 
 
 
521 aa  402  1e-110  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  41.76 
 
 
516 aa  401  1e-110  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.552918 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0107  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  41.98 
 
 
521 aa  398  1e-109  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.397905  normal  0.532786 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2150  RNA polymerase beta subunit  42.26 
 
 
526 aa  397  1e-109  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0351  RNA polymerase beta subunit  42.29 
 
 
524 aa  397  1e-109  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1934  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  42.41 
 
 
522 aa  399  1e-109  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119522  DNA-directed RNA polymerase I polypeptide 2  28.99 
 
 
1145 aa  395  1e-108  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.050944  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0050  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  43.05 
 
 
518 aa  396  1e-108  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2159  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  42.37 
 
 
503 aa  396  1e-108  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.34527  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0244  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.22 
 
 
1217 aa  340  9e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.56 
 
 
1183 aa  302  3e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.846031  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  36.95 
 
 
1126 aa  228  4e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2707  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.95 
 
 
1227 aa  227  9e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.608751  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01090  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  36.34 
 
 
1090 aa  227  1e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.29297e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.37 
 
 
1246 aa  227  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  36.5 
 
 
1176 aa  226  1e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0804  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.47 
 
 
1228 aa  224  6e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0442499  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2724  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.85 
 
 
1250 aa  221  7e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.280863  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.71 
 
 
1115 aa  221  9e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0178041  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.37 
 
 
1141 aa  220  1e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0284  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.47 
 
 
1212 aa  220  1e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  1.40323e-07 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0186  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  35.12 
 
 
1174 aa  220  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1981  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.23 
 
 
1196 aa  219  2e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0708  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  36.45 
 
 
1203 aa  219  3e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0278  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.99 
 
 
1227 aa  218  4e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00054451  hitchhiker  0.000191986 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1492  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.48 
 
 
1202 aa  218  4e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1958  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  33.99 
 
 
1173 aa  218  5e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0859  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.39 
 
 
1238 aa  218  6e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.111826  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.74 
 
 
1202 aa  217  8e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.87 
 
 
1234 aa  216  2e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.96 
 
 
1245 aa  216  2e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0310456  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.87 
 
 
1234 aa  216  2e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  29.4 
 
 
1197 aa  216  3e-54  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0183  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.79 
 
 
1183 aa  215  4e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0702536  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1265  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.71 
 
 
1229 aa  215  4e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.79 
 
 
1183 aa  214  8e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0579  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.79 
 
 
1183 aa  214  8e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.48 
 
 
1190 aa  213  1e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0481  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  33.74 
 
 
1152 aa  213  2e-53  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2949  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  33.5 
 
 
1148 aa  213  2e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.12 
 
 
1145 aa  212  3e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000841151  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.48 
 
 
1185 aa  212  3e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  6.86573e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.25 
 
 
1193 aa  211  6e-53  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.25 
 
 
1191 aa  211  7e-53  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf212  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.92 
 
 
1197 aa  210  1e-52  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0114  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.11 
 
 
1130 aa  209  2e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.65239e-57 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>