299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_R0026 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155557  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  143  7e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000324571  normal  0.101543 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0020  tRNA-Arg  98.61 
 
 
74 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t32  tRNA-Arg  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0011176  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.06 
 
 
74 bp  103  6e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  93.06 
 
 
74 bp  103  6e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0605047  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0030  tRNA-Arg  93.06 
 
 
74 bp  103  6e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.238826  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0179  tRNA-Arg  93.06 
 
 
74 bp  103  6e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0048  tRNA-Arg  90.67 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00527947  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0014  tRNA-Arg  90.28 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0054104  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0023  tRNA-Arg  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.157994  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0111  tRNA-Arg  92.06 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0062  tRNA-Arg  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0050  tRNA-Arg  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000344943  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0070  tRNA-Arg  92.06 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135947  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0080  tRNA-Arg  92.06 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0020  tRNA-Arg  92.06 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0082  tRNA-Arg  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000302683  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0006  tRNA-Arg  92.31 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0077  tRNA-Arg  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000716248  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0080  tRNA-Arg  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000233743  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0009  tRNA-Arg  90.28 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0098  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237653  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  89.55 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  89.55 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0296  tRNA-Arg  92.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0007006  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0562  tRNA-Arg  92.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0027  tRNA-Arg  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000312011  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0029  tRNA-Arg  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000030616  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0006  tRNA-Arg  90.77 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.652554  normal  0.867561 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0030  tRNA-Arg  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000300498  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0028  tRNA-Arg  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000292353  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0009  tRNA-Arg  91.67 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00118273  normal  0.0247339 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0057  tRNA-Arg  91.67 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.32045  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0007  tRNA-Arg  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0054  tRNA-Arg  91.67 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0007  tRNA-Arg  91.67 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1576  tRNA-Arg  89.06 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1611  tRNA-Arg  89.06 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0055  tRNA-Arg  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0057  tRNA-Arg  91.67 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.783183  normal  0.0478454 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0056  tRNA-Arg  91.67 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0061  tRNA-Arg  91.67 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.381329 
 
 
-
 
NC_002950  PGt25  tRNA-Arg  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.552192 
 
 
-
 
NC_002950  PGt26  tRNA-Arg  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.546843 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0063  tRNA-Arg  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.257054  normal  0.817877 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0022  tRNA-Arg  86.67 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000027529  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0005  tRNA-Arg  91.38 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134244  hitchhiker  0.00821182 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0079  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000089994  decreased coverage  0.0000000414359 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0078  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000877536  decreased coverage  0.0000000448266 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0009  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00246508  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0080  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000892211  decreased coverage  0.0000000440433 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  90 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01900  tRNA-Arg  90 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.952445 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0006  tRNA-Arg  90 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0084  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000144766  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0053  tRNA-Arg  88.33 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376557  hitchhiker  8.69297e-22 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0911  tRNA-Arg  86.11 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0732179  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  88.33 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg03  tRNA-Arg  86.11 
 
 
80 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0005  tRNA-Arg  90 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26100  tRNA-Arg  90 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0032  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0006  tRNA-Arg  90 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0041  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0453151  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0037  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0424751  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0050  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000319175  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0039  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0446173  hitchhiker  0.00751458 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0049  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000321594  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0036  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042903  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0052  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000305181  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0108  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000608145 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0053  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000298412  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0040  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0409626  hitchhiker  0.00769115 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0042  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.046483  hitchhiker  0.00783232 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0034  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0228337  hitchhiker  0.00733773 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0051  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000808669  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0107  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000608145 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0056  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000025331  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0035  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042903  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0022  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00548684  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0023  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00552371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>