42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_R0015 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_R0015  tRNA-Tyr  100 
 
 
83 bp  165  2e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  8.39238e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0016  tRNA-Tyr  96.39 
 
 
83 bp  141  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  7.23443e-06  decreased coverage  9.59662e-05 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0024  tRNA-Tyr  93.98 
 
 
83 bp  125  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0004  tRNA-Tyr  94.94 
 
 
83 bp  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.216119  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t09  tRNA-Tyr  92.77 
 
 
85 bp  109  1e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  1.4277e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0055  tRNA-Tyr  92.77 
 
 
82 bp  109  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  6.70702e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0011  tRNA-Tyr  91.57 
 
 
83 bp  109  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  2.14053e-05  hitchhiker  0.00323075 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  89.06 
 
 
86 bp  71.9  2e-11  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  5.8152e-05 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0011  tRNA-Tyr  89.06 
 
 
85 bp  63.9  5e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0587696  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0019  tRNA-Tyr  93.18 
 
 
83 bp  63.9  5e-09  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00432304  decreased coverage  0.00738157 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  87.5 
 
 
86 bp  63.9  5e-09  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0016  tRNA-Tyr  89.06 
 
 
85 bp  63.9  5e-09  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  3.73252e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0008  tRNA-Tyr  89.06 
 
 
85 bp  63.9  5e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0166209  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0019  tRNA-Tyr  89.8 
 
 
86 bp  58  3e-07  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.172522  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0051  tRNA-Tyr  96.97 
 
 
84 bp  58  3e-07  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.66133e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tTyr01  tRNA-Tyr  91.11 
 
 
89 bp  58  3e-07  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.735952 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0013  tRNA-Tyr  96.97 
 
 
84 bp  58  3e-07  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  4.44451e-05  normal  0.406861 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0057  tRNA-Tyr  89.8 
 
 
86 bp  58  3e-07  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.343924  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0014  tRNA-Tyr  96.97 
 
 
84 bp  58  3e-07  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.673141  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0024  tRNA-Tyr  87.5 
 
 
85 bp  56  1e-06  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0067  tRNA-Tyr  87.5 
 
 
85 bp  56  1e-06  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00323795 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  89.36 
 
 
86 bp  54  5e-06  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0010  tRNA-Tyr  90 
 
 
85 bp  52  2e-05  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  4.73639e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  87.1 
 
 
85 bp  52  2e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  2.91052e-05  hitchhiker  6.58966e-06 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  87.1 
 
 
85 bp  52  2e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  5.22223e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0060  tRNA-Tyr  87.76 
 
 
86 bp  50.1  8e-05  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0010  tRNA-Tyr  86.89 
 
 
85 bp  50.1  8e-05  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.29414e-23  normal  0.0775658 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
83 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
83 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
83 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
83 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0050  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563652  normal  0.998749 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0037  tRNA-Tyr  87.23 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  3.33812e-07  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  89.36 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.1625e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07723  tRNA-Tyr  87.27 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  89.36 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0405  tRNA-Tyr  93.33 
 
 
83 bp  44.1  0.005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00881766  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0016  tRNA-Tyr  86.96 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0035  tRNA-Tyr  93.33 
 
 
83 bp  44.1  0.005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.641797  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0050  tRNA-Tyr  86.96 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0039  tRNA-Tyr  86.96 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>