More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2420 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_2420  NLP/P60 protein  100 
 
 
207 aa  422  1e-117  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2584  NLP/P60 protein  50.56 
 
 
205 aa  205  4e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.416294  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2819  NLP/P60 protein  50.64 
 
 
159 aa  177  9e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0230  NLP/P60 protein  52.89 
 
 
188 aa  144  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.382299 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1344  NLP/P60 protein  45.39 
 
 
207 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1274  NLP/P60 protein  42.55 
 
 
207 aa  137  2e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.951335  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0897  NLP/P60 family protein  44.93 
 
 
231 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.624146  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0791  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)-like  44.29 
 
 
221 aa  131  6e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2022  NLP/P60 family protein  44.38 
 
 
206 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2476  NLP/P60 protein  46.28 
 
 
214 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.188506  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2446  NLP/P60 protein  37.99 
 
 
208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2178  NLP/P60 protein  38.24 
 
 
193 aa  117  7.999999999999999e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1218  NLP/P60 protein  50 
 
 
224 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00850028  normal  0.283839 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2077  NLP/P60 protein  50 
 
 
223 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.010952  normal  0.957052 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1982  NLP/P60 family protein  41.22 
 
 
234 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000770897  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1640  NLP/P60 family protein  36.51 
 
 
221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000364437  normal  0.336888 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6019  NLP/P60  50 
 
 
223 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.377627  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2058  NLP/P60 protein  50 
 
 
223 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000524971  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1602  NLP/P60 family protein  49.09 
 
 
234 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000624175  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2630  NLP/P60 family protein  49.09 
 
 
234 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000022944  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2105  NLP/P60 family protein  49.09 
 
 
218 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000576333  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1378  NLP/P60 family protein  49.09 
 
 
218 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0650104  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3208  NLP/P60 family protein  49.09 
 
 
218 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00320254  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2489  NlpC/P60 domain-containing protein  49.09 
 
 
234 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00285101  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2543  NlpC/P60 domain-containing protein  49.09 
 
 
218 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.241327  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5367  NLP/P60 family protein  48.18 
 
 
224 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174254  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2090  NLP/P60 protein  47.27 
 
 
223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0226051  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1960  NLP/P60 protein  47.27 
 
 
223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0530532  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2497  NLP/P60 protein  34.92 
 
 
221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000164638  normal  0.0130851 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2739  NLP/P60 protein  43.75 
 
 
216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.232039  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1379  NLP/P60 protein  47.27 
 
 
223 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0123318  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5044  NLP/P60 family protein  41.79 
 
 
226 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982871  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0479  NLP/P60  41.1 
 
 
225 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.972324  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1293  NLP/P60  36.27 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0496746  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0170  NLP/P60 protein  35.66 
 
 
184 aa  109  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0980  NLP/P60 protein  34.8 
 
 
230 aa  107  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475517  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1706  lipoprotein, putative  41.84 
 
 
181 aa  106  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0052  NLP/P60 protein  43.88 
 
 
154 aa  106  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00304715  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1100  NLP/P60 protein  42.67 
 
 
215 aa  105  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0062  NLP/P60 protein  42.45 
 
 
154 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1279  NLP/P60 protein  43.7 
 
 
150 aa  105  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3683  NLP/P60  40.29 
 
 
181 aa  105  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454661 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0058  NLP/P60 protein  42.45 
 
 
164 aa  105  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0063  NLP/P60 protein  42.45 
 
 
164 aa  105  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.694655  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4296  NLP/P60 protein  42.45 
 
 
164 aa  105  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.346407  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0061  NLP/P60 family lipoprotein  42.75 
 
 
154 aa  105  6e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5317  NLP/P60  39.86 
 
 
205 aa  104  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.378858 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2151  NLP/P60 protein  41.46 
 
 
424 aa  104  8e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000325506  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1118  NLP/P60 protein  41.79 
 
 
189 aa  103  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.579853  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2585  NLP/P60 protein  40.48 
 
 
183 aa  103  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.364054  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3902  NLP/P60 protein  37.76 
 
 
171 aa  103  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3121  NLP/P60 protein  39.68 
 
 
333 aa  103  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0061  NLP/P60 protein  43.48 
 
 
159 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000041841 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0059  NLP/P60 protein  43.48 
 
 
159 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.560848  hitchhiker  0.000388338 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1267  NLP/P60 protein  35.18 
 
 
214 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.206085 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0063  NLP/P60 protein  43.48 
 
 
159 aa  103  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000156196 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1314  lipoprotein transmembrane  32.79 
 
 
258 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2940  NLP/P60 protein  39.32 
 
 
265 aa  102  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000104581  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2142  NLP/P60  44.55 
 
 
226 aa  102  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0634754  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48800  hypothetical protein  41.6 
 
 
205 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.040428  hitchhiker  0.0000000044472 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4180  hypothetical protein  41.6 
 
 
193 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000520752  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0396  NLP/P60 protein  43.7 
 
 
150 aa  102  4e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1201  NLP/P60  43.75 
 
 
169 aa  102  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0427  NLP/P60 protein  45.37 
 
 
240 aa  102  5e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1112  NLP/P60 protein  45.45 
 
 
215 aa  101  6e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.110191  normal  0.893499 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1018  NLP/P60 protein  45.45 
 
 
215 aa  101  7e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.121174  normal  0.0409551 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02105  predicted peptidase, outer membrane lipoprotein  43.64 
 
 
188 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1482  NLP/P60 protein  43.64 
 
 
188 aa  100  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736883  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1472  putative outer membrane lipoprotein  43.64 
 
 
188 aa  100  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000135569  normal  0.0170642 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4200  NLP/P60 protein  38.21 
 
 
156 aa  100  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0018  NLP/P60 protein  39.44 
 
 
188 aa  100  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2313  putative outer membrane lipoprotein  43.64 
 
 
188 aa  100  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.871525  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1227  NLP/P60 protein  34.52 
 
 
214 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0783  putative outer membrane lipoprotein  43.64 
 
 
188 aa  100  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2473  putative outer membrane lipoprotein  43.64 
 
 
188 aa  100  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.303091  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3313  putative outer membrane lipoprotein  43.64 
 
 
188 aa  100  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0116683  normal  0.115135 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2324  putative outer membrane lipoprotein  43.64 
 
 
188 aa  100  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00669952 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02064  hypothetical protein  43.64 
 
 
188 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2125  NLP/P60  43.64 
 
 
228 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839892  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1501  putative outer membrane lipoprotein  43.52 
 
 
172 aa  99.8  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2104  NLP/P60  41.53 
 
 
217 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.178668  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2784  putative outer membrane lipoprotein  43.52 
 
 
194 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3992  NLP/P60 protein  44.95 
 
 
196 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000856339  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2707  putative outer membrane lipoprotein  43.52 
 
 
194 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4872  NLP/P60 protein  41.79 
 
 
183 aa  99.8  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1669  NLP/P60 protein  44.74 
 
 
214 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1177  putative transmembrane protein  44.55 
 
 
222 aa  99.4  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0196017  normal  0.188955 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1250  NLP/P60 protein  32.24 
 
 
248 aa  99.8  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000552171  normal  0.790948 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1637  NLP/P60  32.37 
 
 
226 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.58461  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2454  putative outer membrane lipoprotein  31.89 
 
 
190 aa  99.8  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00195047  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2565  putative outer membrane lipoprotein  31.89 
 
 
190 aa  99.8  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.159761  hitchhiker  0.000144355 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1755  NLP/P60 protein  38.46 
 
 
255 aa  99.8  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4049  NLP/P60 protein  43.86 
 
 
212 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2451  putative outer membrane lipoprotein  31.89 
 
 
190 aa  99.8  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000518421 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1659  hypothetical protein  35.48 
 
 
209 aa  99  4e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.255203  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1606  NLP/P60 protein  39.86 
 
 
209 aa  99  4e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1268  NLP/P60 protein  37.76 
 
 
177 aa  99  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200264 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33180  NLP/P60 family lipoprotein  35.98 
 
 
205 aa  99  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.38174  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0373  NLP/P60 protein  42.14 
 
 
208 aa  99  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1233  NLP/P60 protein  40.27 
 
 
214 aa  99  5e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.783126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>