More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2350 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2724  outer membrane efflux protein  70.45 
 
 
440 aa  653    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2350  outer membrane efflux protein  100 
 
 
441 aa  907    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0183  outer membrane efflux protein  71.2 
 
 
441 aa  659    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0122  LipD protein, putative  63.83 
 
 
413 aa  549  1e-155  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2001  LipD protein, putative  60.04 
 
 
445 aa  545  1e-154  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.538795  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0278  outer membrane efflux protein  46.85 
 
 
441 aa  387  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000626538  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0242  outer membrane efflux protein  49.53 
 
 
444 aa  382  1e-105  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.231209  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3853  outer membrane efflux protein  26.07 
 
 
447 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4230  outer membrane efflux protein  24.38 
 
 
458 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0431504  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0066  outer membrane efflux protein  24.28 
 
 
443 aa  114  3e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3129  Outer membrane efflux protein  25.18 
 
 
446 aa  111  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000215977  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3937  outer membrane efflux protein  24.27 
 
 
447 aa  110  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00157367 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1749  outer membrane efflux protein  25 
 
 
458 aa  109  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0096  outer membrane efflux protein  23.62 
 
 
441 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0627  outer membrane efflux protein, putative  25.23 
 
 
470 aa  103  7e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.173588  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0071  outer membrane efflux protein  26.38 
 
 
441 aa  99.4  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0391  Outer membrane efflux family protein  23.36 
 
 
437 aa  98.6  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0881  outer membrane efflux protein  24.12 
 
 
535 aa  94.4  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.705042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0814  outer membrane efflux protein  24.26 
 
 
460 aa  94  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0453  Outer membrane efflux protein  23.59 
 
 
470 aa  92.8  9e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0057  outer membrane protein, putative  23.13 
 
 
470 aa  90.9  4e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1162  outer membrane efflux protein  22.89 
 
 
515 aa  90.1  8e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000199135  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  24 
 
 
1496 aa  89.7  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1884  outer membrane efflux protein  23.46 
 
 
483 aa  89  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2517  Outer membrane efflux protein  24.24 
 
 
455 aa  87.8  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0940003  normal  0.677218 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1456  outer membrane efflux protein  25.89 
 
 
446 aa  87.4  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.974754  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1633  outer membrane efflux protein  23.63 
 
 
420 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.159543  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3378  outer membrane efflux protein  24.8 
 
 
498 aa  83.6  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.106709 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1177  outer membrane efflux protein  22.07 
 
 
427 aa  82.4  0.00000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0733  outer membrane efflux protein, putative  23.74 
 
 
463 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2154  outer membrane protein CyaE, putative  25.33 
 
 
453 aa  81.6  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1617  outer membrane efflux protein  22.76 
 
 
467 aa  81.3  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1990  outer membrane efflux protein  23.24 
 
 
471 aa  80.9  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.154832  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3468  outer membrane efflux protein  23.56 
 
 
448 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000163735  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0954  outer membrane efflux protein  22.27 
 
 
463 aa  77.4  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4505  outer membrane efflux protein  24.22 
 
 
972 aa  77.4  0.0000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.300614  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0427  outer membrane efflux protein  25 
 
 
455 aa  77  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.410338  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2633  outer membrane efflux protein  23.17 
 
 
424 aa  76.6  0.0000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1482  outer membrane efflux protein  23.13 
 
 
426 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.979092  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0456  outer membrane efflux protein  24.46 
 
 
456 aa  73.6  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0455  outer membrane efflux protein  24.46 
 
 
463 aa  73.6  0.000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.236814  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0207  outer membrane efflux protein  22.19 
 
 
523 aa  72.8  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0961  Outer membrane protein-like  23.84 
 
 
491 aa  72.4  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0234127  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1633  outer membrane efflux protein  21.34 
 
 
470 aa  71.6  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.788464  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3710  outer membrane efflux protein  22.35 
 
 
419 aa  72  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2001  outer membrane efflux protein  21.1 
 
 
473 aa  71.2  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.612283  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2368  outer membrane efflux protein  21.1 
 
 
473 aa  71.2  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0254327  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0833  outer membrane efflux protein  21.28 
 
 
496 aa  71.2  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0162  outer membrane efflux protein  22.59 
 
 
433 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2441  outer membrane efflux protein  22.47 
 
 
453 aa  70.9  0.00000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0837  outer membrane efflux protein  21 
 
 
462 aa  70.1  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2799  outer membrane efflux protein  22.69 
 
 
435 aa  69.3  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000194078  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1390  outer membrane efflux protein  21.5 
 
 
463 aa  68.2  0.0000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0182398  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2704  outer membrane efflux protein  21.73 
 
 
423 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2629  outer membrane efflux protein  23.28 
 
 
421 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111539  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1606  outer membrane efflux protein  22.94 
 
 
421 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3465  Outer membrane efflux protein  21.93 
 
 
441 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2819  outer membrane efflux protein  23.57 
 
 
438 aa  67.8  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0120  outer membrane efflux protein  23.24 
 
 
448 aa  67.8  0.0000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000165447  hitchhiker  0.000000000000561163 
 
 
-
 
NC_002950  PG0538  outer membrane efflux protein  21.96 
 
 
462 aa  66.6  0.0000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3801  outer membrane efflux protein  21.36 
 
 
449 aa  66.2  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.233057 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4182  outer membrane efflux protein  23.86 
 
 
431 aa  66.2  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.256436  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2283  Type I secretion outer membrane protein, TolC  21.49 
 
 
480 aa  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3706  outer membrane efflux protein  21.35 
 
 
447 aa  63.9  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3563  outer membrane channel protein  20.06 
 
 
434 aa  63.5  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000135514  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3627  outer membrane efflux protein  21.62 
 
 
461 aa  63.5  0.000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.433273  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0063  outer membrane efflux protein  18.98 
 
 
408 aa  62.8  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0180654  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  22.49 
 
 
419 aa  63.2  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0986  outer membrane efflux protein, putative  23.23 
 
 
484 aa  61.6  0.00000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3409  outer membrane efflux protein  21.69 
 
 
419 aa  61.6  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000155286  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0066  outer membrane efflux protein  22.92 
 
 
436 aa  61.2  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004522  type I secretion TolC precursor  20.29 
 
 
442 aa  60.8  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000301167  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1723  outer membrane efflux protein  24.51 
 
 
436 aa  60.8  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1665  outer membrane efflux protein  21.4 
 
 
464 aa  60.1  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0617  outer membrane efflux protein  22.67 
 
 
447 aa  60.1  0.00000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3904  outer membrane channel protein  20.18 
 
 
435 aa  58.5  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01590  putative outer membrane protein TolC  24.06 
 
 
451 aa  58.5  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.29548  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  21.87 
 
 
435 aa  58.9  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000309945  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3225  outer membrane channel protein  20.58 
 
 
432 aa  58.2  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000929322  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0224  outer membrane efflux protein  22.48 
 
 
419 aa  57.4  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000720591  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  20.75 
 
 
470 aa  57.8  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1333  outer membrane efflux protein, putative  22.09 
 
 
463 aa  57.8  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4142  outer membrane efflux protein  22.08 
 
 
497 aa  57.8  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.958426  hitchhiker  0.00365026 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0781  outer membrane channel protein  19.69 
 
 
435 aa  57.8  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000184345  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5506  outer membrane efflux protein  20.7 
 
 
451 aa  57.8  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.307266  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4195  outer membrane channel protein  19.94 
 
 
443 aa  57.8  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000611538  hitchhiker  0.000431125 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0813  outer membrane channel protein  19.69 
 
 
435 aa  57.8  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000621601  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3578  outer membrane channel protein  19.69 
 
 
435 aa  57.8  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000408694  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0806  outer membrane channel protein  19.27 
 
 
435 aa  57.4  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000113836  hitchhiker  0.0000000000882186 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5561  outer membrane efflux protein  21.97 
 
 
431 aa  57.4  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1759  outer membrane efflux protein  21.27 
 
 
738 aa  57  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5578  outer membrane efflux protein  22.15 
 
 
451 aa  57  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.46516 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0791  outer membrane efflux protein  22.72 
 
 
454 aa  57  0.0000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.670065  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.6 
 
 
442 aa  56.6  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1376  Outer membrane efflux protein  23.08 
 
 
435 aa  56.6  0.0000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.109779  hitchhiker  0.00244241 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2559  outer membrane efflux protein  23.54 
 
 
445 aa  56.6  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.413213  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0725  outer membrane channel protein  20.18 
 
 
435 aa  56.6  0.0000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245313  hitchhiker  0.000963429 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4897  outer membrane efflux protein  22.5 
 
 
437 aa  55.8  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0861249  normal  0.15922 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5078  outer membrane efflux protein  24.2 
 
 
635 aa  55.8  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.851054  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1027  outer membrane efflux protein  21.55 
 
 
452 aa  56.2  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>