More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2174 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_2174  nitrogen-fixing NifU domain protein  100 
 
 
203 aa  424  1e-118  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2362  NifU domain-containing protein  90.15 
 
 
203 aa  385  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.201706  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0236  IscU protein  86.7 
 
 
203 aa  380  1e-105  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0366  nitrogen-fixing NifU domain protein  87.68 
 
 
203 aa  382  1e-105  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.041625  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0207  IscU protein  83.17 
 
 
203 aa  361  3e-99  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2231  nitrogen-fixing NifU domain protein  80.2 
 
 
203 aa  361  5.0000000000000005e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2001  nitrogen-fixing NifU domain protein  78.11 
 
 
203 aa  345  2e-94  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.488301 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0533  nitrogen-fixing NifU domain protein  61.11 
 
 
200 aa  275  4e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0689  Fe-S cluster assembly protein NifU  45.21 
 
 
277 aa  172  3.9999999999999995e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0701297  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0436  Fe-S cluster assembly protein NifU  45.83 
 
 
284 aa  167  8e-41  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1514  Fe-S cluster assembly protein NifU  42.19 
 
 
298 aa  152  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1508  nitrogen fixation protein nifU  43.09 
 
 
291 aa  153  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.63468  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1226  Fe-S cluster assembly protein NifU  43.09 
 
 
291 aa  153  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000342519 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2648  Fe-S cluster assembly protein NifU  44.02 
 
 
284 aa  151  7e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000357887 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1568  Fe-S cluster assembly protein NifU  44.02 
 
 
284 aa  150  8.999999999999999e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000157708  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1832  Fe-S cluster assembly protein NifU  41.3 
 
 
286 aa  147  8e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000450727  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1559  Fe-S cluster assembly protein NifU  41.58 
 
 
309 aa  147  9e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.746235  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0101  Fe-S cluster assembly protein NifU  41.27 
 
 
283 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0503  Fe-S cluster assembly protein NifU  39.89 
 
 
277 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01620  Nitrogen fixation Fe-S cluster scaffold protein  41.05 
 
 
312 aa  145  5e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1298  nitrogen-fixing NifU domain protein  46.2 
 
 
153 aa  145  5e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.114268  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1076  Fe-S cluster assembly protein NifU  38.78 
 
 
278 aa  144  9e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.650115  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3582  Fe-S cluster assembly protein NifU  39.9 
 
 
329 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.370448  normal  0.0119473 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1355  Fe-S cluster assembly protein NifU  39.39 
 
 
306 aa  136  2e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3621  Fe-S cluster assembly protein NifU  39.36 
 
 
344 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.237955 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3078  Fe-S cluster assembly protein NifU  40.53 
 
 
280 aa  133  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2012  NifU family protein  42.62 
 
 
285 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000109359  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4246  Fe-S cluster assembly protein NifU  39.57 
 
 
309 aa  132  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.451507  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2684  Fe-S cluster assembly protein NifU  42.78 
 
 
276 aa  133  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0380338 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1606  Fe-S cluster assembly protein NifU  40.96 
 
 
288 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.149672  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3915  Fe-S cluster assembly protein NifU  37.44 
 
 
300 aa  131  6.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2295  Fe-S cluster assembly protein NifU  39.69 
 
 
281 aa  131  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2363  Fe-S cluster assembly protein NifU  37.19 
 
 
296 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1812  Fe-S cluster assembly protein NifU  40.1 
 
 
294 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0051  Fe-S cluster assembly protein NifU  38.74 
 
 
281 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0991  Fe-S cluster assembly protein NifU  42.93 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000244062  normal  0.0771529 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1784  Fe-S cluster assembly protein NifU  39.58 
 
 
294 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0721  nitrogen-fixing NifU-like protein  47.24 
 
 
149 aa  128  7.000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0316213  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1736  NifU protein  46.92 
 
 
211 aa  127  8.000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.495331  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2121  Fe-S cluster assembly protein NifU  39.71 
 
 
293 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.141137 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0720  nitrogen-fixing NifU domain protein  49.59 
 
 
207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.985893  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2289  scaffold protein  51.64 
 
 
133 aa  126  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0320081  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2660  Fe-S cluster assembly protein NifU  38.95 
 
 
281 aa  126  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.729914 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2143  FeS cluster assembly scaffold IscU  47.24 
 
 
133 aa  126  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760622 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0288  nitrogen-fixing NifU-like protein  46.1 
 
 
211 aa  125  3e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1639  FeS cluster assembly scaffold IscU  47.24 
 
 
133 aa  126  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0206  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  48.41 
 
 
150 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00147996  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0265  hypothetical protein  47.62 
 
 
143 aa  125  6e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.164856 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1713  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  45.97 
 
 
127 aa  124  7e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000127457  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2261  (Fe-S) cluster formation/repair protein  47.24 
 
 
138 aa  124  7e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.516044 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2214  nitrogen-fixing NifU-like  46.88 
 
 
143 aa  124  8.000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.728312 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1836  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  44.53 
 
 
145 aa  124  1e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0842476 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2178  scaffold protein  49.18 
 
 
132 aa  124  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00857387  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2179  scaffold protein  50 
 
 
128 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000106692  normal  0.337771 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2016  Fe-S cluster assembly protein NifU  39.36 
 
 
290 aa  124  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000826142  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1673  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  51.94 
 
 
131 aa  123  2e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.439756  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2444  FeS cluster assembly scaffold IscU  46.83 
 
 
132 aa  123  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.463921  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0831  FeS cluster assembly scaffold IscU  48.09 
 
 
133 aa  123  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.728943  normal  0.471167 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2143  FeS cluster assembly scaffold IscU  46.46 
 
 
139 aa  123  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26628  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2374  FeS cluster assembly scaffold IscU  47.62 
 
 
133 aa  122  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.161574  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2126  NifU domain-containing protein  43.75 
 
 
144 aa  122  4e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3998  FeS cluster assembly scaffold IscU  45.6 
 
 
132 aa  121  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0455021  hitchhiker  0.00958668 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1046  FeS cluster assembly scaffold IscU  47.24 
 
 
128 aa  121  7e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0807  scaffold protein  45.45 
 
 
133 aa  121  7e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00121678  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1562  FeS cluster assembly scaffold IscU  45.74 
 
 
137 aa  120  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.43451 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2038  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  42.45 
 
 
142 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1754  nifU protein  42.45 
 
 
144 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00241183  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0470  FeS cluster assembly scaffold IscU  50 
 
 
128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0220387  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0406  nitrogen-fixing NifU domain protein  40 
 
 
154 aa  119  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.54432  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1488  FeS cluster assembly scaffold IscU  46.62 
 
 
134 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000147326  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0303  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  49.59 
 
 
137 aa  118  4.9999999999999996e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.11332  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4135  Fe-S cluster assembly protein NifU  39.78 
 
 
291 aa  118  4.9999999999999996e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.0000225432  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2058  FeS cluster assembly scaffold IscU  44.78 
 
 
135 aa  117  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.110723  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1554  scaffold protein  46.46 
 
 
137 aa  117  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.115759  normal  0.0775897 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1457  FeS cluster assembly scaffold IscU  45.52 
 
 
135 aa  117  9e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1492  FeS cluster assembly scaffold IscU  49.18 
 
 
128 aa  117  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1361  FeS cluster assembly scaffold IscU  47.62 
 
 
142 aa  117  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2425  NifU protein  44.53 
 
 
129 aa  117  9.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.191396 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2578  scaffold protein  46.46 
 
 
138 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.115419  hitchhiker  0.00110358 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1020  scaffold protein  46.46 
 
 
133 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.154036  normal  0.455207 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1165  scaffold protein  45.74 
 
 
128 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0089491  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3580  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  45.9 
 
 
124 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1651  nitrogen-fixing NifU-like  48 
 
 
125 aa  116  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.86354  normal  0.0135811 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2680  scaffold protein  49.18 
 
 
128 aa  116  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.955816  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02421  scaffold protein  49.18 
 
 
128 aa  116  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1139  FeS cluster assembly scaffold IscU  49.18 
 
 
128 aa  116  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3761  scaffold protein  49.18 
 
 
128 aa  116  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000663009  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1148  scaffold protein  49.18 
 
 
128 aa  116  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0205414  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1859  NifU-like protein  46.83 
 
 
122 aa  115  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319001  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02385  hypothetical protein  49.18 
 
 
128 aa  116  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2682  scaffold protein  49.18 
 
 
128 aa  116  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.490649  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2814  scaffold protein  49.18 
 
 
128 aa  116  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0170927  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3026  scaffold protein  48.36 
 
 
128 aa  115  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.050274  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0483  scaffold protein  44.44 
 
 
128 aa  115  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.360702  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0765  NifU domain-containing protein  45.45 
 
 
123 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00307292  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1951  scaffold protein  45.67 
 
 
127 aa  114  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000468917  normal  0.344726 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2204  scaffold protein  48.36 
 
 
127 aa  114  6.9999999999999995e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00285299  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3061  scaffold protein  47.54 
 
 
130 aa  114  6.9999999999999995e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.969828  unclonable  0.000000668017 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_41017  Iron sulfur cluster assembly protein 1, mitochondrial precursor (Iron sulfur cluster scaffold protein 1)  42.64 
 
 
182 aa  114  7.999999999999999e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.27253  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2750  FeS cluster assembly scaffold IscU  46.09 
 
 
128 aa  114  7.999999999999999e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>