More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2097 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_2097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 		 424 aa  874    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2169  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  84.67 
 
 		 424 aa  745    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2499  nickel-dependent hydrogenase large subunit  77.36 
 
 		 424 aa  679    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2132  nickel-dependent hydrogenase large subunit  72.81 
 
 		 425 aa  630  1e-179  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0448433  normal  0.0283043 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1929  nickel-dependent hydrogenase large subunit  70.21 
 
 		 425 aa  619  1e-176  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0245  hydrogenase/sulfur reductase, alpha subunit  68.63 
 
 		 426 aa  604  9.999999999999999e-173  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.392685  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2605  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.63 
 
 		 439 aa  353  2e-96  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0537031  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1256  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.32 
 
 		 430 aa  276  6e-73  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4496  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.99 
 
 		 430 aa  258  2e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.401222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2660  Coenzyme F420 hydrogenase  32.7 
 
 		 433 aa  255  9e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.041142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1138  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.81 
 
 		 431 aa  251  2e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4826  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.52 
 
 		 428 aa  246  8e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.106762  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1858  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.13 
 
 		 428 aa  245  8e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0080  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.01 
 
 		 421 aa  245  9e-64  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.303597  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2590  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.26 
 
 		 433 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.282401  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1263  hypothetical protein  33.1 
 
 		 433 aa  242  1e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.321319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0507  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.36 
 
 		 429 aa  241  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2387  hypothetical protein  31.93 
 
 		 430 aa  235  1.0000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2532  hypothetical protein  32 
 
 		 430 aa  234  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.16 
 
 		 432 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.620596 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0937  [NiFe] hydrogenase, alpha subunit, putative  32.45 
 
 		 422 aa  232  1e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.952693  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04400  Soluble nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxH  32.05 
 
 		 419 aa  227  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0884  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.43 
 
 		 432 aa  219  5e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.912975  normal  0.251676 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3474  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.41 
 
 		 432 aa  219  8.999999999999998e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.38 
 
 		 425 aa  219  8.999999999999998e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1019  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.6 
 
 		 431 aa  212  1e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00653003 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3416  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.73 
 
 		 430 aa  205  1e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.291194  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3479  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.73 
 
 		 430 aa  205  1e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.441341  normal  0.0523033 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3427  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.73 
 
 		 430 aa  205  1e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.260108 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1007  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.06 
 
 		 455 aa  191  2e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2221  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.24 
 
 		 482 aa  190  4e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.794889  normal  0.78316 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.06 
 
 		 473 aa  190  5e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.53 
 
 		 475 aa  189  7e-47  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.325648  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2249  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.55 
 
 		 423 aa  189  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3972  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.15 
 
 		 473 aa  187  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000529156 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0588  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  31 
 
 		 479 aa  186  7e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204108  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_553  nickel-dependent hydrogenase, group 3, large subunit  30.79 
 
 		 479 aa  186  8e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0139726  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0615  hydrogenase, group 3, VhuA subunit, putative  30.36 
 
 		 479 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1553  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.4 
 
 		 479 aa  184  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0092  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.22 
 
 		 474 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0095  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.22 
 
 		 474 aa  183  6e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.46 
 
 		 473 aa  181  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0070  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.98 
 
 		 471 aa  180  4e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2476  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.42 
 
 		 473 aa  177  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.795621  normal  0.410999 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0652  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  30.02 
 
 		 471 aa  176  5e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4160  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.02 
 
 		 474 aa  176  9e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2419  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.78 
 
 		 473 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.954862  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1968  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.24 
 
 		 423 aa  173  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1673  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.13 
 
 		 493 aa  171  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.521628  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2258  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.28 
 
 		 486 aa  171  2e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2013  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.14 
 
 		 487 aa  169  1e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2716  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.72 
 
 		 479 aa  168  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.892044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2102  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.04 
 
 		 472 aa  168  2e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.782605  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4043  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.05 
 
 		 473 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0198059 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1215  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.14 
 
 		 418 aa  167  4e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1651  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.83 
 
 		 485 aa  166  5e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.93 
 
 		 449 aa  166  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3680  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.98 
 
 		 509 aa  166  8e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0782936  normal  0.503756 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1525  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.14 
 
 		 488 aa  166  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000894187  hitchhiker  0.00486844 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0977  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.69 
 
 		 418 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.390644  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3539  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.37 
 
 		 474 aa  165  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3855  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.29 
 
 		 507 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.29 
 
 		 418 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0114  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  29.08 
 
 		 494 aa  164  3e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1712  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  31.69 
 
 		 418 aa  164  3e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2555  NAD-reducing hydrogenase HoxS beta subunit  29.74 
 
 		 476 aa  164  4.0000000000000004e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.148056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4292  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.11 
 
 		 494 aa  163  6e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.61 
 
 		 476 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.301961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0078  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.54 
 
 		 474 aa  162  9e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4661  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.97 
 
 		 487 aa  162  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2791  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.42 
 
 		 482 aa  161  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.119602  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0996  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.07 
 
 		 418 aa  161  3e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2250  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.48 
 
 		 488 aa  159  6e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0169608  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4314  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.9 
 
 		 494 aa  159  8e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1215  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.13 
 
 		 499 aa  158  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0417903 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1459  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.01 
 
 		 504 aa  158  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.720227 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.89 
 
 		 475 aa  156  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3537  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.11 
 
 		 469 aa  155  9e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0982  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.35 
 
 		 487 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1791  hydrogen dehydrogenase  29.58 
 
 		 449 aa  154  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0531  putative nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.43 
 
 		 504 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2718  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  28.27 
 
 		 478 aa  151  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.9 
 
 		 489 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0509028  normal  0.183384 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.11 
 
 		 494 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0906302  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2748  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.17 
 
 		 488 aa  144  4e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4306  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.48 
 
 		 498 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891144  normal  0.552071 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  25.76 
 
 		 456 aa  108  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.67 
 
 		 481 aa  106  7e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0452  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  25.43 
 
 		 456 aa  99  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0015  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  25.88 
 
 		 455 aa  97.8  3e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0649  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  25.35 
 
 		 410 aa  97.8  3e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.85 
 
 		 488 aa  97.4  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0073  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.86 
 
 		 410 aa  95.9  1e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.84 
 
 		 485 aa  95.9  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24 
 
 		 514 aa  94.4  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.22 
 
 		 560 aa  94  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  22.16 
 
 		 559 aa  94  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2332  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.18 
 
 		 469 aa  93.6  5e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.21 
 
 		 517 aa  93.2  8e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.27 
 
 		 458 aa  92.4  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>