More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2016 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007512  Plut_1699  DNA ligase (NAD+)  69.27 
 
 		 677 aa  879    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.699894  normal  0.700726 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  69.21 
 
 		 667 aa  943    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 673 aa  1371    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  70.06 
 
 		 674 aa  965    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0463  DNA ligase, NAD-dependent  62.44 
 
 		 684 aa  833    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  63.61 
 
 		 675 aa  849    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  68.37 
 
 		 676 aa  937    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  47.08 
 
 		 672 aa  572  1.0000000000000001e-162  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1559  DNA ligase, NAD-dependent  43.68 
 
 		 662 aa  570  1e-161  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0638727  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  45.44 
 
 		 670 aa  570  1e-161  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  45 
 
 		 670 aa  570  1e-161  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  45.53 
 
 		 672 aa  569  1e-161  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  44.36 
 
 		 670 aa  566  1e-160  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  42.86 
 
 		 670 aa  566  1e-160  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.67 
 
 		 679 aa  559  1e-158  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  45.27 
 
 		 670 aa  557  1e-157  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2539  DNA ligase, NAD-dependent  43.1 
 
 		 696 aa  556  1e-157  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.173328 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  44.08 
 
 		 662 aa  553  1e-156  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  44.25 
 
 		 681 aa  550  1e-155  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  44.91 
 
 		 659 aa  551  1e-155  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.4 
 
 		 670 aa  548  1e-154  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  42.98 
 
 		 677 aa  545  1e-154  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  43.05 
 
 		 663 aa  546  1e-154  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.68 
 
 		 676 aa  542  1e-153  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3318  DNA ligase, NAD-dependent  42.51 
 
 		 670 aa  541  9.999999999999999e-153  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.563923 
 
 
-
 
NC_002950  PG1253  DNA ligase, NAD-dependent  43.48 
 
 		 669 aa  539  9.999999999999999e-153  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.75 
 
 		 669 aa  539  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.05 
 
 		 669 aa  541  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.9 
 
 		 669 aa  540  9.999999999999999e-153  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.9 
 
 		 669 aa  541  9.999999999999999e-153  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.9 
 
 		 669 aa  541  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.75 
 
 		 669 aa  540  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.9 
 
 		 669 aa  540  9.999999999999999e-153  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.46 
 
 		 669 aa  538  1e-151  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.46 
 
 		 669 aa  537  1e-151  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.75 
 
 		 669 aa  538  1e-151  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.6 
 
 		 669 aa  537  1e-151  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  44.11 
 
 		 674 aa  536  1e-151  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4656  DNA ligase, NAD-dependent  44.26 
 
 		 673 aa  535  1e-151  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.203554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3475  DNA ligase, NAD-dependent  42.73 
 
 		 668 aa  536  1e-151  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.502596  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  45.28 
 
 		 671 aa  533  1e-150  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09423  DNA ligase  42.19 
 
 		 664 aa  531  1e-149  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.624424  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  43.21 
 
 		 697 aa  530  1e-149  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  40.77 
 
 		 678 aa  526  1e-148  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  41.12 
 
 		 673 aa  526  1e-148  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0676  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.33 
 
 		 738 aa  525  1e-148  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.759983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  44.53 
 
 		 672 aa  528  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  42.73 
 
 		 689 aa  522  1e-147  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  44.21 
 
 		 668 aa  523  1e-147  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  43.77 
 
 		 668 aa  519  1e-146  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  43.29 
 
 		 711 aa  521  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  43.31 
 
 		 683 aa  519  1e-146  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  43.28 
 
 		 666 aa  520  1e-146  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  41.87 
 
 		 684 aa  521  1e-146  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  43.18 
 
 		 681 aa  519  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  43.89 
 
 		 684 aa  517  1.0000000000000001e-145  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  43.3 
 
 		 671 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  41.94 
 
 		 688 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  43.01 
 
 		 671 aa  518  1.0000000000000001e-145  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  45.5 
 
 		 691 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  41.94 
 
 		 688 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  41.69 
 
 		 685 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.34 
 
 		 669 aa  517  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  41.69 
 
 		 685 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5111  DNA ligase, NAD-dependent  41.67 
 
 		 695 aa  514  1e-144  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246917  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0894  DNA ligase, NAD-dependent  42.18 
 
 		 700 aa  515  1e-144  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  42.11 
 
 		 669 aa  514  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  41.54 
 
 		 685 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  41.63 
 
 		 668 aa  514  1e-144  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  42 
 
 		 690 aa  512  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  42 
 
 		 690 aa  513  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0369  DNA ligase (NAD(+))  42.88 
 
 		 661 aa  514  1e-144  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  42.82 
 
 		 707 aa  510  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  42.56 
 
 		 671 aa  511  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  43.31 
 
 		 707 aa  509  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  41.11 
 
 		 685 aa  511  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  43.84 
 
 		 673 aa  509  1e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  40.45 
 
 		 663 aa  509  1e-143  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  42.86 
 
 		 673 aa  510  1e-143  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  41.68 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  42.24 
 
 		 690 aa  509  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1433  DNA ligase, NAD-dependent  42.05 
 
 		 704 aa  511  1e-143  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  44.26 
 
 		 678 aa  510  1e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.52 
 
 		 671 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  41.67 
 
 		 671 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.52 
 
 		 671 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  41.52 
 
 		 671 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.3 
 
 		 670 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  43.15 
 
 		 683 aa  508  9.999999999999999e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  41.52 
 
 		 668 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2205  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.31 
 
 		 680 aa  508  9.999999999999999e-143  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2552  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.8 
 
 		 680 aa  508  9.999999999999999e-143  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.67 
 
 		 671 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  40.79 
 
 		 674 aa  506  9.999999999999999e-143  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.67 
 
 		 671 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.67 
 
 		 671 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.11 
 
 		 669 aa  508  9.999999999999999e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1926  hypothetical protein  41.37 
 
 		 671 aa  506  9.999999999999999e-143  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.67 
 
 		 671 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.84 
 
 		 681 aa  503  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>