More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1997 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  100 
 
 
252 aa  516  1e-146  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  73.66 
 
 
250 aa  374  1e-103  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  76.39 
 
 
247 aa  374  1e-103  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  71.25 
 
 
243 aa  367  1e-101  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  71.67 
 
 
251 aa  360  1e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  68.64 
 
 
248 aa  341  7e-93  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  62.06 
 
 
254 aa  330  2e-89  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  49.57 
 
 
555 aa  206  4e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  43.75 
 
 
472 aa  194  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  44.92 
 
 
387 aa  192  3e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.45 
 
 
255 aa  190  2e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  44.9 
 
 
309 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  46.38 
 
 
562 aa  186  3e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  43.67 
 
 
638 aa  185  6e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  41.67 
 
 
271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  42.56 
 
 
268 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.54 
 
 
238 aa  182  3e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.23 
 
 
236 aa  182  6e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.57 
 
 
240 aa  180  2e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  41 
 
 
251 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  40.42 
 
 
238 aa  179  4e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  39.59 
 
 
274 aa  179  4e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  43.23 
 
 
236 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.77 
 
 
249 aa  179  4.999999999999999e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.53 
 
 
237 aa  178  5.999999999999999e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  42.55 
 
 
238 aa  177  1e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  40.91 
 
 
273 aa  177  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.8 
 
 
239 aa  177  1e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  43.91 
 
 
516 aa  177  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  41.53 
 
 
266 aa  176  3e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  41.53 
 
 
266 aa  176  3e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  42.49 
 
 
252 aa  175  6e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  42.42 
 
 
236 aa  175  7e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  39.04 
 
 
255 aa  175  7e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  42.8 
 
 
242 aa  174  9e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40.17 
 
 
253 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  38.59 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  42.37 
 
 
242 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  42.06 
 
 
230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  39.92 
 
 
256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  39.83 
 
 
556 aa  172  5e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  40.34 
 
 
567 aa  172  5.999999999999999e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  42.37 
 
 
243 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  41.95 
 
 
242 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  41.95 
 
 
242 aa  171  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.95 
 
 
242 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.95 
 
 
242 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.95 
 
 
242 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.95 
 
 
242 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.95 
 
 
242 aa  170  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  41.95 
 
 
242 aa  170  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.95 
 
 
242 aa  170  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.57 
 
 
249 aa  170  2e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.68 
 
 
239 aa  170  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  41.39 
 
 
243 aa  169  3e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  38.66 
 
 
262 aa  169  4e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  37.55 
 
 
680 aa  168  6e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  43.64 
 
 
245 aa  168  7e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  41.35 
 
 
284 aa  168  7e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  38.75 
 
 
624 aa  167  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  40.25 
 
 
239 aa  167  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  37.87 
 
 
229 aa  167  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  37.94 
 
 
264 aa  166  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  38.58 
 
 
254 aa  167  2e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  37.02 
 
 
229 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.43 
 
 
251 aa  167  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  37.45 
 
 
229 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  38.17 
 
 
329 aa  166  2.9999999999999998e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  40.83 
 
 
322 aa  166  2.9999999999999998e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.08 
 
 
328 aa  166  4e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  38.3 
 
 
229 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  37.76 
 
 
403 aa  165  8e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.45 
 
 
229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.92 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  37.19 
 
 
324 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  35.66 
 
 
282 aa  164  1.0000000000000001e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  39.57 
 
 
241 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  37.19 
 
 
329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.89 
 
 
247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  37.45 
 
 
229 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  38.06 
 
 
250 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  37.76 
 
 
406 aa  162  5.0000000000000005e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  41.1 
 
 
245 aa  162  6e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  37.45 
 
 
229 aa  162  7e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  37.08 
 
 
265 aa  162  7e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.75 
 
 
258 aa  161  9e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.33 
 
 
240 aa  160  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  40.68 
 
 
233 aa  161  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  36.75 
 
 
229 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  36.75 
 
 
229 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  37.86 
 
 
694 aa  160  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  35.74 
 
 
229 aa  159  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  40.25 
 
 
553 aa  159  3e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  39.08 
 
 
426 aa  159  4e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  38.4 
 
 
280 aa  158  7e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  37.76 
 
 
306 aa  158  7e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  37.35 
 
 
250 aa  158  8e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  36.93 
 
 
247 aa  158  9e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  38.53 
 
 
228 aa  157  1e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  36.51 
 
 
375 aa  157  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>