More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1988 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  100 
 
 
164 aa  337  2.9999999999999998e-92  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  86.16 
 
 
165 aa  285  1e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0505  NusB antitermination factor  85.09 
 
 
171 aa  286  1e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.615101  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1679  NusB antitermination factor  84.47 
 
 
163 aa  281  3.0000000000000004e-75  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0417  NusB antitermination factor  80.25 
 
 
169 aa  274  4e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0496  NusB antitermination factor  68.94 
 
 
168 aa  232  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  69.57 
 
 
168 aa  229  1e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0030  NusB antitermination factor  46.3 
 
 
165 aa  142  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1382  NusB antitermination factor  38.78 
 
 
151 aa  102  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  42.86 
 
 
145 aa  98.6  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1702  NusB antitermination factor  38.06 
 
 
139 aa  98.2  4e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  42.45 
 
 
142 aa  97.4  7e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  41.73 
 
 
142 aa  95.9  2e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4924  NusB antitermination factor  52.17 
 
 
388 aa  96.3  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0953586 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  36.3 
 
 
154 aa  94.7  5e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  43.97 
 
 
138 aa  94.4  7e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  41.13 
 
 
138 aa  92.8  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  40.29 
 
 
145 aa  92.8  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  36.76 
 
 
133 aa  91.7  4e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  39.13 
 
 
143 aa  91.3  5e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  38.46 
 
 
143 aa  90.9  6e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  35.82 
 
 
195 aa  91.3  6e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  38.03 
 
 
145 aa  91.3  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6330  NusB antitermination factor  54.32 
 
 
378 aa  90.9  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.847383  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  38.41 
 
 
142 aa  90.9  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  38.41 
 
 
142 aa  90.9  7e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  38.41 
 
 
142 aa  90.9  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  39.57 
 
 
145 aa  90.5  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  36.17 
 
 
143 aa  90.1  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05250  transcription antitermination factor NusB  34.53 
 
 
162 aa  89.7  2e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.615049  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  38.97 
 
 
147 aa  89  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  35.61 
 
 
143 aa  88.6  3e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  40.46 
 
 
148 aa  89  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  35.61 
 
 
143 aa  88.2  5e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0164  NusB antitermination factor  33.09 
 
 
165 aa  88.2  5e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  38.76 
 
 
130 aa  87.8  6e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12923  putative N utilization substance protein  52.94 
 
 
302 aa  87.4  7e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  36.3 
 
 
141 aa  87.4  7e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  41.09 
 
 
142 aa  86.7  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2447  antitermination factor  51.85 
 
 
389 aa  86.3  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.351781  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2598  NusB antitermination factor  39.84 
 
 
156 aa  85.9  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292091  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  35.82 
 
 
155 aa  85.9  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  40 
 
 
154 aa  85.5  3e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  34.33 
 
 
135 aa  85.1  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  36.8 
 
 
145 aa  84.3  7e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  38.85 
 
 
140 aa  84.3  7e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 
135 aa  84.3  7e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1747  transcription antitermination factor NusB  41.67 
 
 
136 aa  84  8e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  35.88 
 
 
134 aa  84  9e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  38.93 
 
 
143 aa  84  9e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  37.21 
 
 
130 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1693  transcription antitermination protein NusB  35.34 
 
 
144 aa  84  0.000000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  35.77 
 
 
146 aa  83.6  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1780  NusB antitermination factor  35.71 
 
 
166 aa  83.2  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.97176  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0422  hypothetical protein  43.27 
 
 
378 aa  83.6  0.000000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1020  NusB antitermination factor  34.85 
 
 
138 aa  82.4  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000376334  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1708  NusB antitermination factor  44.21 
 
 
147 aa  82.4  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.12686 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1703  NusB antitermination factor  38.95 
 
 
135 aa  83.2  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.747293  normal  0.0502801 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3255  NusB antitermination factor  34.97 
 
 
142 aa  81.6  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.489842  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0985  NusB antitermination factor  35.97 
 
 
142 aa  81.6  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0784851  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3481  NusB antitermination factor  34.03 
 
 
150 aa  81.3  0.000000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0412156  normal  0.48077 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  35.16 
 
 
130 aa  80.9  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1401  NusB/RsmB/TIM44  45.05 
 
 
316 aa  80.9  0.000000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00979954 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  37.21 
 
 
130 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  37.21 
 
 
130 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2202  transcription termination factor-like protein  54.32 
 
 
303 aa  79.7  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3147  NusB antitermination factor  32.06 
 
 
135 aa  79.3  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.511001  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1657  transcription antitermination protein NusB  34.56 
 
 
136 aa  79  0.00000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  36.43 
 
 
130 aa  79  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  37.21 
 
 
130 aa  79  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  37.21 
 
 
130 aa  79  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  37.21 
 
 
130 aa  79  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  33.08 
 
 
139 aa  79  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1534  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 
140 aa  79  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.276167  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  37.21 
 
 
130 aa  79  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  37.21 
 
 
130 aa  79  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1714  NusB antitermination factor  36.36 
 
 
145 aa  79  0.00000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  36.03 
 
 
154 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  37.21 
 
 
130 aa  79  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3205  NusB antitermination factor  35.19 
 
 
135 aa  78.2  0.00000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.073957  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1713  transcription antitermination protein NusB  33.08 
 
 
144 aa  78.2  0.00000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2652  transcription antitermination protein NusB  31.82 
 
 
163 aa  78.6  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1304  NusB antitermination factor  32.84 
 
 
145 aa  77.8  0.00000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.592114  normal  0.0232631 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2515  NusB antitermination factor  33.33 
 
 
132 aa  77.4  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.797905  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1452  transcription antitermination protein NusB  48.1 
 
 
211 aa  77  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  35.16 
 
 
145 aa  76.6  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1843  NusB antitermination factor  32.82 
 
 
136 aa  76.6  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.23427  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  32.56 
 
 
141 aa  77  0.0000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2589  NusB antitermination factor  31.3 
 
 
165 aa  76.6  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1094  transcription antitermination protein NusB  30.3 
 
 
142 aa  75.9  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0283  NusB antitermination factor  35.82 
 
 
150 aa  76.3  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.102265  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1966  N utilization substance protein B  44.87 
 
 
302 aa  75.9  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0692003  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0403  transcription antitermination protein NusB  37.88 
 
 
132 aa  75.9  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1043  NusB antitermination factor  32.26 
 
 
144 aa  76.3  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310425  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1478  transcription antitermination protein NusB  48.1 
 
 
235 aa  76.3  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.705133 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  35.94 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4342  transcription antitermination protein NusB  35.4 
 
 
209 aa  75.1  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  34.38 
 
 
134 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1457  NusB antitermination factor  30.28 
 
 
139 aa  74.7  0.0000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0617192  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08000  transcription antitermination factor NusB  31.21 
 
 
183 aa  74.7  0.0000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000357479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>