160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1961 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1961  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 174 aa  355  1.9999999999999998e-97  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00643734  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0731  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  74.71 
 
 		 174 aa  279  1e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  73.56 
 
 		 174 aa  260  6e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.946686  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1586  hypothetical protein  69.54 
 
 		 174 aa  258  4e-68  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.345573  normal  0.0169562 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0590  hypothetical protein  62.57 
 
 		 188 aa  234  4e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.583994  normal  0.972517 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0572  hypothetical protein  64.07 
 
 		 188 aa  234  6e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.316463 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0635  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.12 
 
 		 182 aa  220  9e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0551  hypothetical protein  36.67 
 
 		 179 aa  105  4e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1428  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.97 
 
 		 197 aa  94.4  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.770563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.12 
 
 		 178 aa  90.9  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00127684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0589  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.26 
 
 		 177 aa  88.6  4e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.768385  normal  0.646896 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0634  hypothetical protein  33.13 
 
 		 177 aa  85.1  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0571  hypothetical protein  44.21 
 
 		 177 aa  84  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.487342 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0730  hypothetical protein  43.01 
 
 		 177 aa  82.8  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1962  hypothetical protein  43.01 
 
 		 177 aa  80.5  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0548542  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0604  hypothetical protein  46.58 
 
 		 177 aa  78.6  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0491  hypothetical protein  33.77 
 
 		 184 aa  77.4  0.00000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.46585  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1587  hypothetical protein  50 
 
 		 177 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0166263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1003  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.51 
 
 		 176 aa  77  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4057  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.24 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000796256  hitchhiker  0.000000255237 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2016  hypothetical protein  32.19 
 
 		 175 aa  72.8  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3099  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.35 
 
 		 169 aa  72.4  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.422914  normal  0.197974 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4056  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.04 
 
 		 204 aa  68.6  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.022799  hitchhiker  0.00000194913 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.49 
 
 		 179 aa  68.2  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2763  hypothetical protein  24.07 
 
 		 174 aa  61.2  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.861823  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0550  hypothetical protein  35.53 
 
 		 177 aa  60.5  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.51 
 
 		 208 aa  60.5  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00337979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.7 
 
 		 205 aa  57.8  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  26.32 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2764  hypothetical protein  26.47 
 
 		 175 aa  57  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.720369  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.08 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  25.87 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.11 
 
 		 122 aa  55.8  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  41.07 
 
 		 135 aa  54.3  0.0000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.38 
 
 		 136 aa  53.9  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.21 
 
 		 137 aa  53.1  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.12 
 
 		 135 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4648  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.93 
 
 		 193 aa  52.4  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.030471  normal  0.671776 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.75 
 
 		 141 aa  52.8  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.23 
 
 		 141 aa  52.8  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 134 aa  52  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.79 
 
 		 140 aa  52  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_002950  PG0632  biopolymer transport protein ExbD, putative  26.92 
 
 		 139 aa  52  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.362389 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.15 
 
 		 143 aa  51.6  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  40 
 
 		 136 aa  50.8  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.82 
 
 		 137 aa  51.2  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2017  hypothetical protein  32.5 
 
 		 201 aa  51.2  0.000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.991999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  39.33 
 
 		 136 aa  50.8  0.000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  40 
 
 		 135 aa  50.4  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  36.67 
 
 		 143 aa  50.8  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  21.58 
 
 		 137 aa  50.4  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.82 
 
 		 135 aa  50.4  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1427  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 218 aa  50.4  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.48 
 
 		 143 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.7 
 
 		 135 aa  50.1  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.33 
 
 		 138 aa  49.7  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  48.84 
 
 		 143 aa  49.7  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42 
 
 		 135 aa  49.7  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.1 
 
 		 135 aa  50.1  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  23.7 
 
 		 134 aa  49.3  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  37.5 
 
 		 141 aa  48.9  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  26.43 
 
 		 142 aa  48.9  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.06 
 
 		 134 aa  48.5  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.55 
 
 		 142 aa  48.1  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0492  hypothetical protein  35.94 
 
 		 208 aa  48.1  0.00006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.717698  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38 
 
 		 134 aa  48.1  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38 
 
 		 134 aa  48.1  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.85 
 
 		 132 aa  48.1  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.21 
 
 		 131 aa  48.1  0.00007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.7 
 
 		 134 aa  47.8  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  24.3 
 
 		 145 aa  47.8  0.00008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.3 
 
 		 145 aa  47.8  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.41 
 
 		 217 aa  47.4  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  25.58 
 
 		 135 aa  47.4  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.48 
 
 		 136 aa  47.4  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.11 
 
 		 135 aa  47  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0439  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.95 
 
 		 132 aa  47  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.29268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.31 
 
 		 142 aa  47  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  36 
 
 		 134 aa  46.6  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4055  biopolymer transport protein ExbD/TolR  20.98 
 
 		 135 aa  46.6  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.09 
 
 		 134 aa  46.6  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  20.81 
 
 		 140 aa  46.6  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.09 
 
 		 142 aa  46.6  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 		 134 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.74 
 
 		 134 aa  46.6  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 		 134 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 		 134 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 130 aa  46.6  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 		 134 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.64 
 
 		 140 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 		 134 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 		 134 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 		 134 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0546  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.01 
 
 		 152 aa  46.2  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00922706  normal  0.113975 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  21.09 
 
 		 143 aa  45.8  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 		 134 aa  46.2  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>