206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1787 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
116 aa  223  8e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  6.97266e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  67.54 
 
 
117 aa  147  4e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  66.67 
 
 
117 aa  142  1e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  63.79 
 
 
125 aa  142  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  62.5 
 
 
138 aa  134  4e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  56.64 
 
 
113 aa  124  3e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  51.33 
 
 
113 aa  115  2e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.59 
 
 
114 aa  92  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.59 
 
 
113 aa  90.9  6e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.59 
 
 
113 aa  90.9  6e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.98 
 
 
110 aa  89.4  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.98 
 
 
113 aa  88.6  3e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.38 
 
 
130 aa  86.3  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.11 
 
 
110 aa  85.9  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.39 
 
 
113 aa  84.3  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.53 
 
 
128 aa  82.8  1e-15  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.05 
 
 
113 aa  82.4  2e-15  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  42.11 
 
 
112 aa  81.6  3e-15  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  41.23 
 
 
112 aa  81.6  3e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  37.17 
 
 
113 aa  79.7  1e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.6 
 
 
114 aa  79.3  1e-14  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  37.17 
 
 
113 aa  79.7  1e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  37.17 
 
 
113 aa  79.7  1e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.0148e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.04 
 
 
113 aa  79.7  1e-14  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  40.91 
 
 
110 aa  79.7  1e-14  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
120 aa  79.7  1e-14  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.44 
 
 
119 aa  79  2e-14  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.96 
 
 
119 aa  79.3  2e-14  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  37.17 
 
 
113 aa  79.3  2e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  37.17 
 
 
113 aa  79.3  2e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.94 
 
 
113 aa  79  2e-14  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
113 aa  79  2e-14  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  41.59 
 
 
110 aa  78.6  3e-14  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.96 
 
 
119 aa  78.6  3e-14  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.07 
 
 
121 aa  78.6  3e-14  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.72 
 
 
113 aa  78.6  3e-14  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  40.18 
 
 
109 aa  78.2  4e-14  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0024  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.02 
 
 
123 aa  77.8  4e-14  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.82 
 
 
110 aa  77.8  4e-14  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
113 aa  77.8  5e-14  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.52 
 
 
115 aa  77  8e-14  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
113 aa  76.6  1e-13  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
113 aa  75.9  2e-13  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.51 
 
 
113 aa  75.9  2e-13  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.93 
 
 
115 aa  75.9  2e-13  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.84 
 
 
114 aa  75.9  2e-13  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.48 
 
 
113 aa  75.5  2e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.84 
 
 
114 aa  75.9  2e-13  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  75.1  3e-13  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
110 aa  74.3  5e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
117 aa  74.3  5e-13  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
113 aa  74.3  5e-13  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
136 aa  74.3  5e-13  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.16 
 
 
128 aa  73.9  6e-13  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.47 
 
 
136 aa  73.9  7e-13  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
113 aa  73.6  8e-13  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.39 
 
 
115 aa  73.6  9e-13  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.84 
 
 
112 aa  73.2  1e-12  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.84 
 
 
114 aa  72.8  1e-12  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  33.33 
 
 
118 aa  72.8  2e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2976  hydrogenase nickel incorporation protein  33.33 
 
 
118 aa  72.8  2e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  35.4 
 
 
113 aa  72.8  2e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  33.33 
 
 
118 aa  72.8  2e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0331  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
113 aa  72.8  2e-12  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0315757  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3164  hydrogenase nickel incorporation protein  33.33 
 
 
118 aa  72.8  2e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.355005 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.45 
 
 
113 aa  72.4  2e-12  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  33.33 
 
 
118 aa  72.8  2e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.94 
 
 
117 aa  71.2  4e-12  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
113 aa  71.6  4e-12  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  34.51 
 
 
113 aa  71.6  4e-12  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
113 aa  70.9  5e-12  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  34.55 
 
 
110 aa  71.2  5e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.63 
 
 
113 aa  70.9  5e-12  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.4 
 
 
109 aa  71.2  5e-12  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
109 aa  71.2  5e-12  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.63 
 
 
113 aa  70.9  5e-12  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.63 
 
 
113 aa  70.9  5e-12  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.82 
 
 
121 aa  71.2  5e-12  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1931  hydrogenase nickel incorporation protein  33.64 
 
 
113 aa  71.2  5e-12  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350795  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.73 
 
 
113 aa  70.9  6e-12  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.63 
 
 
113 aa  70.5  7e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  33.63 
 
 
113 aa  70.5  7e-12  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.63 
 
 
113 aa  70.5  7e-12  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  33.63 
 
 
113 aa  70.5  7e-12  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.48 
 
 
114 aa  70.5  7e-12  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.07 
 
 
135 aa  70.5  8e-12  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.34 
 
 
115 aa  70.1  9e-12  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  33.04 
 
 
120 aa  70.1  1e-11  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.440089 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
113 aa  69.7  1e-11  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
139 aa  69.7  1e-11  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
113 aa  69.7  1e-11  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
113 aa  69.3  1e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0533  putative hydrogenase expression/synthesis protein HypA  35.71 
 
 
115 aa  69.7  1e-11  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
109 aa  69.7  1e-11  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
139 aa  69.3  1e-11  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  70.1  1e-11  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  33.04 
 
 
116 aa  69.3  2e-11  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  35.4 
 
 
113 aa  68.6  2e-11  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  33.04 
 
 
116 aa  69.3  2e-11  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  33.04 
 
 
120 aa  69.3  2e-11  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>