179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1768 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_1768  endonuclease IV  100 
 
 
290 aa  600  1.0000000000000001e-171  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0578127  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1981  endonuclease IV  69.37 
 
 
284 aa  424  1e-118  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2282  endonuclease IV  70.71 
 
 
280 aa  425  1e-118  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000448343  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0428  endonuclease IV  70.86 
 
 
279 aa  420  1e-116  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0173393  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0528  endonuclease IV  68.21 
 
 
282 aa  416  9.999999999999999e-116  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.00000000000858771  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1704  endonuclease IV  66.55 
 
 
283 aa  399  9.999999999999999e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1882  endonuclease IV  65.25 
 
 
284 aa  383  1e-105  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0101436 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1880  apurinic endonuclease Apn1  65.22 
 
 
283 aa  363  1e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1179  deoxyribonuclease IV (phage-T(4)-induced)  60.85 
 
 
286 aa  358  6e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1274  apurinic endonuclease Apn1  59.93 
 
 
289 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0481447 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1083  apurinic endonuclease Apn1  61.76 
 
 
283 aa  355  5e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0228384  normal  0.0872132 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2552  endonuclease IV  59.57 
 
 
282 aa  350  2e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1939  endonuclease IV  60.5 
 
 
286 aa  349  2e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00102323  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004452  endonuclease IV  61.73 
 
 
295 aa  349  4e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.034826  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1936  endonuclease IV  59.64 
 
 
282 aa  347  1e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.904759  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00944  endonuclease IV  58.8 
 
 
295 aa  344  1e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3227  endonuclease IV  60 
 
 
279 aa  344  1e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000476079 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2439  endonuclease IV  61.09 
 
 
285 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.26562  hitchhiker  0.00122179 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2553  endonuclease IV  61.09 
 
 
285 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.764772  hitchhiker  0.000695113 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1927  endonuclease IV  60.36 
 
 
281 aa  342  2.9999999999999997e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0277  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2395  endonuclease IV  61.09 
 
 
285 aa  342  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.881879  hitchhiker  0.00046987 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1070  apurinic endonuclease Apn1  60.79 
 
 
284 aa  340  1e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.858381  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2306  endonuclease IV  59.64 
 
 
285 aa  340  1e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0013882 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2351  endonuclease IV  60.73 
 
 
285 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000082686  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2295  endonuclease IV  59.64 
 
 
285 aa  339  2e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2456  endonuclease IV  59.64 
 
 
285 aa  339  2e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1489  endonuclease IV  59.64 
 
 
285 aa  339  2e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000729188  normal  0.0153717 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2442  endonuclease IV  60.73 
 
 
285 aa  339  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.155245  normal  0.685993 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1499  apurinic endonuclease Apn1  59.27 
 
 
285 aa  338  8e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022557  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3295  endonuclease IV  59.27 
 
 
285 aa  338  8e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.11698  normal  0.148014 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02088  endonuclease IV  59.27 
 
 
285 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0380549  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02047  hypothetical protein  59.27 
 
 
285 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0302541  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1835  endonuclease IV  57.91 
 
 
281 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0147738  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2326  endonuclease IV  59.64 
 
 
288 aa  336  1.9999999999999998e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0807  endonuclease IV  59.27 
 
 
285 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2760  endonuclease IV  60.73 
 
 
285 aa  335  5e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1487  endonuclease IV  57.55 
 
 
283 aa  334  1e-90  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000253859  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2421  endonuclease IV  59.27 
 
 
283 aa  332  3e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1655  endonuclease IV  58.55 
 
 
281 aa  332  5e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0156974  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0134  apurinic endonuclease Apn1  56.83 
 
 
280 aa  330  1e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1532  endonuclease IV  57.86 
 
 
285 aa  328  6e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0212021  normal  0.133835 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2756  endonuclease IV  57.86 
 
 
285 aa  328  6e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0855606  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0245  endonuclease IV  56.83 
 
 
282 aa  328  9e-89  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2675  endonuclease IV  58.18 
 
 
285 aa  327  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1670  endonuclease IV  53.24 
 
 
282 aa  312  3.9999999999999997e-84  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0392  endonuclease IV  51.44 
 
 
292 aa  305  5.0000000000000004e-82  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.907321  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2204  apurinic endonuclease Apn1  49.64 
 
 
281 aa  296  2e-79  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30161  predicted protein  45.8 
 
 
379 aa  253  3e-66  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01280  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase, putative  45.86 
 
 
463 aa  247  1e-64  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.328575  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1744  apurinic endonuclease Apn1  44.16 
 
 
282 aa  236  2e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0098767  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1735  endonuclease IV  43.82 
 
 
296 aa  229  3e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.652839 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1286  apurinic endonuclease Apn1  43.07 
 
 
283 aa  227  2e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.218784  normal  0.414124 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0549  apurinic endonuclease Apn1  41.03 
 
 
289 aa  219  3.9999999999999997e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1668  endonuclease IV  41.24 
 
 
297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0614  apurinic endonuclease Apn1  41.03 
 
 
293 aa  216  5e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.820419  normal  0.0550538 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2551  apurinic endonuclease Apn1  41.39 
 
 
286 aa  214  9.999999999999999e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03947  major apurinic/apyrimidinic endonuclease (Eurofung)  42.05 
 
 
544 aa  213  2.9999999999999995e-54  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1627  apurinic endonuclease Apn1  41.1 
 
 
293 aa  212  5.999999999999999e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00209687  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3914  apurinic endonuclease Apn1  41.42 
 
 
282 aa  212  7e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0337  apurinic endonuclease Apn1  42.91 
 
 
283 aa  211  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75145e-30 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3071  endonuclease IV  42.86 
 
 
282 aa  211  1e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000208028  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2994  endonuclease IV  41.42 
 
 
285 aa  211  1e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.097029  normal  0.446678 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21620  apurinic endonuclease APN1  40.93 
 
 
280 aa  211  1e-53  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.483925  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0659  apurinic endonuclease Apn1  39.78 
 
 
326 aa  209  5e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0735  apurinic endonuclease Apn1  41.97 
 
 
283 aa  208  7e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.320014  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0453  apurinic endonuclease Apn1  41.51 
 
 
283 aa  207  1e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00920847  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0529  endonuclease IV  41.51 
 
 
296 aa  207  2e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.143061  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3584  apurinic endonuclease Apn1  40 
 
 
281 aa  206  4e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0211601  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0914  endonuclease IV  39.43 
 
 
288 aa  206  5e-52  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0356  apurinic endonuclease Apn1  41.24 
 
 
283 aa  206  5e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0248399  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07910  apurinic endonuclease Apn1  39.05 
 
 
278 aa  204  1e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1814  apurinic endonuclease Apn1  39.55 
 
 
287 aa  204  2e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.602458  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1402  apurinic endonuclease Apn1  36.88 
 
 
283 aa  203  3e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.21791  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1106  apurinic endonuclease Apn1  41.22 
 
 
275 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1100  apurinic endonuclease Apn1  41.75 
 
 
280 aa  199  3e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0947  apurinic endonuclease Apn1  37.31 
 
 
292 aa  200  3e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00857924  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1177  apurinic endonuclease Apn1  40.84 
 
 
275 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1050  endonuclease IV  40.84 
 
 
275 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01100  apurinic endonuclease APN1  41.02 
 
 
260 aa  191  9e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0406  apurinic endonuclease Apn1  39.92 
 
 
291 aa  191  1e-47  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0163374  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2402  endonuclease IV  41.99 
 
 
294 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0690778  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0845  apurinic endonuclease Apn1  38.04 
 
 
277 aa  189  5e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.220183  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1017  apurinic endonuclease Apn1  39.49 
 
 
282 aa  188  8e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1687  apurinic endonuclease Apn1  37.68 
 
 
277 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0556  apurinic endonuclease Apn1  38.64 
 
 
287 aa  188  1e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00064756  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0570  apurinic endonuclease Apn1  37.22 
 
 
287 aa  187  1e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0165  endonuclease IV  39.1 
 
 
299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2406  endonuclease IV  38.72 
 
 
298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.794114  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0638  apurinic endonuclease Apn1  39.25 
 
 
282 aa  182  6e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.920931  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0654  apurinic endonuclease Apn1  38.55 
 
 
281 aa  182  6e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2857  apurinic endonuclease Apn1  38.41 
 
 
277 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1834  apurinic endonuclease Apn1  37.68 
 
 
282 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0300993  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0064  apurinic endonuclease Apn1  37.12 
 
 
279 aa  179  7e-44  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.751168 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2483  apurinic endonuclease Apn1  37.76 
 
 
277 aa  178  9e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.590577  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1968  apurinic endonuclease Apn1  37.31 
 
 
286 aa  175  8e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.163854 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0383  apurinic endonuclease Apn1  36.74 
 
 
289 aa  174  9.999999999999999e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.469557  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0185  apurinic endonuclease Apn1  36.57 
 
 
276 aa  171  2e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.635232  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2402  apurinic endonuclease Apn1  36.33 
 
 
276 aa  171  2e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.683524  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1326  endonuclease IV  37.74 
 
 
328 aa  170  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0835  apurinic endonuclease Apn1  39.15 
 
 
277 aa  169  5e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.995182  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>