More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1543 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  71.15 
 
 
479 aa  659    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
496 aa  998    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.67 
 
 
485 aa  683    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.66 
 
 
494 aa  721    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.45 
 
 
495 aa  624  1e-178  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  67.69 
 
 
473 aa  627  1e-178  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.69 
 
 
497 aa  618  1e-175  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.41 
 
 
280 aa  278  2e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
280 aa  277  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.5 
 
 
285 aa  276  6e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.22 
 
 
285 aa  272  1e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.34 
 
 
284 aa  271  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.53 
 
 
280 aa  270  5e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  55.96 
 
 
282 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  50.6 
 
 
288 aa  267  4e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.24 
 
 
542 aa  253  6e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.407034  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.21 
 
 
293 aa  253  7e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.69 
 
 
274 aa  242  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.88 
 
 
258 aa  240  2.9999999999999997e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.68 
 
 
278 aa  238  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.14 
 
 
284 aa  237  3e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  51.83 
 
 
285 aa  236  7e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.34 
 
 
300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
359 aa  234  3e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.55 
 
 
305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  50.44 
 
 
304 aa  233  5e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  50.44 
 
 
304 aa  233  5e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
352 aa  231  2e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000439393  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.56 
 
 
399 aa  229  9e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.02594  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  49.78 
 
 
284 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  46.43 
 
 
300 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  46.32 
 
 
283 aa  227  4e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  48.21 
 
 
301 aa  227  4e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.09 
 
 
312 aa  227  4e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.32 
 
 
283 aa  226  6e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.23 
 
 
344 aa  226  7e-58  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.83 
 
 
300 aa  226  8e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.83 
 
 
300 aa  226  8e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.96 
 
 
307 aa  226  9e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.7 
 
 
295 aa  225  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  49.54 
 
 
301 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  46.32 
 
 
283 aa  225  2e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  46.32 
 
 
283 aa  224  2e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.37 
 
 
603 aa  225  2e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.959889  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.88 
 
 
283 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  46.32 
 
 
283 aa  225  2e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.93 
 
 
310 aa  225  2e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.32 
 
 
283 aa  224  3e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.32 
 
 
283 aa  224  3e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  48.4 
 
 
299 aa  223  4e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  48.4 
 
 
299 aa  223  4e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  48.4 
 
 
299 aa  223  4e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  48.4 
 
 
299 aa  223  4e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  48.4 
 
 
299 aa  223  4e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  45.89 
 
 
283 aa  224  4e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.17 
 
 
299 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.43 
 
 
304 aa  222  9.999999999999999e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 
311 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.732722 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.61 
 
 
347 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.435279  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.47 
 
 
319 aa  221  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.49 
 
 
300 aa  221  3e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.69 
 
 
300 aa  221  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.23 
 
 
304 aa  220  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.49 
 
 
301 aa  219  7e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.17 
 
 
299 aa  219  7.999999999999999e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1901  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
371 aa  219  8.999999999999998e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
371 aa  219  8.999999999999998e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.866593  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.92 
 
 
343 aa  219  8.999999999999998e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.76 
 
 
310 aa  218  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.32 
 
 
297 aa  218  2e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.92 
 
 
344 aa  218  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.39 
 
 
301 aa  218  2e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.32 
 
 
303 aa  218  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.56 
 
 
310 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.373123  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.27 
 
 
376 aa  218  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.12 
 
 
300 aa  217  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.96 
 
 
287 aa  217  4e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.58 
 
 
301 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.03 
 
 
307 aa  216  7e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.61 
 
 
304 aa  216  7e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.58 
 
 
307 aa  216  8e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.96 
 
 
302 aa  216  8e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  46.58 
 
 
300 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.7 
 
 
302 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.88 
 
 
309 aa  215  9.999999999999999e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.22 
 
 
305 aa  215  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.58 
 
 
300 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0479  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.87 
 
 
304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.477815  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
468 aa  215  1.9999999999999998e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0164204  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.12 
 
 
299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.62 
 
 
323 aa  215  1.9999999999999998e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.478272  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.15 
 
 
309 aa  215  1.9999999999999998e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4163  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37 
 
 
372 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0546516  hitchhiker  0.0000167593 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.86 
 
 
286 aa  214  2.9999999999999995e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  49.77 
 
 
313 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  49.77 
 
 
313 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.58 
 
 
284 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.22 
 
 
287 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  49.77 
 
 
313 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.66 
 
 
296 aa  213  9e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>