More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1516 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  80.77 
 
 		 467 aa  808    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 469 aa  986    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  83.33 
 
 		 467 aa  840    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  69.57 
 
 		 461 aa  709    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  82.24 
 
 		 471 aa  834    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  85.37 
 
 		 465 aa  839    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  73.53 
 
 		 462 aa  721    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  85.07 
 
 		 469 aa  844    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  87.63 
 
 		 468 aa  877    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  36.99 
 
 		 444 aa  258  2e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 433 aa  248  1e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  33.09 
 
 		 434 aa  230  5e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  32.62 
 
 		 439 aa  226  1e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  30.93 
 
 		 428 aa  223  7e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  32.47 
 
 		 428 aa  222  9e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  30.88 
 
 		 426 aa  220  3.9999999999999997e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  31.05 
 
 		 468 aa  210  5e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  28.82 
 
 		 468 aa  208  1e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  34.36 
 
 		 428 aa  208  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.22 
 
 		 466 aa  204  2e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  28.99 
 
 		 448 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  31.46 
 
 		 434 aa  204  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  32.91 
 
 		 429 aa  202  7e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  29.37 
 
 		 469 aa  202  7e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  30.71 
 
 		 441 aa  202  7e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  33.05 
 
 		 430 aa  202  8e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  29.44 
 
 		 465 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  29.61 
 
 		 468 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  28.22 
 
 		 444 aa  197  3e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  31.27 
 
 		 459 aa  197  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.7 
 
 		 461 aa  195  1e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  27.29 
 
 		 462 aa  193  7e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  30.83 
 
 		 486 aa  191  2e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  31.01 
 
 		 449 aa  190  5.999999999999999e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28 
 
 		 479 aa  187  3e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  30.95 
 
 		 433 aa  187  4e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  28.37 
 
 		 446 aa  186  8e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 		 462 aa  186  1.0000000000000001e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 480 aa  183  7e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  29.57 
 
 		 477 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  28.61 
 
 		 470 aa  182  1e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  30.07 
 
 		 445 aa  179  7e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  28.41 
 
 		 475 aa  179  9e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  30.36 
 
 		 471 aa  177  4e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  29.92 
 
 		 471 aa  177  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  27.21 
 
 		 483 aa  176  7e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  28.21 
 
 		 477 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.07 
 
 		 471 aa  173  5e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  27.53 
 
 		 471 aa  169  1e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 		 477 aa  167  4e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  26.01 
 
 		 476 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  28.09 
 
 		 490 aa  166  9e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  26.52 
 
 		 474 aa  161  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.82 
 
 		 478 aa  159  8e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  25.57 
 
 		 473 aa  158  2e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.52 
 
 		 472 aa  157  4e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  24.81 
 
 		 472 aa  154  4e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  27.95 
 
 		 471 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1164  Radical SAM domain protein  28.4 
 
 		 481 aa  150  5e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149983  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  26.45 
 
 		 468 aa  149  8e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  25.96 
 
 		 441 aa  147  5e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.96 
 
 		 441 aa  147  6e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.16 
 
 		 451 aa  146  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3556  Radical SAM domain protein  27.82 
 
 		 450 aa  138  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3555  Radical SAM domain protein  27.7 
 
 		 448 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1163  Radical SAM domain protein  24.8 
 
 		 444 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3535  Radical SAM domain protein  25.4 
 
 		 444 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  26.43 
 
 		 422 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0513  radical SAM domain-containing protein  26.03 
 
 		 445 aa  117  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000241934  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05330  Fe-S oxidoreductase  23.45 
 
 		 495 aa  117  5e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  24.7 
 
 		 509 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 600 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  23.76 
 
 		 484 aa  116  7.999999999999999e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 		 502 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  24.75 
 
 		 490 aa  115  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  28.52 
 
 		 583 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  24.87 
 
 		 532 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1089  radical SAM family Fe-S protein  27.17 
 
 		 591 aa  113  6e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.977516  normal  0.0200721 
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  23.27 
 
 		 503 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  23.44 
 
 		 493 aa  112  1.0000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1895  Radical SAM domain protein  25.21 
 
 		 546 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.556208 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  24.62 
 
 		 498 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  25.6 
 
 		 426 aa  112  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  25.07 
 
 		 520 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  26.92 
 
 		 609 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  29.72 
 
 		 576 aa  111  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  23.79 
 
 		 503 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  25.5 
 
 		 459 aa  110  5e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  29.72 
 
 		 576 aa  110  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  24.88 
 
 		 470 aa  110  8.000000000000001e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.95 
 
 		 612 aa  109  1e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  25.07 
 
 		 500 aa  109  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.17 
 
 		 609 aa  108  2e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  26.09 
 
 		 608 aa  107  3e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1897  Radical SAM domain protein  23.77 
 
 		 542 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250876  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.6 
 
 		 580 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  22.98 
 
 		 547 aa  106  7e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  24.58 
 
 		 533 aa  106  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.54 
 
 		 569 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.18 
 
 		 527 aa  106  8e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>