More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1283 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1283  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 199 aa  408  1e-113  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3835  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 202 aa  195  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3852  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 202 aa  195  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1920  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 202 aa  195  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1250  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 202 aa  195  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1240  TetR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 201 aa  195  4.0000000000000005e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2686  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 202 aa  194  5.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0616794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1926  transcriptional regulator, TetR family  45.55 
 
 		 202 aa  194  1e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.930045  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2878  TetR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 202 aa  191  4e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1325  transcriptional regulator, TetR family  45.88 
 
 		 203 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.161657  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 202 aa  188  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0144  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 202 aa  188  4e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1833  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 202 aa  184  8e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal  0.286062 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1684  transcriptional regulator, TetR family  45.5 
 
 		 202 aa  181  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1059  TetR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 212 aa  171  5.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.659814 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1046  TetR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 201 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1915  transcriptional regulator, TetR family  44.39 
 
 		 200 aa  165  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1307  transcriptional regulator, TetR family  44.56 
 
 		 202 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1022  transcriptional regulator, TetR family  46.56 
 
 		 202 aa  150  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3094  TetR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1674  TetR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 201 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.997457 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3622  TetR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 236 aa  136  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.311842  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1362  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 139 aa  121  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3254  TetR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 199 aa  119  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  27.51 
 
 		 213 aa  97.1  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 200 aa  94.4  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2838  hypothetical protein  34.69 
 
 		 186 aa  94  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209272 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0301  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 199 aa  93.2  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3410  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 196 aa  89.7  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000655293  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 196 aa  87.4  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3302  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 215 aa  87.4  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.696216 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 197 aa  86.7  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0223  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 		 195 aa  85.5  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000853805  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0520  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 197 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.711752  normal  0.521102 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3709  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 205 aa  81.6  0.000000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 200 aa  81.3  0.000000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1045  transcriptional regulator, TetR family  23.53 
 
 		 203 aa  74.7  0.0000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00830488  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0620  nucleoid occlusion protein  25 
 
 		 197 aa  73.6  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000140669 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1903  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000201758  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0951  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 196 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0355  transcriptional regulator, TetR family  25.9 
 
 		 195 aa  70.1  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2178  TetR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 181 aa  66.2  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000638624  hitchhiker  0.00000363527 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00047  nucleoid occlusion protein  27.06 
 
 		 195 aa  66.2  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2593  nucleoid occlusion protein  25.47 
 
 		 210 aa  64.7  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000323733  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2389  nucleoid occlusion protein  26.12 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.102395  normal  0.522775 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3674  nucleoid occlusion protein  24.39 
 
 		 199 aa  63.5  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00408157  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00651  nucleoid occlusion protein  25.47 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001824  transcriptional regulator  24.54 
 
 		 196 aa  62  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000410739  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3494  transcriptional regulator, TetR family  28.05 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1467  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 217 aa  60.1  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4542  transcriptional regulator, TetR family  21.97 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.204937  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0104  transcriptional regulator, TetR family  24.59 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0194  nucleoid occlusion protein  25.16 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000213488  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3502  nucleoid occlusion protein  24.42 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.284468  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0044  nucleoid occlusion protein  25.77 
 
 		 197 aa  58.9  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00442405  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  23.31 
 
 		 243 aa  58.2  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2392  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 198 aa  58.2  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0101662  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  23.31 
 
 		 214 aa  58.2  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  26.24 
 
 		 195 aa  57.8  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1012  hypothetical protein  35.56 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0399  nucleoid occlusion protein  20 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0627309  hitchhiker  0.000000000130483 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0373  nucleoid occlusion protein  20 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0485263  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0374  nucleoid occlusion protein  20 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000212742  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0385  nucleoid occlusion protein  20 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000224895  hitchhiker  0.00861349 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0181  nucleoid occlusion protein  22.56 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1117  nucleoid occlusion protein  21.88 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.862438  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0111  transcriptional regulator, TetR family  25.68 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00780937  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0501  nucleoid occlusion protein  22.03 
 
 		 220 aa  56.2  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.957497  normal  0.22516 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  26.28 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02185  transcriptional regulator  26.09 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.69519  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  23.4 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  31.65 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3773  nucleoid occlusion protein  20 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.461125 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0665  TetR family transcriptional regulator  21.83 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4251  nucleoid occlusion protein  20 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6449  nucleoid occlusion protein  22.49 
 
 		 221 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.695285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  24.22 
 
 		 218 aa  54.7  0.0000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0459  nucleoid occlusion protein  20 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0126678  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3278  TetR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 219 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2985  nucleoid occlusion protein  22.63 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111899  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3007  nucleoid occlusion protein  25.83 
 
 		 221 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.8305 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3600  nucleoid occlusion protein  20 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.741133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0356  nucleoid occlusion protein  20 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3114  nucleoid occlusion protein  27.18 
 
 		 221 aa  53.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1283  TetR family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000248972  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  27.1 
 
 		 211 aa  53.1  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2257  nucleoid occlusion protein  23.75 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.178912  hitchhiker  0.0000216309 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2484  nucleoid occlusion protein  22.62 
 
 		 220 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.11022  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3098  nucleoid occlusion protein  22.62 
 
 		 220 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.170288  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0542  nucleoid occlusion protein  23.31 
 
 		 214 aa  53.5  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2574  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 204 aa  52.4  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  20 
 
 		 201 aa  52.4  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  23.18 
 
 		 197 aa  52.4  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0199  transcriptional regulator, TetR family  30.82 
 
 		 202 aa  52  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.251087  normal  0.943452 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5333  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 216 aa  52.4  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3921  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 201 aa  52  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>