More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1255 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1255  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 242 aa  493  9.999999999999999e-139  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0691404  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1019  XRE family transcriptional regulator  60.58 
 
 		 245 aa  272  4.0000000000000004e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0426259 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0056  hypothetical protein  39.53 
 
 		 168 aa  97.8  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.221897  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  36.42 
 
 		 153 aa  96.7  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1004  hypothetical protein  37.67 
 
 		 168 aa  96.7  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1981  putative prophage repressor  41.73 
 
 		 148 aa  96.7  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1039  hypothetical protein  38.76 
 
 		 168 aa  95.1  9e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0858  putative prophage repressor  41.27 
 
 		 206 aa  90.5  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2006  peptidase S24 and S26 domain protein  37.6 
 
 		 139 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000362452 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2457  peptidase S24/S26 domain-containing protein  37.6 
 
 		 139 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2352  putative prophage repressor  37.6 
 
 		 139 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2341  putative prophage repressor  37.6 
 
 		 139 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0885  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  40.94 
 
 		 243 aa  87.4  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1669  hypothetical protein  38.71 
 
 		 138 aa  86.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1663  hypothetical protein  38.71 
 
 		 138 aa  86.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4562  SOS-response transcriptional repressor, LexA  39.55 
 
 		 227 aa  86.3  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.547089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11470  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.17 
 
 		 207 aa  85.5  7e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.7722e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2081  SOS-response transcriptional repressor, LexA  36.22 
 
 		 132 aa  85.1  9e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0527419 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2558  LexA repressor  40.8 
 
 		 224 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.031889  normal  0.0134465 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01158  DNA polymerase V, subunit D  36.72 
 
 		 139 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000619271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2465  peptidase S24 and S26 domain protein  36.72 
 
 		 139 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1286  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 		 139 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000137402  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01168  hypothetical protein  36.72 
 
 		 139 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000352689  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1670  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 		 139 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267382  normal  0.982493 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1328  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 		 139 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000143224  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1340  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 		 139 aa  84.3  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000577771  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1966  DNA polymerase V subunit UmuD  35.94 
 
 		 139 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000484403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2442  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 		 139 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000116875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2974  SOS mutagenesis protein UmuD  37.59 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.979623  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1208  putative prophage repressor  35.48 
 
 		 145 aa  83.2  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00934288  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1939  LexA repressor  39.22 
 
 		 201 aa  82.8  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269028  normal  0.116637 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2601  LexA repressor  39.67 
 
 		 205 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3116  LexA repressor  40.83 
 
 		 202 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.553087 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2159  DNA polymerase V subunit UmuD  34.38 
 
 		 139 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0649907  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2216  DNA polymerase V subunit UmuD  34.38 
 
 		 139 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.113166  normal  0.676536 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1866  LexA repressor  38.1 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.306175  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2163  DNA polymerase V subunit UmuD  34.38 
 
 		 139 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.21769  normal  0.16696 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1549  LexA repressor  40 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.583013  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2310  LexA repressor  40 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.389414  normal  0.217511 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2792  LexA repressor  47.13 
 
 		 202 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.147289  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2741  LexA repressor  38.84 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1739  LexA repressor  36.6 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2994  LexA repressor  40 
 
 		 224 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.487407  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1787  LexA repressor  38.64 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.916871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1054  SOS-response transcriptional repressor, LexA  35.93 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.675228 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1364  LexA repressor  33.59 
 
 		 203 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000105475  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2084  SOS-response transcriptional repressor, LexA  45.52 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0507519 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2520  LexA repressor  46.59 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0774546  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3152  LexA repressor  38.76 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1177  LexA repressor  33.59 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000269483  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1475  LexA repressor  48.28 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.457406 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1549  SOS mutagenesis protein UmuD  33.14 
 
 		 186 aa  79  0.00000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.093809 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  36.43 
 
 		 819 aa  78.6  0.00000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3076  SOS mutagenesis protein UmuD  36.29 
 
 		 139 aa  78.6  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3746  putative prophage repressor  25.85 
 
 		 216 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3565  LexA repressor  37.6 
 
 		 224 aa  78.2  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000173958  hitchhiker  0.00714221 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1566  transcriptional repressor, LexA family  39.55 
 
 		 252 aa  77.4  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000959525 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2213  DNA polymerase V subunit UmuD  34.35 
 
 		 139 aa  77.8  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0542538 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1750  umuD protein  36.97 
 
 		 164 aa  77.8  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1201  SOS-response transcriptional repressors (RecA-mediated autopeptidase)-like  36.13 
 
 		 212 aa  77.4  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00150  LexA repressor  47.13 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4912  LexA repressor  38.4 
 
 		 224 aa  77.8  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199048  normal  0.440295 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0927  SOS-response transcriptional repressor, LexA  38.21 
 
 		 206 aa  77.4  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2543  LexA family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0539699  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27590  SOS-response transcriptional repressor, LexA  40.44 
 
 		 235 aa  77.8  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0773  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.09 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000913387  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3718  LexA repressor  34.96 
 
 		 199 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.875348  normal  0.435562 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1907  putative prophage repressor  33.33 
 
 		 144 aa  77  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2425  LexA repressor  40.83 
 
 		 205 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1434  SOS-response transcriptional repressor, LexA  39.37 
 
 		 235 aa  77  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.298134  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0704  putative prophage repressor  34.45 
 
 		 163 aa  76.6  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0001  protein SamA  33.86 
 
 		 141 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02088  LexA repressor  36.84 
 
 		 201 aa  76.6  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2636  LexA repressor  33.79 
 
 		 227 aa  76.3  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.270851  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1814  SOS-response transcriptional repressor, LexA  37.68 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.105168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1832  transcriptional repressor, LexA family  39.57 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994173 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0899  Peptidase S24, S26A and S26B, conserved region  34.4 
 
 		 148 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1479  LexA repressor  34.97 
 
 		 275 aa  75.5  0.0000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0381882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1967  putative prophage repressor  30.6 
 
 		 149 aa  75.5  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.44891  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2105  SOS mutagenesis protein UmuD  35.43 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.499933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3902  transcriptional repressor, LexA family  38.4 
 
 		 263 aa  75.1  0.0000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3770  LexA repressor  38.89 
 
 		 202 aa  74.3  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.638288  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4460  LexA repressor  38.89 
 
 		 202 aa  74.7  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2883  LexA repressor  39.37 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1932  LexA repressor  36.31 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.424325  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0863  SOS mutagenesis protein UmuD  33.58 
 
 		 138 aa  74.7  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0265877  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2954  LexA repressor  37.21 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.832817 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0518  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.1 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1300  LexA repressor  38.89 
 
 		 202 aa  74.3  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3860  LexA repressor  38.89 
 
 		 202 aa  74.3  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.528638  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4283  LexA repressor  38.1 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4596  LexA repressor  38.1 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12734  LexA repressor  38.14 
 
 		 217 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3283  LexA repressor  38.52 
 
 		 202 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09241  putative SOS mutagenesis protein UmuD  33.86 
 
 		 138 aa  73.6  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4505  LexA repressor  38.1 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4554  LexA repressor  38.1 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1918  LexA repressor  37.98 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.726734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4494  LexA repressor  38.1 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2214  LexA repressor  38.98 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132228  normal  0.149598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>