More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1134 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 389 aa  810    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  72.53 
 
 		 382 aa  566  1e-160  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  60.64 
 
 		 385 aa  460  9.999999999999999e-129  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  36 
 
 		 384 aa  236  5.0000000000000005e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  34.72 
 
 		 401 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  33.88 
 
 		 384 aa  160  4e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  33.43 
 
 		 383 aa  150  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  29.13 
 
 		 378 aa  146  5e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  28.65 
 
 		 403 aa  140  4.999999999999999e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  33.84 
 
 		 387 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  31.36 
 
 		 374 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  33.87 
 
 		 379 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  30 
 
 		 384 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  27.61 
 
 		 370 aa  127  4.0000000000000003e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  30.12 
 
 		 375 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  30.14 
 
 		 368 aa  126  5e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  29.91 
 
 		 384 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  27.98 
 
 		 398 aa  121  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  28.42 
 
 		 376 aa  120  3.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  28.94 
 
 		 418 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  31.15 
 
 		 413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  26.5 
 
 		 425 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  27.16 
 
 		 398 aa  110  5e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  29.09 
 
 		 368 aa  107  3e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1199  geranylgeranyl reductase  30.54 
 
 		 423 aa  107  4e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  27.38 
 
 		 362 aa  106  7e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  29.27 
 
 		 434 aa  105  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0630  geranylgeranyl reductase  30.14 
 
 		 373 aa  104  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  29.71 
 
 		 431 aa  105  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1604  geranylgeranyl reductase  30.07 
 
 		 391 aa  104  3e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  31.53 
 
 		 362 aa  103  6e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  26.76 
 
 		 390 aa  102  9e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  28.66 
 
 		 423 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  27.79 
 
 		 408 aa  102  1e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  27.79 
 
 		 434 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  28.21 
 
 		 424 aa  101  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  27.27 
 
 		 390 aa  101  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  28.77 
 
 		 419 aa  99.8  7e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  27.84 
 
 		 445 aa  99.8  7e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  27.67 
 
 		 391 aa  98.6  1e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  29.86 
 
 		 382 aa  98.6  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  28.61 
 
 		 411 aa  99.4  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  31.74 
 
 		 367 aa  98.6  2e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  27.61 
 
 		 390 aa  98.6  2e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  24.69 
 
 		 426 aa  98.6  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  30.47 
 
 		 376 aa  97.4  4e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  25.26 
 
 		 376 aa  97.1  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  31.13 
 
 		 394 aa  95.9  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  31.13 
 
 		 394 aa  95.9  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  29.15 
 
 		 406 aa  95.9  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  27.04 
 
 		 376 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  29.62 
 
 		 435 aa  95.5  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  30.16 
 
 		 430 aa  94.7  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  27.32 
 
 		 390 aa  95.1  2e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0064  geranylgeranyl reductase  29.53 
 
 		 373 aa  94.7  2e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.535363  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  29.56 
 
 		 407 aa  94.7  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  27.74 
 
 		 393 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  28.66 
 
 		 400 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  28.66 
 
 		 406 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  30.23 
 
 		 400 aa  93.2  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  26.89 
 
 		 423 aa  92.4  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  27.22 
 
 		 423 aa  92.4  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  28.06 
 
 		 418 aa  92.8  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  27.14 
 
 		 457 aa  91.7  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  28.35 
 
 		 406 aa  92  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  26.86 
 
 		 393 aa  92  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1852  NAD binding site  23.08 
 
 		 376 aa  91.3  3e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  28.61 
 
 		 379 aa  90.9  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  27.16 
 
 		 379 aa  91.3  3e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  31.43 
 
 		 394 aa  91.3  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  27.69 
 
 		 443 aa  90.9  4e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  28.27 
 
 		 406 aa  90.9  4e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  26.82 
 
 		 440 aa  90.5  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2299  geranylgeranyl reductase  26.83 
 
 		 374 aa  90.5  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.650791  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  27.34 
 
 		 430 aa  90.1  5e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1739  geranylgeranyl reductase  29.37 
 
 		 358 aa  89.4  1e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.539865  normal  0.0147858 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0162  geranylgeranyl reductase  29.81 
 
 		 392 aa  88.6  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.555099  normal  0.0738774 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05771  NAD binding site  22.7 
 
 		 376 aa  88.2  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.161819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1240  geranylgeranyl reductase  27.95 
 
 		 455 aa  88.6  2e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.525757 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  28.22 
 
 		 449 aa  87.8  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  26.18 
 
 		 425 aa  87.8  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08221  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  27.57 
 
 		 446 aa  87.4  4e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  28.44 
 
 		 380 aa  87.4  4e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  32.52 
 
 		 341 aa  87.4  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  28.83 
 
 		 380 aa  87  5e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  28.26 
 
 		 387 aa  86.7  6e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0173  geranylgeranyl reductase  26.49 
 
 		 405 aa  86.7  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000608264  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0178  geranylgeranyl reductase  26.49 
 
 		 405 aa  86.3  8e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05841  NAD binding site  25.13 
 
 		 377 aa  86.3  8e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.188024  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  26.46 
 
 		 420 aa  86.3  8e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  27.49 
 
 		 457 aa  86.3  9e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  28.72 
 
 		 429 aa  85.5  0.000000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  27.51 
 
 		 446 aa  85.9  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1239  geranylgeranyl reductase  26.53 
 
 		 452 aa  85.9  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.214331  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0768  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  28.11 
 
 		 446 aa  85.9  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  27.27 
 
 		 406 aa  85.5  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  28.74 
 
 		 380 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  25.45 
 
 		 396 aa  84.7  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  24.93 
 
 		 431 aa  85.1  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05461  NAD binding site  25.66 
 
 		 377 aa  84.7  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>