More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1064 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007512  Plut_1142  TonB-dependent receptor-related protein  51.96 
 
 
650 aa  669  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.22175  normal  0.0805488 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1115  TonB-dependent receptor  60.63 
 
 
649 aa  813  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.95294  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1014  TonB-dependent receptor-related protein  52.86 
 
 
647 aa  686  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1519  TonB-dependent receptor  52.82 
 
 
657 aa  660  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.148558  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1262  TonB-dependent receptor  56.65 
 
 
651 aa  750  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.612585  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1064  TonB-dependent receptor  100 
 
 
661 aa  1352  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00188221  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  35.4 
 
 
679 aa  337  4e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1231  TonB-dependent receptor  34.11 
 
 
678 aa  298  3e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2744  TonB-dependent receptor  34.08 
 
 
701 aa  285  2e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5752  TonB-dependent receptor  30.44 
 
 
746 aa  206  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0523831  hitchhiker  2.76247e-11 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0028  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 
641 aa  191  4e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  26.63 
 
 
861 aa  169  1e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1023  TonB-dependent receptor plug  27.26 
 
 
769 aa  167  6e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.302797  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1321  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 
724 aa  167  7e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5364  TonB-dependent receptor plug  27.65 
 
 
729 aa  162  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  27.36 
 
 
639 aa  137  5e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 
634 aa  136  2e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  26.15 
 
 
634 aa  131  5e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  2.11979e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.72 
 
 
630 aa  123  1e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  9.43492e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.72 
 
 
630 aa  123  1e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.93825e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 
614 aa  117  7e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.71 
 
 
615 aa  115  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  25.5 
 
 
659 aa  114  6e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 
627 aa  111  5e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3097  TonB-dependent receptor, plug  24.51 
 
 
671 aa  109  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.37 
 
 
614 aa  108  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 
698 aa  108  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  23.92 
 
 
635 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  24.96 
 
 
653 aa  107  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.25 
 
 
614 aa  107  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.11 
 
 
614 aa  107  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  1.09547e-05 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.25 
 
 
614 aa  107  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  23.77 
 
 
614 aa  107  9e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.77 
 
 
614 aa  107  9e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.25 
 
 
614 aa  107  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  2.67555e-08 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.77 
 
 
614 aa  106  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.01627e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 
618 aa  105  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 
624 aa  105  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.25 
 
 
614 aa  105  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  8.24718e-11 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 
698 aa  105  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.91 
 
 
614 aa  105  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.34 
 
 
614 aa  104  7e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  25.3 
 
 
695 aa  103  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 
619 aa  103  9e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 
638 aa  103  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  25.38 
 
 
623 aa  102  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 
624 aa  102  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 
637 aa  102  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  24.96 
 
 
692 aa  100  6e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1301  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 
634 aa  100  6e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  24.89 
 
 
690 aa  100  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2666  putative outer membrane receptor  25.59 
 
 
665 aa  99.8  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1206  putative TonB-dependent receptor  22.99 
 
 
688 aa  99.4  2e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 
665 aa  99.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1541  putative outer membrane receptor  25.59 
 
 
665 aa  99.8  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2748  putative outer membrane receptor  25.59 
 
 
665 aa  99.8  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 
629 aa  98.2  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  24.43 
 
 
615 aa  98.6  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 
642 aa  97.8  6e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 
635 aa  97.8  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.29 
 
 
615 aa  96.3  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.94494e-05  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  23.56 
 
 
617 aa  94.7  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 
709 aa  94.4  6e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0448  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  32 
 
 
271 aa  94  9e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0483  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  32 
 
 
271 aa  94  9e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00522803  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1001  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 
628 aa  92.8  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.11298  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  24.25 
 
 
611 aa  92.8  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  23.74 
 
 
675 aa  92.8  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.38 
 
 
1023 aa  92.4  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  22.57 
 
 
648 aa  92.8  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  24.1 
 
 
622 aa  92.4  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 
613 aa  92.4  3e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  24.07 
 
 
618 aa  92  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  23.52 
 
 
653 aa  91.3  5e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  25.82 
 
 
628 aa  91.3  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 
628 aa  90.9  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  3.31916e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  24.11 
 
 
685 aa  90.9  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  23.6 
 
 
626 aa  90.9  7e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  24.11 
 
 
685 aa  90.9  7e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  24.11 
 
 
685 aa  90.9  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 
665 aa  90.5  8e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  8.85863e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7219  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 
698 aa  90.5  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 
634 aa  90.1  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  24.11 
 
 
685 aa  89  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3338  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.83 
 
 
696 aa  89.4  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.19833e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2970  TonB-dependent receptor protein  25.23 
 
 
651 aa  89.4  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.140883  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3502  putative outer membrane cobalamin receptor, TonB dependent  24.46 
 
 
623 aa  88.6  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.86203  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  24.03 
 
 
685 aa  89  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 
627 aa  88.6  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  23.55 
 
 
680 aa  88.2  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 
617 aa  87.8  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  31.37 
 
 
646 aa  87.4  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.08252e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  23.94 
 
 
616 aa  87.4  7e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  23.96 
 
 
685 aa  87.4  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  23.96 
 
 
821 aa  87.4  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2686  TonB-dependent receptor plug  22.26 
 
 
650 aa  87.4  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.262602  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  25 
 
 
656 aa  87.4  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0385  TonB-dependent receptor, plug  22.64 
 
 
713 aa  87  9e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  22.7 
 
 
656 aa  87  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  25.74 
 
 
616 aa  86.7  1e-15  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>