More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0406 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_04124  valyl-tRNA synthetase  38.88 
 
 
951 aa  679    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3739  valyl-tRNA synthetase  38.78 
 
 
951 aa  677    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0430  valyl-tRNA synthetase  42.65 
 
 
880 aa  695    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.029099  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2045  valyl-tRNA synthetase  45.46 
 
 
887 aa  744    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0977  valyl-tRNA synthetase  40.15 
 
 
948 aa  676    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1132  valyl-tRNA synthetase  44.61 
 
 
876 aa  773    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.860788 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1364  valyl-tRNA synthetase  42.44 
 
 
909 aa  739    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1228  valyl-tRNA synthetase  42.57 
 
 
876 aa  723    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0887446  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2097  valyl-tRNA synthetase  42.14 
 
 
921 aa  709    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.694852  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2236  valyl-tRNA synthetase  39.57 
 
 
968 aa  674    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4549  valyl-tRNA synthetase  44.43 
 
 
881 aa  752    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0738  valyl-tRNA synthetase  39.88 
 
 
973 aa  694    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0866  valyl-tRNA synthetase  38.23 
 
 
870 aa  649    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0445  valyl-tRNA synthetase  42.41 
 
 
883 aa  688    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.262089  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0948  valyl-tRNA synthetase  41.67 
 
 
910 aa  661    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3424  valyl-tRNA synthetase  39 
 
 
958 aa  676    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1268  valyl-tRNA synthetase  40.08 
 
 
948 aa  670    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4355  valyl-tRNA synthetase  44.43 
 
 
881 aa  750    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4191  valyl-tRNA synthetase  44.54 
 
 
881 aa  751    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4202  valyl-tRNA synthetase  44.43 
 
 
881 aa  753    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0927  valyl-tRNA synthetase  40.23 
 
 
955 aa  682    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0785  valyl-tRNA synthetase  41.73 
 
 
921 aa  722    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0756  valyl-tRNA synthetase  41.73 
 
 
921 aa  722    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1086  valyl-tRNA synthetase  40.1 
 
 
948 aa  670    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1850  valyl-tRNA synthetase  39.51 
 
 
984 aa  687    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546477  normal  0.957317 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3085  valyl-tRNA synthetase  40.06 
 
 
943 aa  691    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.405108 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1281  valyl-tRNA synthetase  42.11 
 
 
933 aa  707    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.202707  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0863  valyl-tRNA synthetase  39.33 
 
 
955 aa  656    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0577  valyl-tRNA synthetase  42.21 
 
 
912 aa  711    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.113426  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1436  valyl-tRNA synthetase  40.4 
 
 
952 aa  672    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.571959  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2982  valyl-tRNA synthetase  42.86 
 
 
1002 aa  694    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1846  valyl-tRNA synthetase  40.23 
 
 
955 aa  681    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344373  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1091  valyl-tRNA synthetase  41.56 
 
 
929 aa  723    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0986  valyl-tRNA synthetase  39.83 
 
 
948 aa  672    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2315  valyl-tRNA synthetase  44.86 
 
 
885 aa  763    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169749  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4585  valyl-tRNA synthetase  39.79 
 
 
955 aa  689    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.826772 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0386  valyl-tRNA synthetase  77.13 
 
 
901 aa  1452    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.673451 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2213  valyl-tRNA synthetase  42.32 
 
 
925 aa  701    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.198562  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0388  valyl-tRNA synthetase  70.87 
 
 
902 aa  1373    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.427268  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2558  valyl-tRNA synthetase  41.79 
 
 
914 aa  702    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0956  valyl-tRNA synthetase  46.7 
 
 
887 aa  770    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2839  valyl-tRNA synthetase  45.22 
 
 
883 aa  770    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1503  valyl-tRNA synthetase  40.28 
 
 
924 aa  715    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000330515  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4690  valyl-tRNA synthetase  44.43 
 
 
881 aa  750    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1775  valyl-tRNA synthetase  38.59 
 
 
918 aa  691    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.651419  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0587  valyl-tRNA synthetase  42.9 
 
 
909 aa  741    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0235992  normal  0.435222 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0742  valyl-tRNA synthetase  41.37 
 
 
926 aa  711    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.279651  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1796  valyl-tRNA synthetase  44.25 
 
 
879 aa  760    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0532  valyl-tRNA synthetase  46.29 
 
 
880 aa  782    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000120164  normal  0.643444 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2633  valyl-tRNA synthetase  39.92 
 
 
955 aa  679    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2390  valyl-tRNA synthetase  44.96 
 
 
1052 aa  721    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.122959  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2892  valyl-tRNA synthetase  41.68 
 
 
972 aa  681    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2376  valyl-tRNA synthetase  39.22 
 
 
990 aa  677    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.171381  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1369  valyl-tRNA synthetase  41.87 
 
 
922 aa  706    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2570  valyl-tRNA synthetase  41.28 
 
 
952 aa  685    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.252314  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0091  valyl-tRNA synthetase  42.5 
 
 
943 aa  724    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3721  valyl-tRNA synthetase  39.83 
 
 
973 aa  686    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0971795  normal  0.563267 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1335  valyl-tRNA synthetase  39.59 
 
 
959 aa  688    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.754534  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2867  valyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 
968 aa  679    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2579  valyl-tRNA synthetase  41.74 
 
 
968 aa  677    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0215604 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2922  valyl-tRNA synthetase  38.95 
 
 
947 aa  660    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.611801  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1828  valyl-tRNA synthetase  39.61 
 
 
954 aa  667    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.242328  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2138  valyl-tRNA synthetase  39.28 
 
 
984 aa  670    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.571055  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2630  valyl-tRNA synthetase  39.11 
 
 
955 aa  664    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00324916  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0285  valyl-tRNA synthetase  38.18 
 
 
957 aa  664    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.147472  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0132  valyl-tRNA synthetase  41.04 
 
 
929 aa  677    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0431753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0959  valyl-tRNA synthetase  40 
 
 
955 aa  680    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3564  valyl-tRNA synthetase  41.22 
 
 
921 aa  716    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1571  valyl-tRNA synthetase  42.14 
 
 
926 aa  702    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2435  valyl-tRNA synthetase  41.89 
 
 
880 aa  737    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2175  valyl-tRNA synthetase  43.35 
 
 
880 aa  739    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1886  valyl-tRNA synthetase  43.35 
 
 
880 aa  736    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1259  valyl-tRNA synthetase  40.38 
 
 
948 aa  697    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3441  valyl-tRNA synthetase  41.55 
 
 
911 aa  714    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1130  valyl-tRNA synthetase  38.86 
 
 
958 aa  678    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00231601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1201  valyl-tRNA synthetase  38.96 
 
 
958 aa  681    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.418789  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0555  valyl-tRNA synthetase  42.3 
 
 
917 aa  726    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00036551 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0916  valyl-tRNA synthetase  40.06 
 
 
968 aa  682    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.276486  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1649  valyl-tRNA synthetase  43.46 
 
 
883 aa  723    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1928  valyl-tRNA synthetase  41.46 
 
 
893 aa  695    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1321  valyl-tRNA synthetase  39.9 
 
 
955 aa  679    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14440  valyl-tRNA synthetase  40.17 
 
 
950 aa  684    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2479  valyl-tRNA synthetase  43.16 
 
 
880 aa  675    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.225877  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1392  valyl-tRNA synthetase  42.09 
 
 
902 aa  707    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0390871  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1219  valyl-tRNA synthetase  44.33 
 
 
879 aa  724    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0322  valyl-tRNA synthetase  41.75 
 
 
894 aa  686    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0513  valyl-tRNA synthetase  43.21 
 
 
883 aa  684    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1441  valyl-tRNA synthetase  40 
 
 
955 aa  680    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.215769  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0192  valyl-tRNA synthetase  44.24 
 
 
892 aa  757    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.209132  normal  0.584595 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1474  valyl-tRNA synthetase  42.77 
 
 
929 aa  726    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0304029  normal  0.195737 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1131  valyl-tRNA synthetase  38.86 
 
 
958 aa  678    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00349082  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0741  valyl-tRNA synthetase  42.1 
 
 
888 aa  660    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0469934  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0966  valyl-tRNA synthetase  38.55 
 
 
873 aa  654    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1580  valyl-tRNA synthetase  44.87 
 
 
886 aa  783    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2029  valyl-tRNA synthetase  79.18 
 
 
904 aa  1527    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0790  valyl-tRNA synthetase  39.86 
 
 
953 aa  681    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0393  valyl-tRNA synthetase  39.59 
 
 
952 aa  672    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0959  valyl-tRNA synthetase  39.44 
 
 
950 aa  669    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2238  valyl-tRNA synthetase  44.48 
 
 
884 aa  746    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.180056  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1992  valyl-tRNA synthetase  40.17 
 
 
963 aa  671    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0019094 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>