More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0303 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0303  riboflavin biosynthesis protein RibF  100 
 
 
321 aa  655  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  7.35935e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0372  riboflavin kinase / FMN adenylyltransferase  61.06 
 
 
321 aa  385  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  2.76676e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1776  riboflavin kinase / FAD synthetase  62.3 
 
 
320 aa  367  1e-100  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.143306  normal  0.170251 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0370  riboflavin biosynthesis protein RibF  55.8 
 
 
321 aa  358  9e-98  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.125476  normal  0.302876 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1459  riboflavin kinase / FAD synthetase  54.21 
 
 
320 aa  334  1e-90  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  6.64763e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0405  riboflavin biosynthesis protein RibF  51.41 
 
 
321 aa  324  1e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0771375  normal  0.422542 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1312  riboflavin biosynthesis protein RibF  44.67 
 
 
312 aa  246  5e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.152669  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04030  Riboflavin kinase / FAD synthetase  42.07 
 
 
307 aa  243  3e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.533639  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1247  riboflavin biosynthesis protein RibF  41.58 
 
 
308 aa  233  3e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.856402  normal  0.320696 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0947  bifunctional protein: riboflavin kinase; FAD synthetase  40.62 
 
 
309 aa  231  9e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6523  riboflavin biosynthesis protein RibF  40.89 
 
 
311 aa  231  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.782335  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1375  riboflavin biosynthesis protein RibF  39.93 
 
 
308 aa  228  9e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0799  riboflavin biosynthesis protein RibF  37.92 
 
 
310 aa  228  9e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3549  riboflavin biosynthesis protein RibF  38.89 
 
 
311 aa  224  2e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0790  riboflavin biosynthesis protein RibF  39.13 
 
 
309 aa  222  5e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.604563 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2451  riboflavin biosynthesis protein RibF  40.47 
 
 
313 aa  215  7e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1762  riboflavin biosynthesis protein RibF  40.77 
 
 
314 aa  212  8e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2972  riboflavin biosynthesis protein RibF  40.77 
 
 
314 aa  211  1e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2118  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  37.72 
 
 
352 aa  211  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1654  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.74 
 
 
309 aa  210  2e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1054  riboflavin kinase / FMN adenylyltransferase  40.91 
 
 
320 aa  211  2e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  1.97835e-07  hitchhiker  1.24783e-05 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1936  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.74 
 
 
309 aa  210  3e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1127  riboflavin biosynthesis protein RibF  38.98 
 
 
311 aa  209  6e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.823338  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3756  riboflavin biosynthesis protein RibF  38.83 
 
 
310 aa  207  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  1.59125e-05 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0424  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  41.03 
 
 
330 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3505  riboflavin kinase / FMN adenylyltransferase  41.46 
 
 
314 aa  207  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4028  riboflavin biosynthesis protein RibF  39.14 
 
 
338 aa  206  4e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1098  riboflavin biosynthesis protein RibF  38.95 
 
 
311 aa  206  6e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0105422  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_002950  PG0957  riboflavin biosynthesis protein RibF  37.54 
 
 
323 aa  205  8e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0600204 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2770  riboflavin biosynthesis protein RibF  36.57 
 
 
317 aa  203  3e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0492  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.97 
 
 
315 aa  202  5e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.196365 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1464  riboflavin biosynthesis protein RibF  41.28 
 
 
325 aa  202  5e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0329552 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2384  riboflavin biosynthesis protein RibF  38.93 
 
 
311 aa  202  5e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0200  riboflavin biosynthesis protein RibF  39.93 
 
 
313 aa  201  1e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1053  riboflavin biosynthesis protein RibF  37.89 
 
 
311 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0005449  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1155  riboflavin biosynthesis protein RibF  37.89 
 
 
311 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00349764  normal  0.220193 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0180  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  40.34 
 
 
329 aa  200  3e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.01321  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1082  riboflavin biosynthesis protein RibF  37.54 
 
 
311 aa  199  6e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.134006  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1120  riboflavin biosynthesis protein RibF  37.89 
 
 
311 aa  198  1e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.101857  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0201  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  40 
 
 
315 aa  198  1e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3236  riboflavin biosynthesis protein RibF  37.89 
 
 
311 aa  198  1e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.440094  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3533  riboflavin biosynthesis protein RibF  38.25 
 
 
311 aa  198  1e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1058  riboflavin biosynthesis protein RibF  37.54 
 
 
311 aa  197  1e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0194718  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0923  riboflavin biosynthesis protein RibF  37.19 
 
 
311 aa  197  2e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0290766  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3137  riboflavin kinase / FMN adenylyltransferase  37.89 
 
 
311 aa  197  2e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00248689  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2958  riboflavin kinase / FMN adenylyltransferase  37.89 
 
 
311 aa  197  2e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.29832e-06  normal  0.359945 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3040  FMN adenylyltransferase / riboflavin kinase  37.54 
 
 
311 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00882094  normal  0.506862 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1290  riboflavin biosynthesis protein RibF  37.5 
 
 
311 aa  196  4e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  8.0021e-06  normal  0.371484 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2724  riboflavin biosynthesis protein RibF  38.46 
 
 
311 aa  196  5e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.03356e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1487  riboflavin biosynthesis protein RibF  37.68 
 
 
322 aa  195  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.038683  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4052  riboflavin biosynthesis protein RibF  40.27 
 
 
313 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.949701  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3030  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  40.34 
 
 
329 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1193  riboflavin biosynthesis protein RibF  36.49 
 
 
311 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  2.37633e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2891  riboflavin biosynthesis protein RibF  37.54 
 
 
311 aa  193  3e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.831946  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1055  riboflavin biosynthesis protein RibF  33.97 
 
 
305 aa  193  4e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  4.43008e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2567  riboflavin kinase / FMN adenylyltransferase  39.26 
 
 
325 aa  192  5e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2486  riboflavin biosynthesis protein RibF  41.81 
 
 
314 aa  192  5e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1327  riboflavin biosynthesis protein RibF  39.67 
 
 
326 aa  192  6e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.586967  normal  0.980544 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1856  FMN adenylyltransferase / riboflavin kinase  37.76 
 
 
309 aa  192  8e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1739  riboflavin biosynthesis protein RibF  36.21 
 
 
316 aa  191  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.614187  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2252  riboflavin biosynthesis protein RibF  36.91 
 
 
309 aa  191  1e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0853928  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3630  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.54 
 
 
313 aa  190  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000550981  normal  0.819569 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03031  riboflavin biosynthesis protein RibF  36.99 
 
 
289 aa  191  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0128028  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00028  hypothetical protein  38.54 
 
 
313 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  9.26876e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1782  riboflavin biosynthesis protein RibF  38.26 
 
 
312 aa  191  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0330041  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00029  putative regulator  38.54 
 
 
313 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.73781e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4040  riboflavin biosynthesis protein RibF  36.75 
 
 
322 aa  190  3e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.192366 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4560  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.28 
 
 
316 aa  190  3e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.270493  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2209  riboflavin kinase / FMN adenylyltransferase  37.24 
 
 
306 aa  190  3e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0579  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  35.53 
 
 
310 aa  189  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0112657  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0930  riboflavin biosynthesis protein RibF  41.4 
 
 
308 aa  189  5e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0321744  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0023  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.54 
 
 
313 aa  189  5e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.38833e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1953  riboflavin biosynthesis protein RibF  36.81 
 
 
311 aa  189  6e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.134641  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3182  riboflavin biosynthesis protein RibF  36.54 
 
 
312 aa  189  6e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.260327  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3260  riboflavin biosynthesis protein RibF  34.12 
 
 
356 aa  189  6e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3179  riboflavin biosynthesis protein RibF  37.37 
 
 
308 aa  189  7e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.422669  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0025  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.54 
 
 
313 aa  189  7e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.98514e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0027  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.54 
 
 
313 aa  189  7e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  8.78578e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3574  riboflavin biosynthesis protein RibF  38.54 
 
 
313 aa  189  7e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  7.15482e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0029  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.54 
 
 
313 aa  189  7e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.42889e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0027  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.54 
 
 
313 aa  189  7e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  2.89378e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0904  riboflavin biosynthesis protein RibF  36.71 
 
 
319 aa  189  8e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0613  riboflavin biosynthesis protein RibF  36.91 
 
 
319 aa  188  8e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.386069  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0049  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.33 
 
 
312 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00011174  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0050  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.33 
 
 
312 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  2.36777e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0049  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.33 
 
 
312 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00919729  hitchhiker  0.00659533 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1213  riboflavin biosynthesis protein RibF  36.61 
 
 
529 aa  187  1e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0049  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.33 
 
 
312 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00051335  normal  0.187063 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4186  riboflavin biosynthesis protein RibF  36.42 
 
 
322 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0602  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  37.93 
 
 
316 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0643  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  37.93 
 
 
322 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.149232 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2599  riboflavin biosynthesis protein RibF  38.6 
 
 
323 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0641  riboflavin biosynthesis protein RibF  38.75 
 
 
312 aa  187  3e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.946938  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0473  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.19 
 
 
327 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.184681  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0048  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.33 
 
 
312 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000491761  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004420  riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  36.64 
 
 
294 aa  186  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0885612  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2051  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  36.54 
 
 
328 aa  186  4e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4863  riboflavin biosynthesis protein RibF  35.76 
 
 
322 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.22731  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0648  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  37.24 
 
 
322 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0693294 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0213  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  38.01 
 
 
322 aa  185  8e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.27135e-10  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>