More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0149 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0149  30S ribosomal protein S18  100 
 
 
87 aa  180  6e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  9.4282e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2510  30S ribosomal protein S18  93.1 
 
 
87 aa  167  6e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  1.55943e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0116  30S ribosomal protein S18  90.8 
 
 
90 aa  165  2e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0109  30S ribosomal protein S18  89.13 
 
 
92 aa  163  8e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  1.99865e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0164  30S ribosomal protein S18  85.06 
 
 
87 aa  157  4e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  1.80753e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0160  30S ribosomal protein S18  94.81 
 
 
78 aa  153  7e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  3.43097e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0096  30S ribosomal protein S18  91.25 
 
 
92 aa  152  2e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.225091  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0046  30S ribosomal protein S18  50.82 
 
 
80 aa  73.2  1e-12  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0415  30S ribosomal protein S18  49.18 
 
 
80 aa  71.6  3e-12  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  6.75119e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0426  30S ribosomal protein S18  49.18 
 
 
80 aa  71.6  3e-12  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  5.28471e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2501  30S ribosomal protein S18  45.16 
 
 
81 aa  69.3  1e-11  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.171733  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3544  30S ribosomal protein S18  52.46 
 
 
78 aa  69.7  1e-11  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3415  30S ribosomal protein S18  50 
 
 
78 aa  70.1  1e-11  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000533335  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1712  30S ribosomal protein S18  43.55 
 
 
79 aa  68.9  2e-11  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  2.56542e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0601  ribosomal protein S18  51.61 
 
 
65 aa  69.3  2e-11  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0009  30S ribosomal protein S18  45.16 
 
 
78 aa  69.3  2e-11  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  1.83869e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1726  30S ribosomal protein S18  43.55 
 
 
79 aa  68.6  3e-11  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.146764  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0009  ribosomal protein S18  46.77 
 
 
77 aa  68.6  3e-11  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  6.9363e-08  hitchhiker  1.01757e-10 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1687  30S ribosomal protein S18  56.6 
 
 
71 aa  67.8  5e-11  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1968  30S ribosomal protein S18  41.94 
 
 
94 aa  67.8  5e-11  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.906239  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0902  30S ribosomal protein S18  57.41 
 
 
71 aa  67.8  5e-11  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.568033 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1669  30S ribosomal protein S18  56.6 
 
 
71 aa  67.8  5e-11  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0596  30S ribosomal protein S18  54.39 
 
 
90 aa  66.6  1e-10  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0740  ribosomal protein S18  50 
 
 
87 aa  66.6  1e-10  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0452122  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0012  30S ribosomal protein S18  48.28 
 
 
106 aa  66.6  1e-10  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0166504  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1511  30S ribosomal protein S18  54.72 
 
 
95 aa  66.2  1e-10  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10131  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 
73 aa  65.9  2e-10  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.249582  hitchhiker  0.00103726 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4012  30S ribosomal protein S18  46.38 
 
 
77 aa  65.5  2e-10  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.211645  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0560  30S ribosomal protein S18  43.75 
 
 
76 aa  65.5  2e-10  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.152801  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2136  ribosomal protein S18  51.92 
 
 
76 aa  65.5  2e-10  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  1.46821e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0340  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 
73 aa  65.9  2e-10  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.042391  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5336  30S ribosomal protein S18  46.38 
 
 
77 aa  65.1  3e-10  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.78788e-06  hitchhiker  1.90479e-07 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5721  30S ribosomal protein S18  46.38 
 
 
77 aa  65.1  3e-10  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  5.87708e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3481  30S ribosomal protein S18  41.25 
 
 
98 aa  65.1  3e-10  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.26859  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5325  30S ribosomal protein S18  46.38 
 
 
77 aa  65.1  3e-10  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0312656  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5265  30S ribosomal protein S18  46.38 
 
 
77 aa  65.1  3e-10  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0224612  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5599  30S ribosomal protein S18  46.38 
 
 
77 aa  65.1  3e-10  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00341857  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2379  ribosomal protein S18  43.42 
 
 
112 aa  65.1  3e-10  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.50898e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5660  30S ribosomal protein S18  46.38 
 
 
77 aa  65.1  3e-10  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  2.548e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5623  30S ribosomal protein S18  46.38 
 
 
77 aa  65.1  3e-10  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00085236  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5153  30S ribosomal protein S18  46.38 
 
 
77 aa  65.1  3e-10  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.35632e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5582  30S ribosomal protein S18  46.38 
 
 
77 aa  65.1  3e-10  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.46232e-17 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5169  30S ribosomal protein S18  46.38 
 
 
77 aa  65.1  3e-10  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00278275  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3362  ribosomal protein S18  54.9 
 
 
81 aa  64.7  4e-10  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3729  30S ribosomal protein S18  53.7 
 
 
72 aa  64.7  4e-10  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0659728 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1361  ribosomal protein S18  43.48 
 
 
84 aa  64.3  5e-10  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  3.14469e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1113  ribosomal protein S18  46.77 
 
 
83 aa  64.3  5e-10  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.321408  normal  0.83859 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2185  30S ribosomal protein S18  50 
 
 
94 aa  64.3  5e-10  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  5.47556e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1044  30S ribosomal protein S18  46.55 
 
 
147 aa  64.3  6e-10  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  8.93397e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14781  30S ribosomal protein S18  54.72 
 
 
73 aa  64.3  6e-10  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.120716 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0164  30S ribosomal protein S18  50 
 
 
91 aa  63.5  8e-10  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000186991  normal  0.608438 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3772  30S ribosomal protein S18  54.72 
 
 
91 aa  63.5  8e-10  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  1.65464e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2592  30S ribosomal protein S18  45.76 
 
 
83 aa  63.5  8e-10  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0485  ribosomal protein S18  45.71 
 
 
75 aa  63.5  9e-10  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  2.13822e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1137  30S ribosomal protein S18  53.7 
 
 
73 aa  63.5  9e-10  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0842555  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1337  30S ribosomal protein S18  53.7 
 
 
73 aa  63.5  9e-10  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.156602 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0927  30S ribosomal protein S18  46.55 
 
 
147 aa  63.5  9e-10  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  2.27736e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2304  30S ribosomal protein S18  52.94 
 
 
80 aa  63.2  1e-09  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.554922  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1044  30S ribosomal protein S18  54 
 
 
75 aa  63.2  1e-09  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143453 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0026  30S ribosomal protein S18  49.15 
 
 
75 aa  63.5  1e-09  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1667  30S ribosomal protein S18  49.15 
 
 
92 aa  63.2  1e-09  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.088074  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3096  30S ribosomal protein S18  51.85 
 
 
71 aa  63.2  1e-09  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_915  ribosomal protein S18  46.55 
 
 
147 aa  63.2  1e-09  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  4.3534e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08951  30S ribosomal protein S18  51.85 
 
 
73 aa  63.2  1e-09  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.519961  decreased coverage  1.61977e-07 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2187  30S ribosomal protein S18  54 
 
 
75 aa  63.2  1e-09  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0899  30S ribosomal protein S18  52.94 
 
 
80 aa  63.5  1e-09  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0242171 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0890  30S ribosomal protein S18  54 
 
 
75 aa  62.8  1e-09  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0721689  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3039  30S ribosomal protein S18  50.98 
 
 
91 aa  63.5  1e-09  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.230428 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl082  30S ribosomal protein S18  48.33 
 
 
76 aa  63.2  1e-09  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.03271e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0652  ribosomal protein S18  46.55 
 
 
81 aa  62.8  2e-09  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.144122  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1773  30S ribosomal protein S18  54 
 
 
75 aa  62.8  2e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1351  30S ribosomal protein S18  54 
 
 
75 aa  62.8  2e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0404596  normal  0.254507 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0932  30S ribosomal protein S18  51.85 
 
 
73 aa  62.4  2e-09  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0943286  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09911  30S ribosomal protein S18  51.85 
 
 
73 aa  62.4  2e-09  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09501  30S ribosomal protein S18  51.85 
 
 
73 aa  62.4  2e-09  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09931  30S ribosomal protein S18  51.85 
 
 
73 aa  62.4  2e-09  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1621  30S ribosomal protein S18  52 
 
 
75 aa  62.4  2e-09  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0249871  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0140  30S ribosomal protein S18  54 
 
 
75 aa  62.8  2e-09  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6994  ribosomal protein S18  50 
 
 
88 aa  62.4  2e-09  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3745  30S ribosomal protein S18  50 
 
 
75 aa  62.8  2e-09  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00458678  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03777  30S ribosomal protein S18  51.85 
 
 
75 aa  61.6  3e-09  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4554  30S ribosomal protein S18  40 
 
 
93 aa  62  3e-09  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0362577  normal  0.782649 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0673  30S ribosomal protein S18  45 
 
 
76 aa  62  3e-09  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00258481  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0185  30S ribosomal protein S18  50.94 
 
 
81 aa  62  3e-09  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.390146  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23340  ribosomal protein S18  46.55 
 
 
70 aa  61.6  3e-09  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.6386e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2511  30S ribosomal protein S18  52 
 
 
92 aa  62  3e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.460729  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1328  30S ribosomal protein S18  62 
 
 
75 aa  61.6  4e-09  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.52927  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2214  ribosomal protein S18  43.1 
 
 
75 aa  61.6  4e-09  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2356  30S ribosomal protein S18  54 
 
 
79 aa  61.2  4e-09  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.160998  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0398  30S ribosomal protein S18  43.04 
 
 
83 aa  61.6  4e-09  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0413  30S ribosomal protein S18  50.98 
 
 
78 aa  60.8  5e-09  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.420055  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0600  30S ribosomal protein S18  52.83 
 
 
88 aa  61.2  5e-09  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  1.75941e-09  unclonable  6.79911e-06 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3400  30S ribosomal protein S18  42.37 
 
 
90 aa  61.2  5e-09  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.612251  normal  0.528873 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5420  30S ribosomal protein S18  49.02 
 
 
83 aa  60.8  6e-09  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0173473  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1676  30S ribosomal protein S18  46.27 
 
 
89 aa  60.8  6e-09  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  1.41185e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0009  30S ribosomal protein S18  50 
 
 
83 aa  60.8  6e-09  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.99289  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0924  ribosomal protein S18  46.67 
 
 
74 aa  60.8  6e-09  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.373301  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0130  30S ribosomal protein S18  50 
 
 
75 aa  60.8  6e-09  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00643171  normal  0.424629 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1196  30S ribosomal protein S18  50.98 
 
 
82 aa  60.8  6e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215666  normal  0.0237747 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1692  30S ribosomal protein S18  52 
 
 
79 aa  60.8  6e-09  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.240883  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>