More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0128 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  100 
 
 
846 aa  1752  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  59.31 
 
 
834 aa  959  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  48.4 
 
 
775 aa  612  1e-173  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  33.96 
 
 
505 aa  239  2e-61  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  32.95 
 
 
544 aa  237  6e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  33.12 
 
 
484 aa  233  1e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  33.66 
 
 
544 aa  232  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  33.75 
 
 
527 aa  231  3e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  33.2 
 
 
508 aa  232  3e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  33.27 
 
 
544 aa  230  1e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  32.45 
 
 
553 aa  228  5e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  33.4 
 
 
513 aa  227  6e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  32.95 
 
 
553 aa  225  2e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  31.67 
 
 
506 aa  224  7e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  32.99 
 
 
489 aa  223  1e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  30.89 
 
 
554 aa  221  3e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  31.31 
 
 
570 aa  221  5e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  32.56 
 
 
499 aa  219  1e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  33.85 
 
 
545 aa  218  5e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  30.97 
 
 
579 aa  215  4e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  30.94 
 
 
506 aa  214  5e-54  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  32.36 
 
 
504 aa  209  2e-52  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  6.42099e-07  hitchhiker  1.56294e-07 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  32.33 
 
 
493 aa  207  5e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  31.25 
 
 
513 aa  205  4e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  30.34 
 
 
549 aa  202  2e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  31.7 
 
 
512 aa  201  3e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  36.67 
 
 
517 aa  200  8e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  29.63 
 
 
524 aa  198  4e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  38.34 
 
 
1005 aa  197  7e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3011  N-6 DNA methylase  34.22 
 
 
563 aa  194  6e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.467528  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1059  N-6 DNA methylase  33.78 
 
 
516 aa  190  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  28.7 
 
 
540 aa  186  1e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  30.36 
 
 
548 aa  185  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0389  N-6 DNA methylase  37.34 
 
 
818 aa  182  3e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.31606e-05 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  29.69 
 
 
481 aa  169  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  28.63 
 
 
490 aa  165  4e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  30.73 
 
 
492 aa  158  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  35.66 
 
 
494 aa  158  4e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  29.24 
 
 
396 aa  156  1e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  6.81459e-08  hitchhiker  1.69581e-06 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  32.96 
 
 
489 aa  151  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  32.62 
 
 
481 aa  149  2e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  52.21 
 
 
364 aa  149  2e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  37.07 
 
 
534 aa  149  3e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  31.48 
 
 
500 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  33.85 
 
 
486 aa  144  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  31.55 
 
 
481 aa  144  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  31.56 
 
 
493 aa  144  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  30 
 
 
489 aa  144  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  26.91 
 
 
481 aa  144  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  44.51 
 
 
471 aa  144  9e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  34.32 
 
 
509 aa  144  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.22296e-09 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  29.83 
 
 
501 aa  142  2e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2008  Sec-independent protein translocase protein TatC  29.87 
 
 
489 aa  142  3e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  26.63 
 
 
481 aa  142  4e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.33 
 
 
530 aa  141  7e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  32.97 
 
 
539 aa  139  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5277  N-6 DNA methylase  35.66 
 
 
571 aa  139  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  27.34 
 
 
490 aa  139  3e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  31.5 
 
 
489 aa  138  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  36.19 
 
 
503 aa  138  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  30.28 
 
 
484 aa  138  5e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  33.09 
 
 
537 aa  137  6e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  30.75 
 
 
493 aa  137  8e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  28.76 
 
 
502 aa  137  9e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  30.51 
 
 
477 aa  135  2e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  28.53 
 
 
489 aa  136  2e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  30.1 
 
 
489 aa  135  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  5.90691e-05 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  38.31 
 
 
429 aa  135  4e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  29.97 
 
 
484 aa  135  4e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.7 
 
 
533 aa  134  5e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  27.35 
 
 
489 aa  134  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  39.39 
 
 
538 aa  134  6e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  25.14 
 
 
484 aa  134  7e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  29.79 
 
 
479 aa  134  8e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  27.59 
 
 
488 aa  134  9e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  27.89 
 
 
492 aa  134  9e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  31.39 
 
 
489 aa  133  1e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  31.39 
 
 
489 aa  133  1e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  32.62 
 
 
530 aa  132  2e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  27.34 
 
 
488 aa  132  2e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  28.95 
 
 
493 aa  132  2e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  31.07 
 
 
489 aa  132  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  30.97 
 
 
480 aa  132  3e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  30.7 
 
 
478 aa  130  8e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  29.48 
 
 
484 aa  129  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2413  N-6 DNA methylase  29.39 
 
 
494 aa  129  3e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.228533  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  29.39 
 
 
485 aa  128  4e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2863  N-6 DNA methylase  29.41 
 
 
500 aa  128  4e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  27.25 
 
 
477 aa  127  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  30.88 
 
 
710 aa  124  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1673  N-6 DNA methylase  31.88 
 
 
493 aa  124  5e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  35.6 
 
 
469 aa  124  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  30.6 
 
 
514 aa  124  1e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3772  N-6 DNA methylase  30.16 
 
 
429 aa  123  2e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3845  N-6 DNA methylase  30.16 
 
 
429 aa  123  2e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  27.42 
 
 
703 aa  123  2e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3517  N-6 DNA methylase  29.12 
 
 
486 aa  123  2e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1992  N-6 DNA methylase  27.76 
 
 
479 aa  122  4e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0409108  normal  0.188366 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0269  N-6 DNA methylase  28.12 
 
 
519 aa  121  5e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.264877  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.13 
 
 
390 aa  121  6e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>