More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0022 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  84.21 
 
 		 380 aa  661    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  85 
 
 		 380 aa  664    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 380 aa  781    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  81.84 
 
 		 380 aa  637    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  81.79 
 
 		 380 aa  627  1e-178  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  75.79 
 
 		 379 aa  588  1e-167  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  76.58 
 
 		 379 aa  581  1.0000000000000001e-165  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  41.04 
 
 		 457 aa  293  2e-78  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1239  geranylgeranyl reductase  42.08 
 
 		 452 aa  292  5e-78  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.214331  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  42.72 
 
 		 446 aa  292  8e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08221  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  42.48 
 
 		 446 aa  290  2e-77  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0768  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  42.34 
 
 		 446 aa  290  4e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  40.69 
 
 		 406 aa  287  2e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16731  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  40.79 
 
 		 468 aa  286  2.9999999999999996e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1240  geranylgeranyl reductase  41.73 
 
 		 455 aa  286  4e-76  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.525757 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  40.75 
 
 		 418 aa  282  6.000000000000001e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0173  geranylgeranyl reductase  40.8 
 
 		 405 aa  280  2e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000608264  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0178  geranylgeranyl reductase  41.04 
 
 		 405 aa  280  3e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  39.7 
 
 		 407 aa  279  5e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  40.3 
 
 		 405 aa  278  1e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  40.19 
 
 		 406 aa  275  1.0000000000000001e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  40.63 
 
 		 449 aa  273  3e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08231  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  41.39 
 
 		 445 aa  268  8.999999999999999e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.891697  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119498  geranylgeranyl reductase  40.75 
 
 		 462 aa  260  3e-68  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0164  geranylgeranyl reductase  40.36 
 
 		 443 aa  256  7e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.620405  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07961  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  40.36 
 
 		 443 aa  256  7e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.253418  normal  0.790247 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_50650  predicted protein  41.08 
 
 		 463 aa  255  1.0000000000000001e-66  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  37.97 
 
 		 406 aa  251  2e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  37.66 
 
 		 406 aa  249  5e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  37.5 
 
 		 421 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  37.69 
 
 		 394 aa  239  4e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  37.69 
 
 		 394 aa  239  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  39.03 
 
 		 394 aa  238  9e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  38.92 
 
 		 394 aa  238  2e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  38.11 
 
 		 402 aa  234  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  37.18 
 
 		 400 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  37.21 
 
 		 393 aa  228  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  37.28 
 
 		 405 aa  228  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  37.66 
 
 		 400 aa  225  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  35.91 
 
 		 397 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  35.16 
 
 		 397 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  35.16 
 
 		 397 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  37.53 
 
 		 399 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6424  geranylgeranyl reductase  35.95 
 
 		 403 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1304  geranylgeranyl reductase  34.05 
 
 		 400 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1854  geranylgeranyl reductase  35.2 
 
 		 408 aa  210  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0189229 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0629  geranylgeranyl reductase  36.46 
 
 		 413 aa  208  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978932  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  33.96 
 
 		 401 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2779  geranylgeranyl reductase  35.52 
 
 		 330 aa  192  6e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  30.36 
 
 		 378 aa  140  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  32.43 
 
 		 375 aa  124  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1711  geranylgeranyl reductase  30.79 
 
 		 365 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  28.3 
 
 		 387 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  30 
 
 		 384 aa  117  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  29.56 
 
 		 341 aa  106  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  29.12 
 
 		 390 aa  106  8e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1199  geranylgeranyl reductase  29.64 
 
 		 423 aa  104  2e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  27.35 
 
 		 390 aa  103  6e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0714  geranylgeranyl reductase  27.65 
 
 		 386 aa  102  8e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  30.79 
 
 		 382 aa  100  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  27.75 
 
 		 403 aa  100  3e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  29.58 
 
 		 368 aa  100  4e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  26.49 
 
 		 390 aa  98.6  2e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  28.04 
 
 		 376 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  29.45 
 
 		 387 aa  97.8  3e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  27.63 
 
 		 362 aa  97.4  4e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  30.65 
 
 		 382 aa  96.7  6e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0162  geranylgeranyl reductase  30.13 
 
 		 392 aa  96.3  9e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.555099  normal  0.0738774 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  29.66 
 
 		 396 aa  95.1  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  25.54 
 
 		 399 aa  94.4  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  24.55 
 
 		 391 aa  94  4e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05771  NAD binding site  26.61 
 
 		 376 aa  94  4e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.161819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  26.81 
 
 		 390 aa  92.8  8e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_677  hypothetical protein  24.45 
 
 		 379 aa  92.8  9e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.545095  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0864  geranylgeranyl reductase  26.38 
 
 		 396 aa  92.8  9e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000799674  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  28.32 
 
 		 398 aa  92.4  1e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  27.86 
 
 		 379 aa  92.4  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  28.25 
 
 		 370 aa  92  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  28.53 
 
 		 398 aa  92  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2205  geranylgeranyl reductase  28.65 
 
 		 363 aa  90.9  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  28.92 
 
 		 389 aa  90.5  4e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  27.75 
 
 		 396 aa  90.1  5e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05461  NAD binding site  27.38 
 
 		 377 aa  89.4  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  26.65 
 
 		 368 aa  88.6  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  26.96 
 
 		 395 aa  88.2  2e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  25.54 
 
 		 413 aa  87.8  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0643  geranylgeranyl reductase  27.13 
 
 		 360 aa  87.4  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.770726  normal  0.124546 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05761  NAD binding site  27.65 
 
 		 377 aa  87.4  4e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.680324  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  30.39 
 
 		 385 aa  86.7  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0771  hypothetical protein  24.43 
 
 		 379 aa  86.7  7e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1852  NAD binding site  26.23 
 
 		 376 aa  86.7  7e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  25.37 
 
 		 376 aa  86.3  9e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  25.14 
 
 		 425 aa  85.1  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0697  FAD dependent oxidoreductase  23.04 
 
 		 393 aa  84.7  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  28.8 
 
 		 384 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0044  geranylgeranyl reductase  28.3 
 
 		 391 aa  84.7  0.000000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.345503  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1392  excinuclease ABC subunit C  25.8 
 
 		 382 aa  84.7  0.000000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0201698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  26.18 
 
 		 376 aa  84  0.000000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0807  geranylgeranyl reductase  26.69 
 
 		 348 aa  83.2  0.000000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00458422  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  26.25 
 
 		 401 aa  83.2  0.000000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>