More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0013 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0013  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 
311 aa  616  1e-175  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  1.158e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0014  preprotein translocase subunit SecF  82.64 
 
 
311 aa  523  1e-147  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00246116  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0008  preprotein translocase subunit SecF  79.74 
 
 
311 aa  507  1e-143  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748405  normal  0.104556 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0027  preprotein translocase subunit SecF  79.48 
 
 
310 aa  502  1e-141  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0034  preprotein translocase subunit SecF  80.06 
 
 
311 aa  485  1e-136  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0013  preprotein translocase subunit SecF  69.26 
 
 
309 aa  429  1e-119  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00245212 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0012  preprotein translocase subunit SecF  67.53 
 
 
308 aa  422  1e-117  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  2.96376e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1454  protein-export membrane protein SecF  49.83 
 
 
308 aa  260  2e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0298464  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1891  preprotein translocase subunit SecF  40.86 
 
 
307 aa  225  6e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.01903e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  38.68 
 
 
1001 aa  215  8e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  40.75 
 
 
1029 aa  210  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.9 
 
 
996 aa  208  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1714  protein-export membrane protein SecF  39.3 
 
 
316 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.611616  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2056  protein-export membrane protein SecF  39.3 
 
 
337 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.880378  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12250  protein-export membrane protein SecF  40 
 
 
286 aa  202  5e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000312155  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1770  protein-export membrane protein SecF  35.6 
 
 
307 aa  201  1e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.74 
 
 
990 aa  201  1e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.82 
 
 
995 aa  197  1e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1231  protein-export membrane protein SecF  41.53 
 
 
313 aa  197  1e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0282245  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  42.42 
 
 
315 aa  197  1e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0540  preprotein translocase subunit SecF  35.78 
 
 
361 aa  197  2e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0258314 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0562  protein-export membrane protein SecF  34.41 
 
 
321 aa  197  3e-49  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0682  protein-export membrane protein SecF  37.24 
 
 
357 aa  197  3e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0708  preprotein translocase subunit SecF  35.41 
 
 
323 aa  196  4e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.07 
 
 
991 aa  196  4e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3211  protein translocase subunit secF  40.6 
 
 
311 aa  196  5e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0631  preprotein translocase subunit SecF  37.12 
 
 
323 aa  194  2e-48  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.3 
 
 
1055 aa  194  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2699  preprotein translocase subunit SecF  41.18 
 
 
315 aa  193  3e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.584759  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1238  preprotein translocase subunit SecF  40 
 
 
304 aa  193  3e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.132934  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1289  preprotein translocase subunit SecF  40 
 
 
304 aa  193  3e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  1.06623e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0489  preprotein translocase subunit SecF  39.58 
 
 
323 aa  192  5e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00357  protein export protein SecF  39.58 
 
 
323 aa  192  5e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00361  hypothetical protein  39.58 
 
 
323 aa  192  5e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0328  preprotein translocase subunit SecF  39.58 
 
 
323 aa  192  5e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.264814  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0439  preprotein translocase subunit SecF  39.58 
 
 
323 aa  192  5e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3224  preprotein translocase subunit SecF  39.58 
 
 
323 aa  192  5e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  1.3674e-06 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0441  preprotein translocase subunit SecF  39.58 
 
 
323 aa  192  5e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3200  protein-export membrane protein SecF  39.58 
 
 
323 aa  192  5e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0479  preprotein translocase subunit SecF  39.58 
 
 
323 aa  192  5e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01049  preprotein translocase subunit SecF  38.14 
 
 
315 aa  192  6e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.94 
 
 
991 aa  192  6e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004364  protein-export membrane protein SecF  38.78 
 
 
315 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0679828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0467  preprotein translocase subunit SecF  39.93 
 
 
323 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1235  preprotein translocase subunit SecF  36.45 
 
 
323 aa  190  2e-47  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.178131  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0508  preprotein translocase subunit SecF  39.93 
 
 
323 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0878  preprotein translocase subunit SecF  39.24 
 
 
323 aa  190  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0454  preprotein translocase subunit SecF  39.93 
 
 
323 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1110  preprotein translocase subunit SecF  36.45 
 
 
323 aa  190  2e-47  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0447  preprotein translocase subunit SecF  39.93 
 
 
323 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0448  preprotein translocase subunit SecF  39.93 
 
 
323 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3110  preprotein translocase subunit SecF  39.3 
 
 
315 aa  190  3e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0072  preprotein translocase subunit SecF  35.03 
 
 
323 aa  190  3e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2903  preprotein translocase subunit SecF  39.59 
 
 
323 aa  189  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0475  preprotein translocase subunit SecF  35.74 
 
 
323 aa  189  5e-47  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2185  protein-export membrane protein SecF  36.95 
 
 
312 aa  189  7e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  38.01 
 
 
322 aa  189  7e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3094  preprotein translocase subunit SecF  38.57 
 
 
323 aa  188  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.278166  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2616  preprotein translocase subunit SecF  37.22 
 
 
302 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0997  preprotein translocase subunit SecF  35.46 
 
 
322 aa  187  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1342  preprotein translocase subunit SecF  34.88 
 
 
362 aa  186  4e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0507667  normal  0.548062 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0273  preprotein translocase subunit SecF  39.1 
 
 
315 aa  186  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2644  protein-export membrane protein SecF  36.71 
 
 
304 aa  186  5e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0946476  hitchhiker  0.00035144 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  40.51 
 
 
314 aa  186  6e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2836  protein translocase subunit secF  38.19 
 
 
302 aa  185  7e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1404  preprotein translocase subunit SecF  39.1 
 
 
315 aa  185  7e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316508  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1408  protein translocase subunit secF  39.66 
 
 
317 aa  185  7e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1785  preprotein translocase subunit SecF  36.39 
 
 
301 aa  185  8e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00817769 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2432  preprotein translocase subunit SecF  36.84 
 
 
301 aa  185  9e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.604218  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2432  preprotein translocase subunit SecF  38.75 
 
 
316 aa  185  9e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  39.38 
 
 
313 aa  185  1e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1424  preprotein translocase subunit SecF  37.5 
 
 
280 aa  184  2e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  4.49698e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  42.23 
 
 
312 aa  183  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1085  preprotein translocase subunit SecF  35.46 
 
 
328 aa  183  4e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.161965 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1117  preprotein translocase subunit SecF  39.59 
 
 
316 aa  183  4e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1355  preprotein translocase subunit SecF  38.33 
 
 
293 aa  182  5e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.18 
 
 
995 aa  182  6e-45  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1302  protein-export membrane protein SecF  39.66 
 
 
315 aa  182  8e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1797  preprotein translocase subunit SecF  37.58 
 
 
307 aa  181  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1719  preprotein translocase subunit SecF  37.91 
 
 
302 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1271  preprotein translocase subunit SecF  39.1 
 
 
296 aa  181  2e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1231  preprotein translocase subunit SecF  35.23 
 
 
303 aa  180  3e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.611016  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2190  preprotein translocase subunit SecF  42.31 
 
 
315 aa  179  5e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.447622  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1904  protein-export membrane protein SecF  36.57 
 
 
302 aa  179  5e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1124  preprotein translocase subunit SecF  37.72 
 
 
291 aa  179  6e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2443  preprotein translocase subunit SecF  37.07 
 
 
347 aa  179  7e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000105757  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.35 
 
 
762 aa  179  7e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40450  preprotein translocase subunit SecF  38.8 
 
 
304 aa  179  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.193489  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3120  preprotein translocase subunit SecF  38.78 
 
 
322 aa  179  8e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0405125  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3261  preprotein translocase subunit SecF  38.78 
 
 
322 aa  179  8e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.578435  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3381  preprotein translocase subunit SecF  38.78 
 
 
322 aa  179  8e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0144101  normal  0.396634 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1416  protein-export membrane protein SecF  35.23 
 
 
303 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1473  preprotein translocase subunit SecF  39.86 
 
 
315 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13163  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2481  preprotein translocase subunit SecF  40.07 
 
 
315 aa  177  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0456849  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0600  protein-export membrane protein SecF  35.56 
 
 
306 aa  178  1e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3037  protein-export membrane protein SecF  38.78 
 
 
316 aa  178  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0855  preprotein translocase subunit SecF  36.13 
 
 
302 aa  177  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0123  protein-export membrane protein SecF  36.73 
 
 
293 aa  177  3e-43  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2879  preprotein translocase subunit SecF  39.51 
 
 
315 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0152003  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2784  preprotein translocase subunit SecF  39.51 
 
 
315 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0481367  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>