More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1451 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_1451  BCCT (betaine/carnitine/choline) family transporter  100 
 
 
647 aa  1298    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000418555  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1835  choline/carnitine/betaine transporter  44.51 
 
 
671 aa  566  1e-160  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.314511  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  41.12 
 
 
676 aa  561  1e-158  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  41.55 
 
 
691 aa  559  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  40.49 
 
 
676 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  40.49 
 
 
676 aa  557  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  40.49 
 
 
676 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  40.49 
 
 
676 aa  557  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  40.49 
 
 
676 aa  556  1e-157  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  40.49 
 
 
716 aa  557  1e-157  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  40.49 
 
 
716 aa  557  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  41.03 
 
 
676 aa  554  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  41.03 
 
 
673 aa  545  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  40.21 
 
 
698 aa  543  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  41.27 
 
 
676 aa  545  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  40.88 
 
 
676 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  40.88 
 
 
676 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3308  choline/carnitine/betaine transporter  39.78 
 
 
698 aa  500  1e-140  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.634741 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  39.39 
 
 
667 aa  488  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  38.15 
 
 
646 aa  479  1e-134  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  39.51 
 
 
657 aa  458  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  37.88 
 
 
659 aa  456  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  37.88 
 
 
659 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  38.91 
 
 
656 aa  455  1.0000000000000001e-126  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  38.56 
 
 
637 aa  450  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  37.8 
 
 
661 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  36.2 
 
 
685 aa  447  1.0000000000000001e-124  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  38.04 
 
 
644 aa  443  1e-123  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  37.65 
 
 
661 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  38.25 
 
 
664 aa  440  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  38.41 
 
 
667 aa  437  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  38.57 
 
 
667 aa  438  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  38.41 
 
 
667 aa  437  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  38.15 
 
 
668 aa  432  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  38.41 
 
 
667 aa  435  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  38.27 
 
 
661 aa  431  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  37.44 
 
 
658 aa  426  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  37.8 
 
 
673 aa  425  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  37.48 
 
 
658 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  36.64 
 
 
660 aa  421  1e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  37.48 
 
 
658 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  37.48 
 
 
658 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  36.57 
 
 
660 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  36.2 
 
 
658 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  36.6 
 
 
658 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  36.52 
 
 
658 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  37.08 
 
 
658 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  35.45 
 
 
687 aa  416  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  37.33 
 
 
658 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  34.32 
 
 
681 aa  411  1e-113  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  35.41 
 
 
682 aa  412  1e-113  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  36.41 
 
 
662 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  33.43 
 
 
681 aa  402  1e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  36.5 
 
 
676 aa  404  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  34.04 
 
 
671 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  33.74 
 
 
653 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  33.48 
 
 
666 aa  395  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  35.75 
 
 
661 aa  392  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5269  choline transporter  32.73 
 
 
664 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  38.62 
 
 
573 aa  390  1e-107  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  32.63 
 
 
664 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  34.1 
 
 
682 aa  386  1e-106  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23270  choline/carnitine/betaine transport  33.18 
 
 
695 aa  385  1e-105  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0746939  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  32.53 
 
 
677 aa  382  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  32.63 
 
 
679 aa  385  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  32.53 
 
 
677 aa  382  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  32.53 
 
 
677 aa  382  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  32.53 
 
 
677 aa  382  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  32.53 
 
 
677 aa  382  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  34.44 
 
 
684 aa  379  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  32.53 
 
 
677 aa  382  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4280  choline/carnitine/betaine transporter  32.23 
 
 
720 aa  380  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.692689  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  32.53 
 
 
677 aa  382  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  32.53 
 
 
677 aa  382  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  43.94 
 
 
497 aa  381  1e-104  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  30.99 
 
 
667 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  41.6 
 
 
606 aa  379  1e-103  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  30.84 
 
 
667 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  45.09 
 
 
503 aa  375  1e-102  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  40.64 
 
 
551 aa  372  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  30.99 
 
 
667 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  30.84 
 
 
667 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2557  choline transport protein BetT  32.78 
 
 
677 aa  372  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  44.49 
 
 
545 aa  372  1e-101  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  34.62 
 
 
682 aa  371  1e-101  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2603  choline transport protein BetT  33.98 
 
 
685 aa  372  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.158704 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  37.59 
 
 
637 aa  367  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2792  choline/carnitine/betaine transporter  32.05 
 
 
711 aa  366  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  40.12 
 
 
606 aa  366  1e-100  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2914  choline transport protein BetT  32.63 
 
 
682 aa  368  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.929761  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  31.38 
 
 
665 aa  368  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2828  choline transport protein BetT  32.48 
 
 
682 aa  367  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2299  choline/carnitine/betaine transporter  33.38 
 
 
659 aa  369  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.944514  normal  0.189875 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  40.41 
 
 
580 aa  365  2e-99  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1919  choline/carnitine/betaine transporter  33.69 
 
 
750 aa  363  7.0000000000000005e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  43.49 
 
 
506 aa  362  1e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  33.13 
 
 
724 aa  361  3e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  40.94 
 
 
490 aa  360  4e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0223  choline transport protein BetT  34.03 
 
 
686 aa  358  1.9999999999999998e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  41.09 
 
 
498 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>