More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1048 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003912  CJE1236  preprotein translocase subunit SecD  72.76 
 
 
526 aa  749  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.543695  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 
526 aa  1057  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  65.08 
 
 
529 aa  694  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  64.23 
 
 
521 aa  647  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1111  preprotein translocase subunit SecD  72.76 
 
 
526 aa  748  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.789718  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  68.85 
 
 
521 aa  726  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1621  protein-export membrane protein SecD  63.65 
 
 
522 aa  667  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  67.12 
 
 
526 aa  706  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0630  preprotein translocase subunit SecD  72.19 
 
 
526 aa  743  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  70.87 
 
 
510 aa  733  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  42.53 
 
 
532 aa  384  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  41.75 
 
 
532 aa  384  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  41.78 
 
 
533 aa  381  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  41.2 
 
 
533 aa  379  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  40.56 
 
 
531 aa  378  1e-103  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  41.6 
 
 
530 aa  378  1e-103  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  41.95 
 
 
533 aa  373  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.56259e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  42.02 
 
 
530 aa  374  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  42.75 
 
 
524 aa  372  1e-102  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  3.11445e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  40.3 
 
 
533 aa  375  1e-102  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.55 
 
 
853 aa  371  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  39.11 
 
 
535 aa  371  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  42.65 
 
 
530 aa  369  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  41.11 
 
 
533 aa  372  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  40.83 
 
 
532 aa  367  1e-100  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  40.65 
 
 
526 aa  364  2e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  40.19 
 
 
532 aa  362  9e-99  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  40.35 
 
 
534 aa  351  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  39.37 
 
 
534 aa  350  5e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  41.52 
 
 
525 aa  349  6e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  38.42 
 
 
554 aa  348  9e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  38.36 
 
 
532 aa  347  4e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  37.41 
 
 
535 aa  346  5e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  42.05 
 
 
533 aa  345  9e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.96 
 
 
856 aa  345  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  38.9 
 
 
533 aa  343  5e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  37.21 
 
 
554 aa  341  2e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  38.02 
 
 
554 aa  340  5e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  37.26 
 
 
554 aa  338  1e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  37.26 
 
 
554 aa  338  1e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  37.04 
 
 
532 aa  338  2e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  38.85 
 
 
533 aa  337  3e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  37.57 
 
 
632 aa  335  9e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  37.77 
 
 
537 aa  335  9e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  37.03 
 
 
554 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  36.43 
 
 
533 aa  334  2e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  37.96 
 
 
533 aa  334  2e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  37.57 
 
 
632 aa  334  2e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  41.88 
 
 
533 aa  334  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  37.8 
 
 
535 aa  333  5e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.38 
 
 
844 aa  332  1e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  36.61 
 
 
531 aa  332  1e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  36.94 
 
 
632 aa  331  2e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  37.99 
 
 
614 aa  330  3e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  37.08 
 
 
512 aa  330  5e-89  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.96 
 
 
845 aa  325  1e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  36.09 
 
 
534 aa  325  1e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  37.35 
 
 
594 aa  324  2e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  37.84 
 
 
531 aa  324  2e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  37.35 
 
 
594 aa  324  2e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.77 
 
 
844 aa  322  1e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  36.68 
 
 
556 aa  321  2e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  35.53 
 
 
534 aa  320  3e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  36.9 
 
 
640 aa  318  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.57 
 
 
856 aa  317  2e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0012  preprotein translocase subunit SecD  35.24 
 
 
594 aa  316  6e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.216124  hitchhiker  0.00885825 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.34 
 
 
839 aa  313  7e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.33 
 
 
848 aa  311  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.89 
 
 
844 aa  310  5e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  35.91 
 
 
636 aa  308  1e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  35.67 
 
 
534 aa  308  1e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.74 
 
 
849 aa  308  2e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  35.55 
 
 
625 aa  306  9e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  37.28 
 
 
618 aa  304  2e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0007  preprotein translocase subunit SecD  36.16 
 
 
595 aa  304  2e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  39.68 
 
 
599 aa  304  3e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  36.48 
 
 
532 aa  304  3e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  36.1 
 
 
626 aa  303  4e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  36.48 
 
 
532 aa  303  5e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  36.96 
 
 
604 aa  302  9e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  36.46 
 
 
533 aa  302  9e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  35.88 
 
 
633 aa  302  1e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  42.53 
 
 
473 aa  301  2e-80  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  34.91 
 
 
627 aa  301  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0011  preprotein translocase subunit SecD  34.95 
 
 
605 aa  300  3e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.019109  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1116  protein-export membrane protein SecD  37.8 
 
 
500 aa  297  4e-79  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  33.8 
 
 
621 aa  296  6e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  34.11 
 
 
843 aa  295  1e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1122  preprotein translocase subunit SecD  38.05 
 
 
615 aa  295  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276034  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0272  preprotein translocase subunit SecD  38.33 
 
 
617 aa  294  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.424344  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  35.98 
 
 
532 aa  294  3e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2946  preprotein translocase subunit SecD  35.45 
 
 
621 aa  293  5e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  35.51 
 
 
615 aa  292  8e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  34.52 
 
 
626 aa  292  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2785  preprotein translocase subunit SecD  37.52 
 
 
616 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000401853  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1572  preprotein translocase subunit SecD  37.52 
 
 
616 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  2.32578e-07  hitchhiker  1.5395e-07 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2805  preprotein translocase subunit SecD  37.52 
 
 
616 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000153559  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2880  preprotein translocase subunit SecD  37.52 
 
 
616 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.88716e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2482  preprotein translocase subunit SecD  37.33 
 
 
616 aa  290  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  1.87651e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2433  preprotein translocase subunit SecD  38.01 
 
 
618 aa  290  5e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>