More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0963 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0963  putative PAS domain signal transduction sensor protein  100 
 
 
163 aa  335  1.9999999999999998e-91  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.598174  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0964  putative PAS domain signal transduction sensor protein  69.94 
 
 
163 aa  247  5e-65  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.695373  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1325  methyl-accepting chemotaxis protein  60.62 
 
 
164 aa  212  1.9999999999999998e-54  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0735034  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1206  methyl-accepting chemotaxis protein  60.62 
 
 
164 aa  211  2.9999999999999995e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1323  methyl-accepting chemotaxis protein  55.21 
 
 
165 aa  194  6e-49  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1204  methyl-accepting chemotaxis protein  55.21 
 
 
165 aa  194  6e-49  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0540  methyl-accepting chemotaxis protein  53.66 
 
 
166 aa  185  2e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0044  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
162 aa  171  3.9999999999999995e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1962  methyl-accepting chemotaxis protein  49.38 
 
 
166 aa  169  2e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1233  methyl-accepting chemotaxis protein  48.12 
 
 
166 aa  161  4.0000000000000004e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  43.56 
 
 
173 aa  153  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0158  PAS sensor protein  43.75 
 
 
170 aa  150  5.9999999999999996e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00559927  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4009  PAS  42.68 
 
 
172 aa  150  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0368  PAS sensor protein  46.36 
 
 
168 aa  149  2e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1312  putative PAS/PAC sensor protein  43.87 
 
 
174 aa  147  5e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  0.171791 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  39.26 
 
 
168 aa  147  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1012  methyl-accepting chemotaxis protein  43.75 
 
 
171 aa  147  8e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.63093  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4792  putative PAS/PAC sensor protein  41.72 
 
 
174 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.72 
 
 
182 aa  143  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  43.31 
 
 
178 aa  141  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2378  transcriptional regulator  41.88 
 
 
174 aa  138  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1413  putative PAS/PAC sensor protein  39.88 
 
 
185 aa  138  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.026067  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0920  putative PAS/PAC sensor protein  44.17 
 
 
170 aa  137  4.999999999999999e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3403  PAS sensor protein  40.49 
 
 
189 aa  137  7e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.263742  normal  0.531721 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.58 
 
 
174 aa  137  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2233  putative PAS/PAC sensor protein  38.41 
 
 
177 aa  137  7.999999999999999e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.17522 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  38.79 
 
 
177 aa  134  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  41.21 
 
 
178 aa  133  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3464  transcriptional regulator  38.65 
 
 
174 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05500  PAS domain S-box  37.04 
 
 
194 aa  128  3e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.414164  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2936  putative PAS/PAC sensor protein  38 
 
 
201 aa  114  6e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178135  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0729  PAS  40.3 
 
 
945 aa  112  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0635035  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2726  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.26 
 
 
538 aa  110  9e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1860  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.8 
 
 
524 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2577  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.15 
 
 
524 aa  108  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1618  chemotaxis sensory transducer  40.44 
 
 
557 aa  106  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.126465 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1652  putative PAS/PAC sensor protein  39.52 
 
 
127 aa  106  1e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.129926  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2690  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with PAS/Pac sensor  40.88 
 
 
524 aa  106  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.487789  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3219  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.7 
 
 
516 aa  106  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.1353  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1149  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.71 
 
 
522 aa  105  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.737349  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1150  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.71 
 
 
522 aa  105  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0532  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.89 
 
 
523 aa  104  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0374128 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1125  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.31 
 
 
532 aa  104  5e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3404  methyl-accepting chemotaxis protein  41.98 
 
 
522 aa  103  9e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  40.16 
 
 
166 aa  103  9e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2525  putative PAS/PAC sensor protein  37.75 
 
 
208 aa  103  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0659487  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  35.4 
 
 
189 aa  102  2e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1521  putative PAS/PAC sensor protein  34.21 
 
 
228 aa  102  3e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.950455  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3813  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.52 
 
 
521 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.629648  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1220  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.97 
 
 
522 aa  101  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0389  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.34 
 
 
419 aa  101  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  38.21 
 
 
565 aa  100  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4027  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.71 
 
 
521 aa  100  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664053  normal  0.0821551 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.89 
 
 
556 aa  100  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3735  PAS  37.6 
 
 
521 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.065462 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6942  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.89 
 
 
566 aa  100  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44300  aerotaxis receptor Aer  36.29 
 
 
521 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4521  aerotaxis receptor, putative  38.71 
 
 
521 aa  99  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1648  aerotaxis receptor  36 
 
 
521 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0974  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.27 
 
 
532 aa  98.6  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1933  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.24 
 
 
598 aa  98.6  3e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1390  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.71 
 
 
534 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3295  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.31 
 
 
519 aa  97.8  6e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3109  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36 
 
 
522 aa  97.8  6e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.36 
 
 
521 aa  97.4  7e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00326538  normal  0.948878 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2159  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  36.03 
 
 
523 aa  97.4  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.416992  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3770  aerotaxis receptor Aer  36.29 
 
 
521 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1238  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.65 
 
 
522 aa  97.1  9e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0615962  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0659  putative PAS/PAC sensor protein  37.19 
 
 
164 aa  96.7  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1522  PAS sensor protein  31.79 
 
 
225 aa  96.7  1e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.533099  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3073  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.65 
 
 
522 aa  97.1  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1282  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.65 
 
 
522 aa  97.1  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1045  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  32 
 
 
564 aa  96.3  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0530  methyl-accepting chemotaxis protein  33.11 
 
 
569 aa  96.3  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.667624  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1800  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.29 
 
 
521 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.258308  normal  0.504821 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3527  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.2 
 
 
506 aa  95.9  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.538358 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1897  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.48 
 
 
1170 aa  95.5  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38670  aerotaxis sesnor; AerP  36.72 
 
 
313 aa  95.1  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1871  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  36.64 
 
 
716 aa  94.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.48 
 
 
515 aa  95.1  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1324  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.66 
 
 
523 aa  95.1  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  35.48 
 
 
561 aa  95.1  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.13 
 
 
519 aa  94.7  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.982796  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06258  hypothetical protein  40.48 
 
 
520 aa  94.7  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4658  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  38.14 
 
 
529 aa  94.7  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1964  putative PAS/PAC sensor protein  34.67 
 
 
229 aa  94.4  7e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.705516  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3270  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.36 
 
 
532 aa  94  7e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.415489  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2648  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  36.22 
 
 
520 aa  94  7e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1317  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.84 
 
 
522 aa  94  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0176898 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1630  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  34.68 
 
 
521 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0805  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  35.38 
 
 
511 aa  93.6  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2022  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  35.88 
 
 
748 aa  93.6  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2111  aerotaxis receptor Aer-2  34.43 
 
 
521 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0317394 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0130  PAS sensor protein  29.05 
 
 
451 aa  92.4  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0064  PAS sensor protein  32.85 
 
 
456 aa  92.4  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.106866  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  34.43 
 
 
521 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.976535  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1291  PAS sensor protein  34.11 
 
 
184 aa  92  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  34.92 
 
 
954 aa  92  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3628  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.61 
 
 
521 aa  92  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0839  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  33.85 
 
 
511 aa  91.7  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>