More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0541 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0541  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 		 132 aa  264  2e-70  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0431  transcription antitermination protein NusB  62.99 
 
 		 132 aa  170  5e-42  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.232136  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0405  transcription antitermination protein NusB  62.2 
 
 		 132 aa  168  2e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1576  transcription antitermination protein NusB  61.42 
 
 		 132 aa  167  3e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1333  transcription antitermination protein NusB  61.24 
 
 		 131 aa  164  5e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0030  transcription antitermination protein NusB  57.36 
 
 		 131 aa  162  1.0000000000000001e-39  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1747  transcription antitermination factor NusB  54.2 
 
 		 136 aa  145  3e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1180  transcription antitermination protein NusB  54.96 
 
 		 131 aa  143  8.000000000000001e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0784  transcription antitermination protein NusB  57.25 
 
 		 131 aa  131  3e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0403  transcription antitermination protein NusB  48.09 
 
 		 132 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3601  transcription antitermination factor NusB  34.38 
 
 		 163 aa  84.7  4e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.397135  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  40.48 
 
 		 134 aa  80.5  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  38.1 
 
 		 134 aa  80.5  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  39.68 
 
 		 134 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  38.1 
 
 		 134 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  38.1 
 
 		 134 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  38.1 
 
 		 134 aa  77  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  38.1 
 
 		 134 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  38.1 
 
 		 134 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  35.82 
 
 		 140 aa  76.3  0.0000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  38.89 
 
 		 134 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12553  transcription antitermination protein NusB  30.23 
 
 		 156 aa  76.6  0.0000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0342122 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17920  NusB antitermination factor  31.3 
 
 		 138 aa  76.3  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.552235  normal  0.618471 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  38.1 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  31.3 
 
 		 139 aa  74.7  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  37.3 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  37.3 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  37.3 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  35.11 
 
 		 133 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  31.85 
 
 		 142 aa  73.2  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  34.65 
 
 		 145 aa  73.2  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15520  transcription antitermination factor NusB  30.47 
 
 		 153 aa  72  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  34.81 
 
 		 154 aa  72.4  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1085  transcription antitermination protein NusB  36.46 
 
 		 129 aa  72  0.000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.770091  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1532  transcription termination/antitermination factor NusB  37.4 
 
 		 138 aa  71.6  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.318402  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3751  transcription antitermination protein NusB  27.82 
 
 		 164 aa  71.6  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.110762 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  31.85 
 
 		 142 aa  71.2  0.000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0477  NusB antitermination factor  33.83 
 
 		 147 aa  70.9  0.000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.144816  hitchhiker  0.000124521 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0301  transcription antitermination factor NusB  33.83 
 
 		 147 aa  70.9  0.000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.605543  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2652  transcription antitermination protein NusB  28.57 
 
 		 163 aa  70.5  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 134 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2942  NusB antitermination factor  29.1 
 
 		 138 aa  70.1  0.000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000122519  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1328  NusB antitermination factor  28.68 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.732904  normal  0.808756 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  31.06 
 
 		 141 aa  69.3  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0276  transcription antitermination protein NusB  35.23 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  29.69 
 
 		 145 aa  68.6  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  29.92 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12640  NusB antitermination factor  28.24 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0537288 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  30 
 
 		 143 aa  68.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4282  NusB antitermination factor  27.61 
 
 		 144 aa  68.2  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.683816 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2334  transcription antitermination factor NusB  32.09 
 
 		 163 aa  68.6  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.225002  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1583  transcription antitermination protein NusB  39.02 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00456723  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1616  transcription antitermination protein NusB  39.02 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000103725  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1843  NusB antitermination factor  28.46 
 
 		 136 aa  68.6  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.23427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3255  NusB antitermination factor  32.58 
 
 		 142 aa  68.6  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.489842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  31.39 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12640  transcription antitermination factor NusB  28.68 
 
 		 150 aa  68.2  0.00000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0196868  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  27.91 
 
 		 162 aa  67.8  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  28.35 
 
 		 155 aa  67.8  0.00000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  27.91 
 
 		 162 aa  67.8  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  27.91 
 
 		 162 aa  67.8  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3147  NusB antitermination factor  29.01 
 
 		 135 aa  67.4  0.00000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.511001  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  26.32 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  30.08 
 
 		 148 aa  67.4  0.00000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3146  NusB antitermination factor  28.26 
 
 		 147 aa  67  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121302 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1850  transcription antitermination factor NusB  26.92 
 
 		 136 aa  67  0.00000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.975567 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  33.85 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  30.23 
 
 		 143 aa  66.2  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3283  transcription antitermination protein NusB  34.96 
 
 		 139 aa  66.2  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  31.01 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  32.06 
 
 		 148 aa  65.5  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3008  NusB antitermination factor  29.7 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.147146 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0283  NusB antitermination factor  31.25 
 
 		 150 aa  65.5  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.102265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1094  transcription antitermination protein NusB  27.91 
 
 		 142 aa  65.1  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1074  transcription antitermination protein NusB  31.71 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547473  hitchhiker  0.000302454 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  30.23 
 
 		 143 aa  65.1  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1185  transcription antitermination protein NusB  35.07 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0066267  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0985  NusB antitermination factor  31.06 
 
 		 142 aa  65.1  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0784851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  32.73 
 
 		 156 aa  64.7  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06300  NusB antitermination factor  34.11 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000202636  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1706  NusB antitermination factor  26.32 
 
 		 138 aa  64.3  0.0000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188231  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1043  NusB antitermination factor  32 
 
 		 144 aa  64.3  0.0000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310425  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  32.33 
 
 		 154 aa  63.9  0.0000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3091  NusB antitermination factor  28.81 
 
 		 165 aa  63.9  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10765 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1839  NusB antitermination factor  27.07 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.156187  normal  0.178844 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  31.21 
 
 		 154 aa  63.9  0.0000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  30.23 
 
 		 142 aa  63.9  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  32.31 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2589  NusB antitermination factor  28.03 
 
 		 165 aa  63.5  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2032  NusB antitermination factor  31.03 
 
 		 153 aa  63.5  0.0000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0272583 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1622  NusB antitermination factor  34.44 
 
 		 164 aa  63.5  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1713  transcription antitermination protein NusB  35.34 
 
 		 144 aa  63.5  0.0000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1589  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1752  NusB antitermination factor  31.71 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  36.25 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  30.08 
 
 		 141 aa  62.8  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  36.25 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0579  transcription antitermination protein NusB  26.52 
 
 		 179 aa  62.8  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>