278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0347 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  100 
 
 		 390 aa  780    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  53.08 
 
 		 528 aa  213  5.999999999999999e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  30.64 
 
 		 400 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  54.01 
 
 		 453 aa  140  3e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.32 
 
 		 419 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  44.51 
 
 		 400 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  41.18 
 
 		 561 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  41.18 
 
 		 563 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  32.49 
 
 		 612 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  41.95 
 
 		 547 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  39.43 
 
 		 364 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  25.53 
 
 		 492 aa  124  3e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  48.12 
 
 		 374 aa  124  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  25.16 
 
 		 501 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  47.74 
 
 		 406 aa  121  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  34.47 
 
 		 458 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  27.98 
 
 		 392 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.18 
 
 		 401 aa  116  6.9999999999999995e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.8 
 
 		 456 aa  116  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  41.33 
 
 		 431 aa  114  3e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 		 477 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  32.65 
 
 		 413 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  29.93 
 
 		 400 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.18 
 
 		 413 aa  107  5e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.02 
 
 		 400 aa  106  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  26.77 
 
 		 457 aa  105  9e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  36.93 
 
 		 435 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  23.87 
 
 		 425 aa  104  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.82 
 
 		 495 aa  103  5e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  23.09 
 
 		 587 aa  102  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  28.01 
 
 		 425 aa  102  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  35.94 
 
 		 438 aa  100  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.91 
 
 		 378 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  25.06 
 
 		 368 aa  99.8  8e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  29.58 
 
 		 590 aa  97.8  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  29.66 
 
 		 413 aa  96.3  8e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.81 
 
 		 442 aa  95.5  2e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  26.2 
 
 		 393 aa  95.5  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  25 
 
 		 439 aa  94.7  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.48 
 
 		 443 aa  94  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  22.76 
 
 		 429 aa  93.2  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  24.84 
 
 		 444 aa  93.2  8e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  25.96 
 
 		 429 aa  92.8  1e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  29.03 
 
 		 402 aa  92  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  25.87 
 
 		 395 aa  91.3  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  31.32 
 
 		 363 aa  90.1  5e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.68 
 
 		 386 aa  90.1  7e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.1 
 
 		 477 aa  89.7  7e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.74 
 
 		 406 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  24.54 
 
 		 479 aa  87  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  24.57 
 
 		 476 aa  87  5e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  27.53 
 
 		 448 aa  87  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  23.38 
 
 		 442 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  26.07 
 
 		 490 aa  84.7  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  26.73 
 
 		 400 aa  84.7  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  25.42 
 
 		 461 aa  82.8  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  25.16 
 
 		 464 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  24.29 
 
 		 415 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  32.85 
 
 		 422 aa  82.4  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3599  hypothetical protein  40.57 
 
 		 482 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  24.56 
 
 		 395 aa  81.6  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.96 
 
 		 462 aa  80.1  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  26.84 
 
 		 477 aa  79.3  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  22.33 
 
 		 396 aa  79  0.0000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  30.16 
 
 		 420 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  24.52 
 
 		 436 aa  78.2  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  25.47 
 
 		 387 aa  78.6  0.0000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  26.09 
 
 		 354 aa  77.8  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  31.88 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  30.65 
 
 		 564 aa  77.4  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  32 
 
 		 419 aa  77.4  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  23.73 
 
 		 532 aa  77  0.0000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  26.83 
 
 		 386 aa  77  0.0000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  30.58 
 
 		 438 aa  77  0.0000000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  23.92 
 
 		 451 aa  76.6  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  28.98 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  24.94 
 
 		 437 aa  76.6  0.0000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5291  hypothetical protein  36.88 
 
 		 555 aa  76.3  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.673527  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  30.46 
 
 		 405 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.8 
 
 		 428 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  24.92 
 
 		 397 aa  75.9  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.31 
 
 		 237 aa  75.1  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  25.16 
 
 		 447 aa  74.7  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  25.09 
 
 		 448 aa  74.7  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  30.54 
 
 		 420 aa  74.7  0.000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.08 
 
 		 471 aa  74.3  0.000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.14 
 
 		 572 aa  73.6  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  26.23 
 
 		 404 aa  73.2  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  25.5 
 
 		 360 aa  73.2  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  28.11 
 
 		 424 aa  72  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  23.48 
 
 		 400 aa  72.4  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  23.56 
 
 		 373 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  23.42 
 
 		 429 aa  72  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.89 
 
 		 445 aa  72  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  26.37 
 
 		 413 aa  72  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.03 
 
 		 238 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  26.14 
 
 		 392 aa  70.9  0.00000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.03 
 
 		 453 aa  70.9  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  27.12 
 
 		 775 aa  70.5  0.00000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.86 
 
 		 493 aa  70.1  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>