More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0258 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003912  CJE1627  putative tRNA modifying protein  81.46 
 
 
439 aa  750    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1788  putative tRNA modifying protein  81.69 
 
 
455 aa  751    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0258  conserved hypothetical protein, radical SAM domain family (UPF0004 domain protein)  100 
 
 
438 aa  887    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1447  putative tRNA modifying protein  81.92 
 
 
439 aa  754    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0582  hypothetical protein  70.57 
 
 
436 aa  604  9.999999999999999e-173  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0253  2-methylthioadenine synthetase  66.74 
 
 
444 aa  602  1.0000000000000001e-171  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.484105  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1371  hypothetical protein  65.36 
 
 
436 aa  584  1.0000000000000001e-165  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0502  hypothetical protein  66.05 
 
 
433 aa  568  1e-161  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0435  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.65 
 
 
436 aa  555  1e-157  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1737  hypothetical protein  54.65 
 
 
439 aa  493  9.999999999999999e-139  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.5 
 
 
447 aa  324  2e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40 
 
 
448 aa  317  2e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  36.7 
 
 
504 aa  316  5e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.19 
 
 
449 aa  316  7e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  39.41 
 
 
455 aa  315  9.999999999999999e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.59 
 
 
450 aa  315  9.999999999999999e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  39.82 
 
 
445 aa  311  2e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.82 
 
 
440 aa  310  2.9999999999999997e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.82 
 
 
448 aa  310  4e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.59 
 
 
448 aa  309  8e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.12 
 
 
436 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.68 
 
 
440 aa  305  1.0000000000000001e-81  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.09 
 
 
446 aa  304  2.0000000000000002e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  43.07 
 
 
445 aa  303  4.0000000000000003e-81  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.58 
 
 
445 aa  302  6.000000000000001e-81  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.65 
 
 
469 aa  302  9e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.65 
 
 
469 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.92 
 
 
444 aa  299  8e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.32 
 
 
470 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  35.75 
 
 
483 aa  297  3e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.83 
 
 
453 aa  291  2e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.64 
 
 
486 aa  291  2e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.12 
 
 
442 aa  283  3.0000000000000004e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.74 
 
 
430 aa  281  1e-74  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.91 
 
 
430 aa  278  1e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.7 
 
 
452 aa  278  2e-73  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.68 
 
 
430 aa  276  4e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.22 
 
 
446 aa  270  5e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.11 
 
 
471 aa  268  1e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.4 
 
 
441 aa  268  1e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.82 
 
 
444 aa  268  2e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  34.57 
 
 
440 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  35.01 
 
 
435 aa  266  4e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.6 
 
 
444 aa  266  4e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.2 
 
 
438 aa  266  4e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.99 
 
 
450 aa  266  5e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.23 
 
 
487 aa  266  5e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.26 
 
 
450 aa  266  7e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.6 
 
 
440 aa  265  1e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  34.03 
 
 
452 aa  264  2e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.89 
 
 
442 aa  263  6.999999999999999e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.39 
 
 
433 aa  261  2e-68  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2283  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.49 
 
 
442 aa  260  4e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.135903  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.95 
 
 
440 aa  260  4e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.47 
 
 
444 aa  259  5.0000000000000005e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  34.74 
 
 
434 aa  259  8e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  34.79 
 
 
462 aa  258  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.01 
 
 
436 aa  258  1e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.62 
 
 
435 aa  258  2e-67  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  36.19 
 
 
437 aa  257  3e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  34.8 
 
 
440 aa  256  5e-67  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.06 
 
 
433 aa  256  8e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0160  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.8 
 
 
401 aa  255  8e-67  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.55 
 
 
431 aa  255  1.0000000000000001e-66  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.26 
 
 
437 aa  255  1.0000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.67 
 
 
442 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.71 
 
 
463 aa  254  3e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  34.05 
 
 
472 aa  253  6e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  37.04 
 
 
432 aa  252  9.000000000000001e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.47 
 
 
437 aa  251  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.01 
 
 
435 aa  250  3e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  35.7 
 
 
454 aa  251  3e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1662  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.49 
 
 
427 aa  250  3e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00220183  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  33.86 
 
 
450 aa  250  4e-65  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.88 
 
 
440 aa  249  5e-65  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.43 
 
 
436 aa  249  6e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  34.41 
 
 
454 aa  249  7e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  35.03 
 
 
471 aa  248  1e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0146  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.83 
 
 
438 aa  248  1e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00677283  normal  0.468317 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  35.11 
 
 
454 aa  247  3e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  32.45 
 
 
458 aa  246  4e-64  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  37.15 
 
 
439 aa  244  1.9999999999999999e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  32.85 
 
 
466 aa  241  2e-62  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.71 
 
 
449 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.48 
 
 
449 aa  238  2e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.55 
 
 
430 aa  238  2e-61  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.36 
 
 
427 aa  236  4e-61  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  30 
 
 
472 aa  236  7e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1484  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.57 
 
 
486 aa  236  7e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0651  RNA modification enzyme, MiaB family  30.15 
 
 
480 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455802  normal  0.358579 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.57 
 
 
432 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2965  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.46 
 
 
441 aa  234  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000711639  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1592  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.28 
 
 
429 aa  231  2e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000486202  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.76 
 
 
482 aa  230  3e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  37.64 
 
 
438 aa  229  5e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1606  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  28.88 
 
 
456 aa  229  6e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.132217 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3306  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.21 
 
 
484 aa  229  7e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.434461  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.01 
 
 
431 aa  229  8e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25170  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  29.24 
 
 
480 aa  228  2e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  33.33 
 
 
440 aa  226  8e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>