More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0257 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0257  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  100 
 
 
318 aa  630  1e-180  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1786  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  57.56 
 
 
321 aa  351  8e-96  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1626  PP-loop family protein  56.91 
 
 
321 aa  349  4e-95  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1446  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  56.59 
 
 
321 aa  346  2e-94  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0581  ATP/GTP hydrolase  46.52 
 
 
330 aa  262  4.999999999999999e-69  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0504  tRNA(Ile)-lysidine synthase  46.62 
 
 
331 aa  255  6e-67  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0255  PP-loop family protein  44.83 
 
 
330 aa  254  1.0000000000000001e-66  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.765354  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1373  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  47.94 
 
 
336 aa  249  5e-65  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0434  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.08 
 
 
331 aa  245  6e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1738  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.27 
 
 
329 aa  218  1e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl673  lysidine synthetase  37.31 
 
 
398 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0014  hypothetical protein  39.13 
 
 
401 aa  105  8e-22  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.709368  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.85 
 
 
450 aa  101  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  31.65 
 
 
436 aa  99.4  7e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.91 
 
 
306 aa  99  8e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.67 
 
 
431 aa  96.7  4e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.66 
 
 
472 aa  96.3  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.18 
 
 
480 aa  95.9  7e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.99 
 
 
241 aa  94.4  2e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.91 
 
 
423 aa  94  3e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  29.07 
 
 
354 aa  93.6  4e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  27.92 
 
 
471 aa  93.2  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28 
 
 
524 aa  92.8  7e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  26.82 
 
 
371 aa  92.4  8e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0275  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  33.15 
 
 
431 aa  91.7  1e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.538522 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  28.24 
 
 
468 aa  91.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36 
 
 
438 aa  91.3  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.83 
 
 
442 aa  90.5  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.97 
 
 
454 aa  90.5  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  27.4 
 
 
321 aa  90.1  5e-17  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
459 aa  89.7  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.38 
 
 
432 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  31.31 
 
 
484 aa  88.6  1e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.88 
 
 
432 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0544  hypothetical protein  32.22 
 
 
431 aa  89  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000216418  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.83 
 
 
456 aa  88.6  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0531  hypothetical protein  32.22 
 
 
431 aa  89  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00156827  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  28.57 
 
 
441 aa  88.2  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.06 
 
 
444 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0012  putative cell-cycle protein, MesJ/Ycf62 family  31.25 
 
 
421 aa  88.2  2e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.88 
 
 
432 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  24.88 
 
 
432 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.9 
 
 
446 aa  87.4  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  27.71 
 
 
454 aa  87  4e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.55 
 
 
488 aa  87  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.02 
 
 
456 aa  87  4e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.55 
 
 
326 aa  86.7  5e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.08 
 
 
521 aa  86.7  5e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  25.7 
 
 
345 aa  86.7  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.38 
 
 
432 aa  86.7  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.62 
 
 
473 aa  86.7  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.38 
 
 
432 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.38 
 
 
432 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  29.95 
 
 
332 aa  86.3  7e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.88 
 
 
425 aa  85.9  8e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.38 
 
 
432 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  25.24 
 
 
429 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.9 
 
 
436 aa  84.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.43 
 
 
457 aa  84.7  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  26.7 
 
 
476 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.58 
 
 
469 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.81 
 
 
509 aa  84  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.32 
 
 
496 aa  84  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.38 
 
 
431 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.97 
 
 
491 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.55 
 
 
469 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.32 
 
 
491 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.27 
 
 
339 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.08 
 
 
462 aa  83.2  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0964  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.57 
 
 
461 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.22 
 
 
469 aa  83.2  0.000000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.55 
 
 
336 aa  82.4  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.41 
 
 
470 aa  82.4  0.000000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.95 
 
 
311 aa  82.4  0.00000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.63 
 
 
442 aa  80.9  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  28.88 
 
 
464 aa  81.6  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3251  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.31 
 
 
344 aa  81.3  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0128413  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0016  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  32.64 
 
 
422 aa  81.3  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf854  PP-loop superfamily ATPase/cell cycle protein  35.38 
 
 
307 aa  81.3  0.00000000000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  26.67 
 
 
342 aa  80.5  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  30.16 
 
 
454 aa  80.9  0.00000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  25 
 
 
430 aa  80.9  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.35 
 
 
485 aa  80.5  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.32 
 
 
445 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.29 
 
 
412 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.42 
 
 
494 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.58 
 
 
434 aa  80.1  0.00000000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  25.82 
 
 
346 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.74 
 
 
342 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  26.02 
 
 
476 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1752  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.61 
 
 
334 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.927815  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  25.28 
 
 
430 aa  79.3  0.00000000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  23.29 
 
 
412 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.74 
 
 
325 aa  79.3  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1815  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.59 
 
 
450 aa  79.3  0.00000000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.195712  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.11 
 
 
465 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  22.05 
 
 
368 aa  79  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  26.82 
 
 
347 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.68 
 
 
465 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0104928 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.68 
 
 
465 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000485637 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>